| Abbreviations | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| Section (A) Fine mapping a major boll weight QTL in upland cotton using SSRs | 第10-35页 |
| Chapter 01 Introduction | 第10-12页 |
| Chapter 02 Review of Literature | 第12-19页 |
| 2.1. Molecular mapping in plants | 第12页 |
| 2.2. Molecular markers | 第12-13页 |
| 2.3. Mapping populations | 第13-14页 |
| 2.3.1. F_2 population | 第13-14页 |
| 2.3.2. Back cross (BC) population | 第14页 |
| 2.3.3. Recombinant inbred line (RIL) population | 第14页 |
| 2.4. Linkage map and QTLs | 第14-15页 |
| 2.5. Bulk segregation analysis (BSA) | 第15页 |
| 2.6. Sequential fine mapping strategy | 第15-16页 |
| 2.7. Fine mapping plant complex traits | 第16-17页 |
| 2.8. Yield and fiber QTLs mapped in cultivated cotton | 第17-19页 |
| Chapter 03 Materials and methods | 第19-25页 |
| 3.1. Plant materials | 第19页 |
| 3.2. Mapping population | 第19-20页 |
| 3.3. Phenotypic evaluation | 第20页 |
| 3.4. SSR assays | 第20-24页 |
| 3.4.1. DNA extraction | 第20-21页 |
| 3.4.2. Chemical recipes | 第21-22页 |
| 3.4.3. DNA quantity and quality estimation | 第22-23页 |
| 3.4.4. PCR thermo profile and amplification mixture | 第23页 |
| 3.4.5. Screening and identification of trait-linked SSRs | 第23页 |
| 3.4.6. DNA PAGE | 第23页 |
| 3.4.7. Silver staining and band scoring | 第23-24页 |
| 3.5. Identification of linked SSRs | 第24页 |
| 3.6. Linkage analysis and QTL mapping | 第24-25页 |
| Chapter 04 Results | 第25-33页 |
| 4.1. Evaluating trait variation | 第25-26页 |
| 4.2. Polymorphism and bulk segregation analysis (BSA) | 第26-27页 |
| 4.3. Linkage mapping and QTL analysis | 第27-30页 |
| 4.3.1. Bulk segregation analysis (BSA) SSRs | 第27-28页 |
| 4.3.2. Saturation by region-specific SSRs | 第28-29页 |
| 4.3.3. Large F_(2-2013) population | 第29-30页 |
| 4.4. Locating qBW12 on D-genome physical map | 第30-31页 |
| 4.5. High resolution genetic map of qBW12 | 第31-33页 |
| Chapter 05 Discussion | 第33-35页 |
| 5.1. Chromosome D08:A gene rich region | 第33页 |
| 5.2. Future strategies | 第33-35页 |
| 5.2.1. Fine mapping other yield and fiber related QTLs on D08 | 第33页 |
| 5.2.2. Identification of completely linked SSRs for BW trait in F_(2-2013) | 第33-34页 |
| 5.2.3. Expression analysis of candidate genes underlying qBW12 | 第34-35页 |
| Section (B) Selection of core SSR markers for fingerprinting upland cotton | 第35-50页 |
| Chapter 06 Manuscript | 第35-50页 |
| 6.1 Introduction | 第35-37页 |
| 6.2. Materials and methods | 第37-39页 |
| 6.2.1 Plant materials | 第37页 |
| 6.2.2. DNA extraction | 第37页 |
| 6.2.3. SSR analysis | 第37-38页 |
| 6.2.4. Constructing SSR fingerprints using potential core SSRs | 第38页 |
| 6.2.5. Polymerase chain reaction (PCR) and electrophoresis | 第38页 |
| 6.2.6. Data analysis | 第38-39页 |
| 6.3. Results | 第39-46页 |
| 6.3.1. SSR polymorphism and resolving power | 第39页 |
| 6.3.2. Estimation of genetic diversity | 第39-40页 |
| 6.3.3. Utilization efficiency of SSR fingerprints | 第40页 |
| 6.3.4. Genetic relatedness revealed by genome-covered SSRs | 第40-43页 |
| 6.3.5. Genetic relatedness revealed by potential core SSRs | 第43-45页 |
| 6.3.6. Comparing genome-covered and potential core SSRs | 第45-46页 |
| 6.4. Discussion | 第46-48页 |
| 6.5. Conclusion | 第48-50页 |
| Supplementary data | 第50-59页 |
| References | 第59-68页 |
| Publication | 第68-69页 |
| Acknowledgement | 第69-70页 |
