| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-34页 |
| 1.1 棉花简介 | 第13-15页 |
| 1.1.1 我国陆地棉选育历程及现状 | 第13-15页 |
| 1.2 用于性状研究的遗传标记 | 第15-18页 |
| 1.2.1 遗传标记技术的发展 | 第15页 |
| 1.2.2 传统的DNA分子标记 | 第15-16页 |
| 1.2.3 SNP标记 | 第16-18页 |
| 1.3 性状的遗传解析方法 | 第18-24页 |
| 1.3.1 连锁分析 | 第18-20页 |
| 1.3.2 关联分析 | 第20-21页 |
| 1.3.3 常用的关联分析群体 | 第21-24页 |
| 1.4 MAGIC群体 | 第24-29页 |
| 1.4.1 MAGIC群体构建 | 第24-25页 |
| 1.4.2 MAGIC群体在作物中的研究进展 | 第25-29页 |
| 1.5 关联分析在作物中的研究进展 | 第29-32页 |
| 1.5.1 关联分析在其他作物中的研究进展 | 第29-30页 |
| 1.5.2 关联分析在陆地棉农艺性状的遗传解析的研究进展 | 第30-32页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第32-34页 |
| 第二章 基于陆地棉自然群体全基因组关联分析解析陆地棉重要性状的遗传基础 | 第34-78页 |
| 2.1 材料方法 | 第34-38页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第34页 |
| 2.1.2 表型试验及统计 | 第34-35页 |
| 2.1.3 基因型检测及统计分析 | 第35-36页 |
| 2.1.4 陆地棉群体结构、亲缘关系和连锁不平衡分析 | 第36页 |
| 2.1.5 全基因组关联分析 | 第36-37页 |
| 2.1.6 候选区间及基因鉴定 | 第37-38页 |
| 2.2 结果与分析 | 第38-73页 |
| 2.2.1 性状表型统计 | 第38-40页 |
| 2.2.2 性状方差分析 | 第40页 |
| 2.2.3 性状相关性分析 | 第40-42页 |
| 2.2.4 SNP基因分型结果 | 第42-43页 |
| 2.2.5 群体结构分析 | 第43-46页 |
| 2.2.6 群体结构与地理来源及育种阶段的关系 | 第46-49页 |
| 2.2.7 不同类群的表型差异 | 第49-50页 |
| 2.2.8 亲缘关系及连锁不平衡分析 | 第50-52页 |
| 2.2.9 农艺性状的全基因组关联分析 | 第52-65页 |
| 2.2.10 多效应位点及QTL网络图 | 第65-68页 |
| 2.2.11 候选基因筛选 | 第68-73页 |
| 2.3 讨论 | 第73-78页 |
| 2.3.1 陆地棉种质资源的遗传多样性 | 第73页 |
| 2.3.2 陆地棉群体结构 | 第73-74页 |
| 2.3.3 陆地棉连锁不平衡评价 | 第74-75页 |
| 2.3.4 关联分析的假阳性控制 | 第75-76页 |
| 2.3.5 候选基因挖掘 | 第76-77页 |
| 2.3.6 多效应位点应用 | 第77-78页 |
| 第三章 基于 MAGIC 群体关联分析解析陆地棉重要性状的遗传基础 | 第78-130页 |
| 3.1 材料方法 | 第78-85页 |
| 3.1.1 陆地棉MAGIC群体构建 | 第78-81页 |
| 3.1.2 田间试验及性状考察 | 第81页 |
| 3.1.3 基于SSR标记的基因型检测 | 第81-82页 |
| 3.1.4 遗传多样性、主成份分析、亲缘关系及LD分析 | 第82页 |
| 3.1.5 基于SSR标记的关联分析 | 第82-83页 |
| 3.1.6 陆地棉SMLs挑选 | 第83页 |
| 3.1.7 SMLs群体的基因分型 | 第83页 |
| 3.1.8 增加SMLs表型试验 | 第83-84页 |
| 3.1.9 SMLs全基因组关联分析 | 第84-85页 |
| 3.2 结果与分析 | 第85-125页 |
| 3.2.1 960个MLs表型变异分析 | 第85-91页 |
| 3.2.2 MAGIC群体基因分型及分析 | 第91页 |
| 3.2.3 MAGIC群体连锁不平衡分析 | 第91-94页 |
| 3.2.4 亲缘关系系数及主成份分析 | 第94-96页 |
| 3.2.5 基于SSR标记的关联分析 | 第96-106页 |
| 3.2.6 SSR位点分布及多效应位点统计 | 第106-108页 |
| 3.2.7 SMLs挑选 | 第108-110页 |
| 3.2.8 SMLs与960MLs的表型和基因型比较 | 第110-112页 |
| 3.2.9 6个环境PMs和SMLs表型统计 | 第112页 |
| 3.2.10 PMs和SMLs的SLAF-seq基因分型 | 第112-113页 |
| 3.2.11 SMLs的LD统计分析 | 第113-114页 |
| 3.2.12 SMLs基于SNP的全基因组关联分析 | 第114-123页 |
| 3.2.13 SMLs关联分析QTL候选基因筛选 | 第123-125页 |
| 3.3 讨论 | 第125-130页 |
| 3.3.1 陆地棉MAGIC群体的优势 | 第125-126页 |
| 3.3.2 SSR标记的选择和关联分析对陆地棉农艺性状的遗传解析 | 第126-127页 |
| 3.3.3 基于SLAF-seq关联分析对陆地棉农艺性状的解析 | 第127-129页 |
| 3.3.4 MAGIC群体关联位点在育种中的应用 | 第129-130页 |
| 参考文献 | 第130-147页 |
| 附表 | 第147-208页 |
| 附图 | 第208-209页 |
| 博士期间发表的论文 | 第209-210页 |
| 致谢 | 第210-212页 |
