| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 DNA甲基化的研究现状及本文研究意义 | 第11-27页 |
| 1.1 DNA甲基化的生物学意义 | 第11-12页 |
| 1.1.1 DNA甲基化 | 第11-12页 |
| 1.1.2 DNA甲基化对胚胎早期发育过程的影响 | 第12页 |
| 1.1.3 甲基化影响DNA与蛋白质作用 | 第12页 |
| 1.2 DNA羟甲基化 | 第12-13页 |
| 1.3 基因突变 | 第13-16页 |
| 1.3.1 基因突变的类型 | 第13页 |
| 1.3.2 诱变剂的作用 | 第13-14页 |
| 1.3.3 基因突变的后果 | 第14-15页 |
| 1.3.4 DNA损伤 | 第15-16页 |
| 1.4 DNA甲基化监测方法 | 第16-21页 |
| 1.4.1 变形高效液相色谱法(DHPLC) | 第17页 |
| 1.4.2 基因组直接测序法 | 第17-18页 |
| 1.4.3 甲基化特异性PCR | 第18-19页 |
| 1.4.4 结合亚硫酸盐的限制性内切酶法(COBRA) | 第19页 |
| 1.4.5 实时PCR(real-time PCR)测定特定位点甲基化情况的荧光法 | 第19-20页 |
| 1.4.6 甲基化敏感性解链曲线分析 | 第20-21页 |
| 1.5 DNA羟甲基化定位和氧化亚硫酸盐测序 | 第21页 |
| 1.6 PCR技术的原理 | 第21-22页 |
| 1.7 本文的研究内容和研究方法 | 第22-27页 |
| 1.7.1 本文的研究内容 | 第22-24页 |
| 1.7.2 本文的研究方法 | 第24-27页 |
| 第2章 理论基础和计算方法 | 第27-47页 |
| 2.1 理论基础 | 第27-31页 |
| 2.1.1 Schrodinger方程 | 第27-28页 |
| 2.1.2 量子化学计算的三个基本近似 | 第28-31页 |
| 2.2 量子化学从头计算方法 | 第31-37页 |
| 2.2.1 Hartree-Fork方程和自洽场(Self consistent field,SCF)方法 | 第31-32页 |
| 2.2.2 Hartree-Fork-Roothaan(HFR)方程 | 第32-33页 |
| 2.2.3 MP微扰理论 | 第33-35页 |
| 2.2.4 密度泛函理论(DFT) | 第35-36页 |
| 2.2.5 CBS-QB3方法 | 第36-37页 |
| 2.3 溶剂效应 | 第37-40页 |
| 2.3.1 自洽反应场模型方法(SCRF) | 第38页 |
| 2.3.2 Onsager模型 | 第38-39页 |
| 2.3.3 PCM方法 | 第39-40页 |
| 2.4 过渡态理论 | 第40-41页 |
| 2.5 内禀反应坐标(IRC) | 第41-43页 |
| 2.5.1 IRC近似 | 第41-42页 |
| 2.5.2 内坐标的IRC方程 | 第42-43页 |
| 2.6 反应力分析 | 第43-45页 |
| 2.7 ChelpG和NBO软件简介 | 第45-47页 |
| 2.7.1 ChelpG软件 | 第45页 |
| 2.7.2 NBO软件 | 第45-47页 |
| 第3章 质子化和C5-甲基化对胞嘧啶与亚硫酸氢根加成反应的影响 | 第47-67页 |
| 3.1 引言 | 第47-48页 |
| 3.2 计算方法和反应活性评价 | 第48-50页 |
| 3.2.1 动态评估：反应力分析 | 第49页 |
| 3.2.2 静态评估：局部亲电/亲核指数与自然布居分析 | 第49-50页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第50-65页 |
| 3.3.1 气相中的亲电加成反应机理 | 第51-60页 |
| 3.3.2 水溶液对亲电加成反应的影响 | 第60-62页 |
| 3.3.3 三条通道的比较 | 第62-65页 |
| 3.4 结论 | 第65-66页 |
| 3.5 生物化学启示 | 第66-67页 |
| 第4章 亚硫酸氢根诱导质子化Cytosine-SO_3~-水解与直接水解去氨基机理的比较分析 | 第67-85页 |
| 4.1 引言 | 第67-68页 |
| 4.2 计算方法 | 第68-69页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第69-84页 |
| 4.3.1 气相中驻点物种的结构与能量 | 第69-82页 |
| 4.3.2 水相中驻点物种的结构与能量 | 第82页 |
| 4.3.3 温度对假一级反应速率常数的影响 | 第82-83页 |
| 4.3.4 亚硫酸氢根浓度对CytN3~+-SO_3~-去氨基速率的影响 | 第83-84页 |
| 4.4 结论 | 第84-85页 |
| 第5章 亚硫酸氢根诱导质子化5-MeCytosine-SO_3~-顺反异构体水解去氨基机理的比较分析 | 第85-99页 |
| 5.1 引言 | 第85页 |
| 5.2 计算方法 | 第85-88页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第88-97页 |
| 5.3.1 HSO_3~--诱导cis-isomer的水解去氨基机理 | 第88-94页 |
| 5.3.2 HSO_3~--诱导trans-isomer的水解去氨基机理 | 第94-96页 |
| 5.3.3 5-MeCytN3~+-SO_3~-异构体浓度对反应速率的影响 | 第96-97页 |
| 5.3.4 水溶液对各通道自由能垒的影响 | 第97页 |
| 5.4 结论 | 第97-99页 |
| 第6章 亚硫酸氢根诱导质子化5-Carboxycytosine-SO_3~-和5-Formylcytosine-SO_3~-去氨基机理分析 | 第99-119页 |
| 6.1 引言 | 第99-100页 |
| 6.2 计算方法 | 第100页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第100-118页 |
| 6.3.1 HSO_3~-诱导5-caCytN3~+-SO_3~-水化去氨基机理 | 第100-109页 |
| 6.3.2 HSO_3~-诱导5-O~+fCytN3~+-SO_3~-水化去氨基机理 | 第109-114页 |
| 6.3.3 氢转移方式对各通道自由能垒的影响 | 第114-116页 |
| 6.3.4 水溶液对各通道自由能垒的影响 | 第116-118页 |
| 6.4 结论 | 第118-119页 |
| 第7章 结论与展望 | 第119-123页 |
| 7.1 结论及创新点 | 第119-120页 |
| 7.2 展望 | 第120-123页 |
| 参考文献 | 第123-135页 |
| 博士期间论文发表情况 | 第135-137页 |
| 致谢 | 第137页 |
