| 摘要 | 第3-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 符号说明 | 第21-24页 |
| 第一章 文献综述 | 第24-49页 |
| 1.1 植物病原真菌基因组测序 | 第24-26页 |
| 1.1.1 基因组测序在植物病原真菌中的应用 | 第24-25页 |
| 1.1.2 玉米病原真菌基因组测序 | 第25-26页 |
| 1.2 玉米弯孢叶斑病发生与致病性分化 | 第26-38页 |
| 1.2.1 发生与危害 | 第26-27页 |
| 1.2.2 主要致病因素 | 第27-34页 |
| 1.2.3 致病性分化现状 | 第34-35页 |
| 1.2.4 致病性变异的途径 | 第35-38页 |
| 1.3 寄主定向选择作用的遗传学基础 | 第38-44页 |
| 1.3.1 寄主垂直抗性与水平抗性对病菌致病性分化的影响 | 第38页 |
| 1.3.2 PAMP模式与植物先天免疫 | 第38-44页 |
| 1.4 寄主定向选择作用诱导病菌致病性变异的研究进展 | 第44-46页 |
| 1.4.1 小麦-锈菌互作引起的致病性分化 | 第44页 |
| 1.4.2 水稻-稻瘟病菌互作引起的致病性分化 | 第44-45页 |
| 1.4.3 玉米-玉米大斑病菌互作引起的致病性分化 | 第45-46页 |
| 1.5 本文的研究意义和内容 | 第46-49页 |
| 1.5.1 研究意义 | 第46-47页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第47-49页 |
| 第二章 玉米弯孢叶斑病菌全基因组测序及序列分析 | 第49-72页 |
| 2.1 材料与方法 | 第49-53页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第49页 |
| 2.1.2 培养基 | 第49页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第49-50页 |
| 2.1.4 菌丝培养 | 第50页 |
| 2.1.5 基因组DNA提取 | 第50页 |
| 2.1.6 基因组测序及序列组装 | 第50-51页 |
| 2.1.7 基因预测及注释 | 第51页 |
| 2.1.8 直系同源及进化分析 | 第51-52页 |
| 2.1.9 蛋白家族及致病相关基因分析 | 第52页 |
| 2.1.10 次生代谢物合成关键基因分析 | 第52-53页 |
| 2.2 结果与分析 | 第53-68页 |
| 2.2.1 玉米弯孢叶斑病菌基因组序列特点 | 第53-54页 |
| 2.2.2 比较基因组分析 | 第54-57页 |
| 2.2.3 基因家族分析 | 第57页 |
| 2.2.4 重复序列、转座酶及重复序列诱导的点突变 | 第57-59页 |
| 2.2.5 致病相关信号通路 | 第59-63页 |
| 2.2.6 富含半胱氨酸小分泌蛋白 | 第63-66页 |
| 2.2.7 角质酶和细胞壁降解酶基因家族 | 第66页 |
| 2.2.8 参与转运的基因家族 | 第66-67页 |
| 2.2.9 参与毒素合成作用的基因家族 | 第67页 |
| 2.2.10次生代谢物合成关键基因 | 第67-68页 |
| 2.3 小结与讨论 | 第68-72页 |
| 2.3.1 明确了玉米弯孢叶斑病菌的基因组遗传信息 | 第68-70页 |
| 2.3.2 玉米和小麦叶部病原菌可能有比较接近的进化历程 | 第70-71页 |
| 2.3.3 揭示玉米弯孢叶斑病菌致病性分化机理的基础遗传信息 | 第71-72页 |
| 第三章 寄主定向选择对玉米弯孢叶斑病菌致病性的影响 | 第72-81页 |
| 3.1 材料与方法 | 第72-75页 |
| 3.1.1 菌株和玉米材料 | 第72页 |
| 3.1.2 培养基 | 第72页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第72页 |
| 3.1.4 接种体制备 | 第72-73页 |
| 3.1.5 寄主材料准备 | 第73页 |
| 3.1.6 继代接种 | 第73页 |
| 3.1.7 病原菌再分离 | 第73-74页 |
