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嗜铁钩端螺旋菌抗砷基因簇的生物信息学分析及改造

摘要第1-9页
ABSTRACT第9-11页
符号说明及缩略语第11-12页
第一章 绪论第12-25页
   ·生物冶金第12-16页
     ·生物冶金技术概述第12-14页
     ·生物冶金中的浸矿微生物第14-15页
     ·浸矿机理第15-16页
   ·细菌抗砷机制研究第16-20页
     ·原核生物抗砷基因及抗砷机制第16-18页
       ·抗砷基因第16-17页
       ·抗砷机制第17-18页
     ·真核生物抗砷基因及抗砷机制第18-20页
   ·脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis, PFGE)第20-24页
     ·PFGE原理第20页
     ·PFGE的种类第20-22页
     ·PFGE的影响因素第22页
     ·PFGE的应用第22-24页
       ·PFGE在分子分型方面的作用第22-23页
       ·PFGE在DNA辐射损伤和修复研究中的应用第23页
       ·PFGE在细胞凋亡研究中的应用第23页
       ·PFGE在转基因方面的应用第23-24页
   ·本研究的目的和意义第24-25页
第二章 嗜铁钩端螺旋菌基因组DNA脉冲场凝胶电泳分析第25-32页
   ·材料与方法第25-27页
     ·菌株第25页
     ·主要缓冲液第25-26页
     ·培养基和培养条件第26页
     ·L. ferriphilum基因组DNA脉冲场凝胶电泳第26-27页
   ·结果与讨论第27-32页
     ·L. ferriphilum基因组DNA PFGE条件优化与分析第27-29页
       ·L. ferriphilum基因组DNA PFGE条件优化第27页
       ·L. ferriphilum基因组DNA PFGE分析第27-29页
     ·L.ferriphilum基因组提取方法优化第29-32页
第三章 嗜铁钩端螺旋菌ML-04抗砷基因序列分析第32-45页
   ·材料与方法第32页
   ·结果与讨论第32-45页
     ·嗜铁钩端螺旋菌抗砷基因簇图解第32-34页
       ·L. ferriphilum ML-04大的抗砷基因簇图解第33-34页
       ·L. ferriphilum ML-04小的抗砷基因簇图解第34页
     ·L. ferriphilum ML-04抗砷基因序列同源性分析第34-41页
       ·抗砷基因arsA(LF-2406)序列同源性分析第35-37页
       ·抗砷基因arsB(LF-2404)序列同源性分析第37-38页
       ·抗砷基因arsC(LF-2408)序列同源性分析第38-39页
       ·抗砷基因arsD(LF-2407)序列同源性分析第39-40页
       ·抗砷基因arsR(LF-2409)序列同源性分析第40-41页
     ·嗜铁钩端螺旋菌抗砷基因序列差异性分析第41-45页
       ·抗砷基因arsA(LF-2406)序列差异性分析第41-42页
       ·抗砷基因arsB(LF-2404)序列差异性分析第42-43页
       ·抗砷基因arsC(LF-2408)序列差异性分析第43-45页
第四章 嗜铁钩端螺旋菌抗砷基因簇的改造第45-73页
   ·材料和方法第45-57页
     ·菌株和质粒第45页
     ·主要试剂和仪器第45-46页
     ·培养基和培养条件第46页
       ·大肠杆菌培养基第46页
       ·嗜铁钩端螺旋菌培养基第46页
     ·抗生素使用浓度第46-47页
     ·基因组DNA的提取与定量第47-48页
     ·质粒DNA的提取第48-49页
       ·质粒DNA的快速提取第48-49页
       ·质粒DNA的试剂盒提取第49页
     ·DNA片段纯化第49-50页
     ·抗砷质粒的构建第50-57页
       ·L. ferriphilum调节型抗砷基因簇的扩增及抗砷质的粒pSDU1-Ars Ⅰ-S (L. ferriphilum)构建第50-52页
       ·L. ferriphilum调节型抗砷基因簇的改造及抗砷质粒pSDU1-tac-Ars2 (L. ferriphilum)的构建第52-55页
       ·E. coli Plasmid R773中抗砷基因簇的扩增及抗砷质粒pSDU1-tac-Ars1 (Plasmid R773)的构建第55-56页
       ·新型高拷贝抗砷质粒pSDU1-remob-tac-Ars1 (Plasmid R773)的构建第56-57页
   ·结果与讨论第57-73页
     ·抗砷质粒pSDU1-Ars Ⅰ-S (L. ferriphilum)的构建第57-60页
       ·pSDU1载体片段的克隆第57-58页
       ·不含磷酸转移系统的抗砷基因簇Ars Ⅰ-S的克隆第58-59页
       ·抗砷质粒pSDU1-Ars Ⅰ-S构建第59-60页
     ·抗砷质粒pSDU1-tac-Ars2 (L. ferriphilum)的构建第60-66页
       ·载体pSDU1-tac的克隆第60-61页
       ·抗砷基因arsA的克隆第61页
       ·质粒载体pSDU1-tac-arsA酶切验证第61-62页
       ·抗砷基因arsB的克隆第62-63页
       ·质粒载体pSDU1-tac-arsA酶切验证第63页
       ·抗砷基因arsC的克隆第63-64页
       ·抗砷质粒pSDU1-tac-Ars2 (L. ferriphilum)的构建第64-66页
     ·抗砷质粒pSDU1-tac-Ars1 (Plasmid R773)的构建第66-69页
       ·pSDU1载体片段的克隆第66页
       ·含有tac启动子的砷抗性基因Ars1的克隆第66-68页
       ·抗砷质粒pSDU1-tac-Ars1的构建第68-69页
     ·新型高拷贝抗砷质粒pSDU1-remob-tac-Ars1 (Plasmid R773)的构建第69-73页
       ·pSDU1-remob载体片段的克隆第69-70页
       ·含有tac启动子的砷抗性基因Ars1的克隆第70-71页
       ·抗砷质粒pSDU1-remob-tac-Ars1的构建第71-73页
第五章 抗砷质粒在大肠杆菌中的抗性研究第73-81页
   ·材料与方法第73-74页
     ·菌株和质粒第73页
     ·主要仪器第73-74页
     ·培养基和培养条件第74页
     ·抗生素使用浓度第74页
   ·结果与讨论第74-81页
     ·抗砷质粒在大肠杆菌中的砷抗性能力检测第74-81页
       ·L. ferriphilum调节型抗砷基因簇与经过基因工程改造后的抗砷基因簇抗砷性能的比较第74-76页
       ·L. ferriphilum经过基因工程改造后的抗砷基因簇与E. coli Plasmid R773抗砷性能的比较第76-77页
       ·质粒拷贝数对抗砷性能影响的研究第77-79页
       ·不同质粒的抗砷性能比较第79-81页
参考文献第81-87页
致谢第87-88页
学位论文评阅及答辩情况表第88页

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