| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第12-34页 |
| ·微生物基因组学 | 第12-22页 |
| ·微生物基因组学发展历史 | 第12-13页 |
| ·微生物基因组学研究进展 | 第13-22页 |
| ·已完成测序基因组（微生物） | 第13-15页 |
| ·基因组学分类 | 第15-17页 |
| ·微生物基因组学研究热点 | 第17-19页 |
| ·测序技术 | 第19-22页 |
| ·类芽孢杆菌属全基因组研究现状 | 第22-31页 |
| ·多粘类芽孢杆菌的分类地位 | 第22-23页 |
| ·多粘类芽孢杆菌及其应用 | 第23-31页 |
| ·抗菌物质 | 第23-27页 |
| ·NRPS-PKS 合成途径 | 第27-29页 |
| ·农业应用 | 第29-30页 |
| ·工业应用 | 第30-31页 |
| ·医药应用 | 第31页 |
| ·多粘类芽孢杆菌SC2 的特性 | 第31-32页 |
| ·立题依据、研究内容及技术路线 | 第32-34页 |
| ·立题依据 | 第32页 |
| ·研究内容 | 第32-33页 |
| ·技术路线 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-51页 |
| ·溶磷、解钾能力测定 | 第34-36页 |
| ·试验材料 | 第34-35页 |
| ·菌株 | 第34页 |
| ·培养基 | 第34页 |
| ·溶磷试验试剂 | 第34-35页 |
| ·解钾试验试剂 | 第35页 |
| ·仪器 | 第35页 |
| ·钼锑抗比色法测定菌株溶磷能力 | 第35-36页 |
| ·原子吸收分光光度计法测定菌株解钾能力 | 第36页 |
| ·多粘类芽孢杆菌SC2 全基因组序列测定 | 第36-41页 |
| ·材料 | 第36-39页 |
| ·菌株 | 第36页 |
| ·培养基 | 第36-37页 |
| ·质粒载体 | 第37页 |
| ·工具酶及DNA 分子量标准 | 第37页 |
| ·各种试剂盒 | 第37-38页 |
| ·主要化学试剂 | 第38页 |
| ·主要仪器及设备 | 第38-39页 |
| ·方法 | 第39-41页 |
| ·鸟枪法基因组文库的构建 | 第39页 |
| ·基因组文库的大规模测序 | 第39页 |
| ·序列的空缺填补 | 第39-40页 |
| ·基因组序列的拼接 | 第40-41页 |
| ·多粘类芽孢杆菌全基因组注释 | 第41-44页 |
| ·开放阅读框（ORF）的预测 | 第41页 |
| ·基因功能注释 | 第41页 |
| ·其他元件注释 | 第41页 |
| ·代谢网络分析 | 第41-42页 |
| ·全基因组多序列比对 | 第42页 |
| ·参照序列及软件 | 第42-44页 |
| ·Fusaricidin synthetase 启动子鉴定 | 第44-51页 |
| ·材料 | 第44-45页 |
| ·菌株和质粒 | 第44页 |
| ·培养基 | 第44页 |
| ·生化试剂 | 第44-45页 |
| ·主要仪器设备 | 第45页 |
| ·方法 | 第45-51页 |
| ·目的片段的克隆 | 第45-50页 |
| ·重组表达质粒及基因工程菌的构建 | 第50-51页 |
| 3 结果与分析 | 第51-65页 |
| ·多粘类芽孢杆菌SC2 溶磷、解钾能力 | 第51-52页 |
| ·溶磷能力 | 第51页 |
| ·解钾能力 | 第51-52页 |
| ·多粘类芽孢杆菌SC2 全基因组序列测定 | 第52页 |
| ·基因组序列的破译 | 第52页 |
| ·文库构建及数据 | 第52页 |
| ·序列拼接 | 第52页 |
| ·多粘类芽孢杆菌SC2 全基因组序列注释 | 第52-60页 |
| ·SC2 基因组注释 | 第52-53页 |
| ·全基因组完成图谱 | 第53-55页 |
| ·三株芽孢杆菌基因组进化关系及基本特征的比较 | 第55-57页 |
| ·多粘类芽孢杆菌 SC2 抗病促生相关基因及产物 | 第57-60页 |
| ·功能基因比较列表 | 第57-58页 |
| ·多种抗生素合成及促生相关基因 | 第58-59页 |
| ·代谢网络 | 第59-60页 |
| ·Fusaricidin synthetase 启动子鉴定 | 第60-65页 |
| ·目的片段的克隆 | 第60-63页 |
| ·绿色荧光蛋白表达载体的构建与表达 | 第63-65页 |
| 4 讨论 | 第65-68页 |
| 5 结论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-83页 |
| 附录 | 第83-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第96页 |