| 3.1.8 致病性评价 | 第74页 |
| 3.1.9 病菌适应性变异稳定性检测 | 第74-75页 |
| 3.2 结果与分析 | 第75-77页 |
| 3.2.1 抗性寄主选择压力对病菌致病性影响 | 第75-76页 |
| 3.2.2 感病寄主选择压力对病菌致病性影响 | 第76页 |
| 3.2.3 致病适应性变异的稳定性 | 第76-77页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第77-81页 |
| 3.3.1 抗性寄主定向选择能明显诱导病菌致病性增强 | 第77-79页 |
| 3.3.2 抗性寄主的诱导是玉米弯孢菌叶斑病菌发生致病性变异的潜在途径 | 第79页 |
| 3.3.3 人工条件下抗性寄主选择压力的解除可使病菌的致病性增强幅度缩小 | 第79-80页 |
| 3.3.4 寄主对病菌致病性的定向选择作用增加了品种抗病性丧失的风险 | 第80-81页 |
| 第四章 玉米弯孢叶斑病菌致病性适应性变化标记的筛选 | 第81-131页 |
| 4.1 材料与方法 | 第81-99页 |
| 4.1.1 供试菌株 | 第81页 |
| 4.1.2 培养基 | 第81-82页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第82-84页 |
| 4.1.4 菌丝培养 | 第84页 |
| 4.1.5 2DE——蛋白样品沉淀 | 第84页 |
| 4.1.6 2DE——蛋白样品裂解 | 第84-85页 |
| 4.1.7 2DE——蛋白样品浓度的测定 | 第85页 |
| 4.1.8 2DE——蛋白被动水化上样 | 第85-86页 |
| 4.1.9 2DE——第一向等电聚焦 | 第86页 |
| 4.1.10 2DE——平衡 | 第86页 |
| 4.1.11 2DE——第二向SDS-PAGE电泳 | 第86-87页 |
| 4.1.12 2DE——染色脱色 | 第87页 |
| 4.1.13 2DE——图像采集与蛋白点分析 | 第87页 |
| 4.1.14 2DE——质谱鉴定与数据检索 | 第87-88页 |
| 4.1.15 SSH——总RNA提取 | 第88页 |
| 4.1.16 SSH——去除RNA中的基因组DNA | 第88-89页 |
| 4.1.17 SSH——c DNA合成 | 第89-91页 |
| 4.1.18 SSH——抑制性消减杂交 | 第91-94页 |
| 4.1.19 SSH——抑制性消减杂交文库构建 | 第94-95页 |
| 4.1.20 SSH——插入片段序列测定及序列处理 | 第95-96页 |
| 4.1.21 SSH——RT-q PCR验证差异表达基因 | 第96-98页 |
| 4.1.22 SSH——差异表达基因生物信息学分析 | 第98页 |
| 4.1.23 RNA-Seq——RNA样品制备及检测 | 第98页 |
| 4.1.24 RNA-Seq——测序文库制备及测序 | 第98页 |
| 4.1.25 RNA-Seq——信息分析流程 | 第98-99页 |
| 4.2 结果与分析 | 第99-118页 |
| 4.2.1 2DE——蛋白样品含量的测定 | 第99-100页 |
| 4.2.2 2DE——最佳裂解液尿素浓度的确定 | 第100页 |
| 4.2.3 2DE——IPG胶条p H范围的选择 | 第100-102页 |
| 4.2.4 2DE——蛋白图谱比较 | 第102-105页 |
| 4.2.5 2DE——MALDI-TOF-MS/MS鉴定差异蛋白 | 第105-107页 |
| 4.2.6 SSH——总RNA提取 | 第107页 |
| 4.2.7 SSH——c DNA合成及酶切 | 第107页 |
| 4.2.8 SSH——消减产物第二次PCR结果 | 第107页 |
| 4.2.9 SSH——PCR扩增消减文库阳性克隆插入片段 | 第107-108页 |
| 4.2.10 SSH——插入片段序列测定及序列处理 | 第108-109页 |
| 4.2.11 SSH——差异表达基因生物信息学分析 | 第109-110页 |
| 4.2.12 RNA-seq——总RNA提取结果 | 第110-111页 |
| 4.2.13 RNA-seq——产量统计 | 第111-112页 |
| 4.2.14 RNA-seq——组装结果 | 第112页 |
