| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第13-32页 |
| 1.1 研究背景与立题依据 | 第13-28页 |
| 1.1.1 SNP检测芯片的研究进展 | 第14-19页 |
| 1.1.1.1基于等位基因特异性寡核苷酸杂交反应的SNP检测芯片 | 第14-15页 |
| 1.1.1.2 基于单碱基延伸反应的SNP检测芯片 | 第15-16页 |
| 1.1.1.3 基于探针连接反应的SNP检测芯片 | 第16-17页 |
| 1.1.1.4 基于限制性内切酶反应的SNP检测芯片 | 第17-18页 |
| 1.1.1.5 基于蛋白或荧光分子错配识别的SNP检测芯片 | 第18-19页 |
| 1.1.2 通用基因芯片的研究进展 | 第19-23页 |
| 1.1.2.1 荧光标记通用的基因芯片 | 第19-21页 |
| 1.1.2.2 杂交探针通用的基因芯片 | 第21-23页 |
| 1.1.3 多重PCR技术的研究进展 | 第23-25页 |
| 1.1.4 核酸信号扩增反应的研究进展 | 第25-28页 |
| 1.2 设计思路与研究内容 | 第28-32页 |
| 1.2.1 设计思路 | 第28-29页 |
| 1.2.2 研究内容 | 第29-32页 |
| 第二章 基于碱基堆积效应的通用SNP检测芯片的建立 | 第32-44页 |
| 2.1 基于碱基堆积效应的通用SNP检测芯片原理 | 第32-34页 |
| 2.2 实验部分 | 第34-37页 |
| 2.2.1 试剂、材料与主要仪器 | 第34-35页 |
| 2.2.2 醛基玻片的修饰 | 第35页 |
| 2.2.3 杂交探针的点样 | 第35页 |
| 2.2.4 杂交探针的封闭 | 第35-36页 |
| 2.2.5 杂交盒的使用 | 第36页 |
| 2.2.6 杂交 | 第36页 |
| 2.2.7 清洗 | 第36页 |
| 2.2.8 荧光扫描 | 第36-37页 |
| 2.2.9 数据分析 | 第37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-43页 |
| 2.3.1 点样缓冲液的选择 | 第37-38页 |
| 2.3.2 NH_2修饰杂交探针浓度的考察 | 第38-39页 |
| 2.3.3 醛基芯片修饰条件的优化 | 第39-40页 |
| 2.3.4 温度对碱基堆积杂交的影响 | 第40-42页 |
| 2.3.5 下游探针对碱基堆积杂交的影响 | 第42-43页 |
| 2.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 第三章 连接反应介导的通用SNP检测芯片的建立 | 第44-70页 |
| 3.1 连接反应介导的通用SNP检测芯片的原理 | 第44-45页 |
| 3.2 实验部分 | 第45-48页 |
| 3.2.1 试剂、材料与主要仪器 | 第45-47页 |
| 3.2.2 杂交探针的点样和封闭 | 第47页 |
| 3.2.3 杂交和连接 | 第47页 |
| 3.2.4 清洗、扫描和数据分析 | 第47页 |
| 3.2.5 延伸反应 | 第47-48页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第48-69页 |
| 3.3.1 杂交buffer对连接酶活性和芯片背景的影响 | 第48-49页 |
| 3.3.2 杂交buffer中各种成分对芯片背景和连接酶活性的影响 | 第49-50页 |
| 3.3.3 不同厂家生产芯片的背景比较 | 第50-51页 |
| 3.3.4 公用荧光探针长度对芯片检测结果信噪比的影响 | 第51-52页 |
| 3.3.5 下游探针对zipcode竞争杂交对芯片检测结果的影响 | 第52-53页 |
| 3.3.6 Zipcode Tm值对芯片检测结果的影响 | 第53-55页 |
| 3.3.7 降低zipcode Tm值对芯片信号强度的影响 | 第55-56页 |
| 3.3.8 下游探针产生假阳性信号的来源分析 | 第56-57页 |
| 3.3.9 连接酶反应条件对芯片检测结果信噪比的影响 | 第57-64页 |
| 3.3.9.1 杂交温度对芯片检测结果信噪比的影响 | 第57-59页 |
| 3.3.9.2 酶量对芯片检测结果信噪比的影响 | 第59-60页 |
| 3.3.9.3 杂交时间对芯片检测结果信噪比的影响 | 第60-61页 |
| 3.3.9.4 Na~+浓度对芯片检测结果信噪比的影响 | 第61-62页 |
| 3.3.9.5 发卡下游探针和3'端磷酸化下游探针对芯片检测结果信噪比的影响 | 第62-63页 |
| 3.3.9.6 不同类型DNA连接酶对芯片检测结果信噪比的影响 | 第63-64页 |
| 3.3.10 下游探针对基于延伸反应的通用芯片信噪比的影响 | 第64-65页 |
| 3.3.11 下游探针用量对芯片检测检测结果信噪比的影响 | 第65-66页 |
| 3.3.12 ampligase DNA连接酶的连接特异性考察 | 第66-68页 |
| 3.3.13 通用芯片的灵敏度考察 | 第68-69页 |
| 3.4 本章小结 | 第69-70页 |
| 第四章 单重核酸侵入反应与通用芯片的偶联 | 第70-99页 |
| 4.1 实验部分 | 第70-76页 |
| 4.1.1 试剂、材料与主要仪器 | 第70-73页 |
