| 摘要 | 第7-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第15-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-22页 |
| 1.1 基因编辑技术及其应用 | 第16页 |
| 1.2 骨骼肌 | 第16-17页 |
| 1.2.1 骨骼肌的生长发育 | 第16-17页 |
| 1.2.2 骨骼肌的发育调控 | 第17页 |
| 1.3 转录组学在猪骨骼肌生长发育分子机制研究中的应用 | 第17-19页 |
| 1.3.1 猪肌肉发育研究中转录组学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3.2 猪骨骼肌发育相关的miRNA研究 | 第18-19页 |
| 1.4 蛋白组学在猪功能基因鉴定中的应用 | 第19页 |
| 1.5 研究意义和目标 | 第19-21页 |
| 1.6 技术路线 | 第21-22页 |
| 第二章 梅山猪肌肉组织转录组数据分析 | 第22-39页 |
| 2.1 引言 | 第22页 |
| 2.2 材料和方法 | 第22-26页 |
| 2.2.1 试验动物 | 第22页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第22页 |
| 2.2.3 主要仪器及耗材 | 第22-23页 |
| 2.2.4 总RNA提取及质控 | 第23页 |
| 2.2.5 转录组文库构建及测序 | 第23-24页 |
| 2.2.6 原始数据处理 | 第24页 |
| 2.2.7 参考序列比对分析 | 第24-25页 |
| 2.2.8 基因表达分析 | 第25页 |
| 2.2.9 基因差异表达分析 | 第25-26页 |
| 2.2.10 差异表达基因GO及 KEGG富集分析 | 第26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-37页 |
| 2.3.1 测序错误率检验 | 第26页 |
| 2.3.2 测序数据过滤 | 第26-28页 |
| 2.3.3 测序数据产出情况及比对分析汇总 | 第28页 |
| 2.3.4 Reads在各染色体上的密度分布情况 | 第28-31页 |
| 2.3.5 Reads在已知类型的基因分布情况 | 第31-32页 |
| 2.3.6 RNA-seq表达水平比对分析 | 第32页 |
| 2.3.7 RNA-seq相关性检查 | 第32-33页 |
| 2.3.8 差异表达mRNA分析 | 第33-34页 |
| 2.3.9 差异基因的GO分析 | 第34-36页 |
| 2.3.10 差异表达基因KEGG富集分析 | 第36-37页 |
| 2.4 讨论 | 第37-38页 |
| 2.5 小结 | 第38-39页 |
| 第三章 梅山猪肌肉组织miRNA-seq数据分析 | 第39-53页 |
| 3.1 引言 | 第39页 |
| 3.2 材料和方法 | 第39-42页 |
| 3.2.1 试验动物 | 第39页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第39页 |
| 3.2.3 主要仪器及耗材 | 第39页 |
| 3.2.4 总RNA提取及质控 | 第39页 |
| 3.2.5 cDNA文库构建及测序 | 第39-40页 |
| 3.2.6 原始数据质控及过滤 | 第40页 |
| 3.2.7 序列比对分析 | 第40页 |
| 3.2.8 miRNA表达分析 | 第40页 |
| 3.2.9 差异miRNA分析 | 第40-41页 |
| 3.2.10 差异miRNA靶基因的预测 | 第41页 |
| 3.2.11 差异表达miRNA的靶基因富集分析 | 第41页 |
| 3.2.12 荧光定量PCR验证测序结果 | 第41-42页 |
| 3.2.13 mRNA和 miRNA整合分析 | 第42页 |
| 3.3 结果与分析 | 第42-50页 |
| 3.3.1 测序错误率检验 | 第42-43页 |
| 3.3.2 测序数据产出情况及比对分析汇总 | 第43-44页 |