| 4.2.15 RNA-seq——差异表达基因筛选 | 第112-113页 |
| 4.2.16 RNA-seq——差异表达基因生物信息学分析 | 第113-116页 |
| 4.2.17 比较 2DE、SSH和RNA-seq筛选的差异蛋白和基因 | 第116-118页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第118-131页 |
| 4.3.1 病菌致病性发生寄主适应性变化的相关基因筛选方法 | 第118-119页 |
| 4.3.2 黑色素合成相关差异蛋白和基因 | 第119页 |
| 4.3.3 毒素合成相关差异蛋白和基因 | 第119-120页 |
| 4.3.4 抗胁迫相关蛋白和基因 | 第120-121页 |
| 4.3.5 多药转运蛋白编码基因 | 第121-122页 |
| 4.3.6 转录因子 | 第122页 |
| 4.3.7 其它差异蛋白和基因 | 第122-123页 |
| 4.3.8 抗性寄主选择压力下病菌致病性发生适应增强的调控网络 | 第123-131页 |
| 第五章 玉米弯孢叶斑病菌致病类型分子鉴定与标记基因的功能分析 | 第131-158页 |
| 5.1 材料与方法 | 第131-143页 |
| 5.1.1 供试菌株 | 第131页 |
| 5.1.2 供试玉米品种 | 第131页 |
| 5.1.3 供试载体 | 第131页 |
| 5.1.4 培养基 | 第131-132页 |
| 5.1.5 主要试剂 | 第132-134页 |
| 5.1.6 鉴别寄主鉴定玉米弯孢叶斑病菌致病类型 | 第134页 |
| 5.1.7 RT-q PCR分析sod、brn1、scd、tsa1、pks和hsp70基因表达在不同致病类型菌株中的表达 | 第134-135页 |
| 5.1.8 Southern blot分析sod基因拷贝数 | 第135页 |
| 5.1.9 Blastn比对分析sod基因拷贝数 | 第135-136页 |
| 5.1.10 sod基因突变体构建 | 第136-141页 |
| 5.1.11 sod基因互补子构建 | 第141页 |
| 5.1.12 野生型菌株、△sod和互补子生物学性状分析 | 第141-142页 |
| 5.1.13 RT-q PCR分析brn1、scd和clt-1 基因在野生型、△sod和互补子中的表达 | 第142-143页 |
| 5.2 结果与分析 | 第143-154页 |
| 5.2.1 鉴别寄主鉴定病菌致病类型 | 第143-144页 |
| 5.2.2 RNA提取 | 第144-145页 |
| 5.2.3 sod、brn1、scd、tas1、pks和hsp70基因在不同致病类型菌株中的表达分析 | 第145-146页 |
| 5.2.4 sod基因拷贝数分析 | 第146-147页 |
| 5.2.5 sod基因敲除载体构建 | 第147页 |
| 5.2.6 sod基因敲除突变株的构建与鉴定 | 第147-148页 |
| 5.2.7 sod基因互补子筛选及验证 | 第148-150页 |
| 5.2.8 sod基因对玉米弯孢叶斑病菌生物性状的影响 | 第150-153页 |
| 5.2.9 sod基因缺失对brn1、scd和clt-1 基因表达的影响 | 第153-154页 |
| 5.3 小结与讨论 | 第154-158页 |
| 5.3.1 不同标记可在不同水平上反映病菌致病性分化 | 第155-156页 |
| 5.3.2 sod和tsa1可作为鉴定菌种致病性分化的标记基因 | 第156页 |
| 5.3.3 sod在侵染初期影响病菌致病性 | 第156-158页 |
| 第六章 结论、创新点与展望 | 第158-160页 |
| 参考文献 | 第160-184页 |
| 附录 1 | 第184-185页 |
| 附录 2 | 第185-190页 |
| 附录 3 | 第190-192页 |
| 附录 4 | 第192-195页 |
| 附录 5 | 第195-197页 |
| 附录 6 | 第197-199页 |
| 附录 7 | 第199-204页 |
| 附录 8 | 第204-214页 |
| 致谢 | 第214-216页 |
| 攻读博士学位期间（待）发表的学术论文 | 第216-220页 |
