陆地棉110个BAC测序结果的初步分析
| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语说明 | 第10-11页 |
| 1 文献综述 | 第11-29页 |
| ·基因组计划 | 第11-14页 |
| ·基因组和基因组学 | 第11页 |
| ·基因组计划的兴起——人类基因组计划 | 第11-12页 |
| ·基因组计划的另一壮举——植物基因组计划 | 第12-13页 |
| ·棉花基因组计划 | 第13-14页 |
| ·棉花全基因组测序的必要性 | 第14页 |
| ·测序陆地棉的必要性 | 第14页 |
| ·基因组测序方法 | 第14-17页 |
| ·BAC by BAC法 | 第15页 |
| ·全基因组鸟枪法 | 第15页 |
| ·基因组DNA测序新方法 | 第15-17页 |
| ·序列拼接和组装 | 第17-18页 |
| ·Phred | 第17页 |
| ·Phd2Fasta | 第17页 |
| ·Phrap | 第17页 |
| ·Cross_match | 第17-18页 |
| ·Consed/Autofinish | 第18页 |
| ·基因注释 | 第18-24页 |
| ·基因预测 | 第18-23页 |
| ·基因预测方法 | 第19-20页 |
| ·基因预测软件 | 第20-23页 |
| ·重复序列分析 | 第23-24页 |
| ·重复序列的种类 | 第23页 |
| ·重复序列的注释软件 | 第23-24页 |
| ·基因功能注释 | 第24页 |
| ·比较基因组学 | 第24-27页 |
| ·比较基因组学的应用 | 第24-26页 |
| ·发现非编码的功能序列区域 | 第25页 |
| ·发现新基因 | 第25页 |
| ·发现功能性SNP | 第25页 |
| ·发现基因拷贝数的多态性 | 第25-26页 |
| ·阐述物种间的进化史 | 第26页 |
| ·比较基因组学的具体应用方法和策略 | 第26-27页 |
| ·鉴定功能原件前先明确基因序列的进化关系 | 第26页 |
| ·针对不同的目的选择不同的比对序列 | 第26-27页 |
| ·预先对比较的DNA序列进行注释 | 第27页 |
| ·选择合适的比对方法 | 第27页 |
| ·本研究立题依据及意义 | 第27-29页 |
| 2 材料方法 | 第29-33页 |
| ·BAC文库的来源 | 第29页 |
| ·测序和组装 | 第29页 |
| ·基因预测软件的测试 | 第29-31页 |
| ·BAC序列注释和序列比对 | 第31页 |
| ·比较基因组学分析 | 第31-33页 |
| ·共线性染色体片段的分析方法 | 第31页 |
| ·同源基因搜索及进化树构建分析方法 | 第31-33页 |
| ·FGF法 | 第31页 |
| ·多重序列比对法 | 第31-33页 |
| 3 结果分析 | 第33-49页 |
| ·测序信息统计 | 第33页 |
| ·基因预测软件的测试结果 | 第33-35页 |
| ·基因预测结果的统计 | 第35-36页 |
| ·基因分布的统计 | 第36-37页 |
| ·基因大小及其外显子和内含子统计 | 第37-38页 |
| ·基因岛统计 | 第38-39页 |
| ·GC含量统计 | 第39-42页 |
| ·重复序列统计 | 第42-43页 |
| ·基因产物的功能注释 | 第43-44页 |
| ·棉酚相关 | 第43页 |
| ·纤维发育相关 | 第43-44页 |
| ·棉花开花及颜色相关 | 第44页 |
| ·抗性相关 | 第44页 |
| ·转录因子 | 第44页 |
| ·比较基因组学分析 | 第44-49页 |
| ·共线性分析 | 第44-45页 |
| ·同源基因搜索及其进化树构建分析 | 第45-49页 |
| ·FGF法结果及分析 | 第45-47页 |
| ·多重序列比对法结果及分析 | 第47-49页 |
| 4 讨论 | 第49-54页 |
| ·棉花基因组测序方法的选择和测序策略的制定 | 第49页 |
| ·基因预测软件的选择 | 第49-50页 |
| ·基因组结构分析 | 第50-51页 |
| ·基因产物功能注释的分析 | 第51-52页 |
| ·比较基因组学的分析 | 第52-54页 |
| 5 结论 | 第54-55页 |
| ·结构和功能注释 | 第54页 |
| ·比较基因组学分析 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