| 3.3.3 各染色体上Reads密度统计 | 第44-45页 |
| 3.3.4 miRNA表达水平分析 | 第45-46页 |
| 3.3.5 差异表达miRNA分析 | 第46页 |
| 3.3.6 新miRNA鉴定分析 | 第46-47页 |
| 3.3.7 miRNA的靶基因预测 | 第47页 |
| 3.3.8 miRNA靶基因GO分析 | 第47页 |
| 3.3.9 miRNA靶基因KEGG分析 | 第47-48页 |
| 3.3.10 miRNA和 mRNA整合分析 | 第48-49页 |
| 3.3.11 关键miRNA和 mRNA荧光定量结果 | 第49-50页 |
| 3.4 讨论 | 第50-52页 |
| 3.5 小结 | 第52-53页 |
| 第四章 miRNA-95 通过靶向AIMP2 促进C2C12 细胞成肌分化 | 第53-70页 |
| 4.1 引言 | 第53页 |
| 4.2 材料与方法 | 第53-60页 |
| 4.2.1 试验动物 | 第53页 |
| 4.2.2 细胞系 | 第53页 |
| 4.2.3 主要试剂 | 第53-54页 |
| 4.2.4 主要仪器及耗材 | 第54-55页 |
| 4.2.5 引物 | 第55页 |
| 4.2.6 细胞培养 | 第55-57页 |
| 4.2.7 免疫荧光检测 | 第57页 |
| 4.2.8双荧光素酶测定实验 | 第57页 |
| 4.2.9 细胞/组织总RNA提取 | 第57-58页 |
| 4.2.10 第一条链c DNA的合成 | 第58页 |
| 4.2.11 miRNA荧光定量检测 | 第58-59页 |
| 4.2.12 mRNA反转录 | 第59页 |
| 4.2.13 定量PCR(mRNA) | 第59页 |
| 4.2.14 定量PCR(mRNA)扩增程序 | 第59-60页 |
| 4.2.15 蛋白组印迹法 | 第60页 |
| 4.2.16 数据处理 | 第60页 |
| 4.3 结果与分析 | 第60-68页 |
| 4.3.1 MKO组梅山猪中miRNA-95 显著上调 | 第60-62页 |
| 4.3.2 miRNA-95 对细胞周期停滞具有增强作用 | 第62-63页 |
| 4.3.3 miRNA-95在C2C12 体外分化过程中上调 | 第63-64页 |
| 4.3.4 miRNA-95 对成肌细胞分化具有正向调控作用 | 第64-66页 |
| 4.3.5 miRNA-95 在肌纤维分化过程中对AIMP2 蛋白表达的影响 | 第66-68页 |
| 4.4 讨论 | 第68-69页 |
| 4.5 小结 | 第69-70页 |
| 第五章 梅山猪肌肉组织iTRAQ数据分析 | 第70-83页 |
| 5.1 引言 | 第70页 |
| 5.2 材料和方法 | 第70-74页 |
| 5.2.1 试验动物 | 第70页 |
| 5.2.2 主要试剂 | 第70页 |
| 5.2.3 主要仪器及耗材 | 第70-71页 |
| 5.2.4 实验方法 | 第71-74页 |
| 5.3 实验结果分析 | 第74-80页 |
| 5.3.1 标准曲线OD值 | 第74页 |
| 5.3.2 蛋白质样品的质控(SDS-PAGE) | 第74-75页 |
| 5.3.3 蛋白质鉴定分析 | 第75-76页 |
| 5.3.4 肽段长度分布 | 第76页 |
| 5.3.5 差异表达蛋白 | 第76-77页 |
| 5.3.6 差异表达蛋白GO分析 | 第77-78页 |
| 5.3.7 差异表达蛋白KEGG富集分析 | 第78页 |
| 5.3.8 STRING差异蛋白互作网络 | 第78-79页 |
| 5.3.9 蛋白组和转录组整合分析 | 第79-80页 |
| 5.4 讨论 | 第80-82页 |
| 5.5 小结 | 第82-83页 |
| 第六章 全文结论 | 第83-84页 |
| 6.1 结论 | 第83页 |
| 6.2 创新点 | 第83页 |
| 6.3 下一步研究计划 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 作者简历 | 第94页 |
