人类核糖核苷酸还原酶的模拟分子对接
| 致谢 | 第1-5页 |
| 中文摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-30页 |
| ·分子对接 | 第10-22页 |
| ·蛋白质与小分子的模拟对接 | 第11-13页 |
| ·常用蛋白质-小分子对接软件介绍 | 第13-16页 |
| ·小分子化合物数据库 | 第16-17页 |
| ·蛋白质结合位点的预测 | 第17-18页 |
| ·蛋白质与蛋白质的模拟对接 | 第18-22页 |
| ·蛋白质结合表面的热点氨基酸(HOTSPOTS) | 第22-25页 |
| ·热点的定义与实验检测方法 | 第22-23页 |
| ·热点氨基酸预测软件介绍 | 第23-25页 |
| ·核糖核苷酸还原酶 | 第25-29页 |
| ·核糖核苷酸还原酶的种类、分布与特征 | 第26-27页 |
| ·核糖核苷酸还原酶的结构与抑制剂 | 第27-29页 |
| ·结论 | 第29-30页 |
| 第2章 R2与小分子的对接筛选 | 第30-42页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·方法 | 第30-35页 |
| ·人类R2与小鼠R2的结构比较 | 第30-31页 |
| ·人类R2蛋白质准备 | 第31-32页 |
| ·蛋白质结合位点的确定 | 第32页 |
| ·建立候选小分子库 | 第32页 |
| ·小分子格式批量转换 | 第32-33页 |
| ·R2蛋白质与小分子的对接 | 第33-34页 |
| ·排序与聚集 | 第34-35页 |
| ·结果 | 第35-40页 |
| ·蛋白质与小分子结合位点的确定 | 第35-36页 |
| ·与R2特异性较好小分子的筛选 | 第36-37页 |
| ·R2蛋白质和小分子化合物的对接 | 第37-40页 |
| ·讨论 | 第40-41页 |
| ·结论 | 第41-42页 |
| 第3章 R1与R2蛋白质分子对接 | 第42-48页 |
| ·引言 | 第42页 |
| ·方法 | 第42-44页 |
| ·蛋白质结构文件的准备 | 第42页 |
| ·人类R2和R1蛋白质结合位点的确定 | 第42-43页 |
| ·R1与R2蛋白质分子对接 | 第43-44页 |
| ·结果 | 第44-46页 |
| ·人类R2和R1蛋白质结合位点的确定 | 第44-45页 |
| ·人类R2与R1全酶对接模型构象的模拟 | 第45-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| ·结论 | 第47-48页 |
| 第4章 配体R2结合表面氨基酸的热点区域 | 第48-55页 |
| ·引言 | 第48页 |
| ·方法 | 第48-49页 |
| ·人类R2和大肠杆菌R2的比较 | 第48页 |
| ·预测人类R2内热点氨基酸 | 第48-49页 |
| ·结果 | 第49-53页 |
| ·人类和大肠杆菌R2重叠氨基酸对的发现 | 第49-52页 |
| ·人类R2内结合表面热点的预测 | 第52-53页 |
| ·讨论 | 第53-54页 |
| ·结论 | 第54-55页 |
| 第5章 全文结论 | 第55-58页 |
| 第6章 后续工作 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 附录 | 第66-72页 |
| 附录A 批量转换小分子格式的脚本程序 | 第66-68页 |
| 附录B 蛋白质与小分子对接结果的排序脚本程序 | 第68-70页 |
| 附录C 蛋白质与小分子对接结果的聚集脚本程序 | 第70-72页 |
| 个人简历 | 第72页 |