| 4.1.2 杂交探针的点样和封闭 | 第73页 |
| 4.1.3 杂交和连接反应 | 第73页 |
| 4.1.4 芯片的清洗,扫描和数据分析 | 第73页 |
| 4.1.5 一步核酸侵入反应 | 第73页 |
| 4.1.6 两步核酸侵入反应 | 第73-74页 |
| 4.1.7 基因组DNA的提取 | 第74-75页 |
| 4.1.8 PCR扩增 | 第75页 |
| 4.1.9 PCR产物纯化步骤 | 第75页 |
| 4.1.10 DNA浓度测定 | 第75-76页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第76-98页 |
| 4.2.1 Zipcode的设计与验证 | 第76-82页 |
| 4.2.1.1 Zipcode设计方案的选择 | 第76-78页 |
| 4.2.1.2 多重Zipcode的设计和多重杂交连接反应效率的验证 | 第78-80页 |
| 4.2.1.3 多重连接反应的特异性考察 | 第80-82页 |
| 4.2.2 一步核酸侵入反应与通用芯片的偶联 | 第82-93页 |
| 4.2.2.1 一步核酸侵入反应体系组分对芯片杂交连接体系的影响 | 第82-83页 |
| 4.2.2.2 一步核酸侵入反应产物体积对通用芯片检测结果的影响 | 第83-84页 |
| 4.2.2.3 添加剂对一步核酸侵入反应信号强度和特异性的影响 | 第84-85页 |
| 4.2.2.4 一步核酸侵入反应时间对芯片检测结果的影响 | 第85-86页 |
| 4.2.2.5 Afu内切酶酶量对一步核酸侵入反应的信号强度和特异性的影响 | 第86-87页 |
| 4.2.2.6 一步核酸侵入反应下游探针浓度对芯片检测结果的影响 | 第87-88页 |
| 4.2.2.7 一步核酸侵入反应上游探针浓度对芯片检测结果的影响 | 第88-89页 |
| 4.2.2.8 一步核酸侵入反应偶联通用芯片的灵敏度考察 | 第89-90页 |
| 4.2.2.9 一步核酸侵入反应的特异性考察 | 第90-92页 |
| 4.2.2.10 一步核酸侵入反应偶联通用芯片对基因组DNA的检测 | 第92-93页 |
| 4.2.3 两步核酸侵入反应与通用芯片的偶联 | 第93-98页 |
| 4.2.3.1 两步核酸侵入反应背景信号来源分析 | 第93-94页 |
| 4.2.3.2 反应时间对两步核酸侵入反应背景信号的影响 | 第94-95页 |
| 4.2.3.3 DP和HP的浓度对两步核酸侵入反应背景信号的影响 | 第95-96页 |
| 4.2.3.4 Afu内切酶酶量对两步核酸侵入反应背景信号的影响 | 第96-97页 |
| 4.2.3.5 两步核酸侵入反应偶联通用芯片的灵敏度 | 第97-98页 |
| 4.3 本章小结 | 第98-99页 |
| 第五章 多重核酸侵入反应与通用芯片的偶联及在个体化用药中的应用评价 | 第99-120页 |
| 5.1 实验部分 | 第99-102页 |
| 5.1.1 试剂、材料与主要仪器 | 第99-101页 |
| 5.1.2 杂交探针的点样和封闭 | 第101页 |
| 5.1.3 杂交和连接反应 | 第101页 |
| 5.1.4 芯片的清洗,扫描和数据分析 | 第101页 |
| 5.1.5 一步核酸侵入反应 | 第101页 |
| 5.1.6 两步核酸侵入反应 | 第101-102页 |
| 5.1.7 基因组DNA的提取 | 第102页 |
| 5.1.8 PCR扩增 | 第102页 |
| 5.1.9 多重预扩增 | 第102页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第102-119页 |
| 5.2.1 多重核酸侵入反应与通用芯片的偶联 | 第102-111页 |
| 5.2.1.1 多重PCR用于核酸侵入反应模板片段化 | 第102-104页 |
| 5.2.1.2 多重SNP检测时部分位点特异性差的原因分析 | 第104-106页 |
| 5.2.1.3 多重SNP检测时部分位点信号低的原因分析 | 第106-109页 |
| 5.2.1.4 下游探针浓度对多重芯片检测结果的影响 | 第109-111页 |
| 5.2.2 多重核酸侵入反应的效率验证 | 第111-112页 |
| 5.2.3 多重核酸侵入反应结合通用芯片的灵敏度考察 | 第112-113页 |
| 5.2.4 低下游探针浓度的多重核酸侵入反应对多重预扩增样品的检测 | 第113-115页 |
| 5.2.5 基于多重预扩增和多重核酸侵入反应的通用SNP检测芯片的重复性考察 | 第115页 |
| 5.2.6 基于多重预扩增和多重核酸侵入反应的通用芯片对临床样本的检测 | 第115-119页 |
| 5.3 本章小结 | 第119-120页 |
| 第六章 论文小结及展望 | 第120-122页 |
| 6.1 小结 | 第120-121页 |
| 6.2 展望 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-128页 |
| 简历与科研成果 | 第128-130页 |
| 1.个人简介 | 第128页 |
| 2.教育和工作经历 | 第128页 |
| 3.攻读博士期间发表的文章 | 第128-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 附录Ⅰ 缩略词 | 第131-132页 |
| 附录Ⅱ 缓冲溶液配制 | 第132-133页 |
