| 中文摘要 | 第1-12页 |
| 英文摘要 | 第12-15页 |
| 缩略语索引 | 第15-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-30页 |
| 1.研究背景 | 第16页 |
| 2.人类肝脏蛋白质组计划(HLPP) | 第16-17页 |
| 3.肝脏蛋白质组研究的现状及其面临的技术难题 | 第17-24页 |
| ·生物样品预分离手段的选择和合理联用是有效呈现中低丰度蛋白质的一个关键因素 | 第19-20页 |
| ·数据的可信度及数据的充分挖掘是肝脏蛋白质组学深入研究的重要基础 | 第20-22页 |
| ·蛋白质的定量是蛋白质组研究的重要组成部分 | 第22-24页 |
| 4.本文主要工作 | 第24-26页 |
| 参考文献 | 第26-30页 |
| 第二章 基于LC—ESI—MS/MS的重复鉴定策略在中国人健康肝脏蛋白质组表达谱构建中的应用 | 第30-71页 |
| 第一节 多维液相色谱技术平台的搭建和优化 | 第30-41页 |
| 1.材料与方法 | 第30-33页 |
| 2.结果与讨论 | 第33-40页 |
| ·中国人健康肝脏蛋白质的提取 | 第33页 |
| ·反相液相色谱对复杂蛋白质样品预分离 | 第33-35页 |
| ·蛋白质脱盐、酶解方法的评估 | 第35-37页 |
| ·离线二维液相色谱对多肽混合物分离 | 第37-40页 |
| 3.小结 | 第40-41页 |
| 第二节 基于LC-ESI-MS/MS的重复鉴定策略与中国人健康肝脏蛋白质组表达谱的构建 | 第41-66页 |
| 1.材料与方法 | 第41-43页 |
| 2.结果与讨论 | 第43-65页 |
| ·离线SCX分离和RPLC-ESI-MS/MS鉴定人类肝脏蛋白质 | 第43-44页 |
| ·鉴定结果的可信度分析 | 第44-47页 |
| ·重复分析策略在肝脏蛋白质组研究中的应用 | 第47-61页 |
| ·鉴定蛋白质的理化性质分析 | 第61-62页 |
| ·鉴定蛋白质的功能分类 | 第62-65页 |
| ·肝脏特有蛋白质 | 第65页 |
| 3.小节 | 第65-66页 |
| 本章小结 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 第三章 基于FTICR质谱仪的不同质量准确度数据质量评价及其在人类肝脏蛋白质组学研究中的应用 | 第71-93页 |
| 1.材料与方法 | 第73-74页 |
| 2.结果与讨论 | 第74-88页 |
| ·三种不同质谱扫描模式下离子捕获方式和质谱扫描速度 | 第74-76页 |
| ·三种扫描模式下鉴定肽段的质量准确度 | 第76-78页 |
| ·质量准确度对鉴定肽段的deltaCn and Xcorr值的影响 | 第78-80页 |
| ·对SEQUEST算法鉴定结果的假阳性率评估 | 第80-85页 |
| ·三种不同质谱扫描模式鉴定肽段/蛋白质的能力 | 第85-86页 |
| ·两种质谱数据匹配算法SEQUEST和Mascot的比较 | 第86-88页 |
| 3.本章小结 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-93页 |
| 第四章 基于质谱数据的人类肝脏nsSNP位点发掘与验证 | 第93-111页 |
| 1.材料与方法 | 第94-95页 |
| 2.结果与讨论 | 第95-108页 |
| ·用于nsSNP检测的样本大小 | 第95页 |
| ·肽库的构建 | 第95-96页 |
| ·鉴定到的nsSNPs肽段及其特征 | 第96-107页 |
| ·SIFT分析 | 第107-108页 |
| 3.小结 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-111页 |
| 第五章 基于液相色谱质谱联用技术的蛋白质组非标定量策略及其初步应用 | 第111-135页 |
| 1.材料与方法 | 第112-114页 |
| 2.结果与讨论 | 第114-131页 |
| ·蛋白质的质谱检测频次(spectra counts)与浓度的关系 | 第114-115页 |
| ·非同位素标记技术的色谱重现性 | 第115-117页 |
| ·蛋白质spectra counts的归一化处理 | 第117-120页 |
| ·HepG2和HepG2-HBx细胞系的差异表达 | 第120-122页 |
| ·部分差异蛋白质功能的初步讨论 | 第122-131页 |
| 3.小结 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-135页 |
| 全文总结 | 第135-138页 |
| 在读期间发表、投稿文章及会议摘要 | 第138-139页 |
| 附件 | 第139-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
