| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第1章 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 核糖开关 | 第11-15页 |
| 1.1.1 核糖开关的结构 | 第11-12页 |
| 1.1.2 核糖开关的分类 | 第12页 |
| 1.1.3 核糖开关的功能 | 第12-15页 |
| 1.2 嘌呤核糖开关 | 第15-20页 |
| 1.2.1 嘌呤核糖开关的结构功能 | 第15-17页 |
| 1.2.2 嘌呤核糖开关的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.2.3 嘌呤核糖开关的应用前景 | 第19-20页 |
| 1.3 本文的研究内容 | 第20-22页 |
| 第2章 分子动力学模拟 | 第22-29页 |
| 2.1 分子动力学简介 | 第22-23页 |
| 2.2 分子动力学模拟算法 | 第23-24页 |
| 2.3 分子动力学模拟软件 | 第24-25页 |
| 2.4 分子力场 | 第25-26页 |
| 2.5 生物分子的自由能计算方法 | 第26-27页 |
| 2.6 分子动力学模拟应用于嘌呤核糖开关研究 | 第27-29页 |
| 第3章 研究对象与方法 | 第29-34页 |
| 3.1 系统的准备 | 第29-30页 |
| 3.2 模拟方法 | 第30-34页 |
| 3.2.1 分子动力学模拟方法 | 第30页 |
| 3.2.2 热力学积分算法 | 第30-32页 |
| 3.2.3 关键残基-配体相互作用的能量分解 | 第32-34页 |
| 第4章 模拟结果与分析 | 第34-49页 |
| 4.1 热力学积分计算相对结合自由能 | 第34-35页 |
| 4.1.1 GR-GUA相对其他配体的相对结合自由能 | 第34-35页 |
| 4.1.2 GR复合物相对GRA复合物的相对结合自由能 | 第35页 |
| 4.2 配体与核糖开关关键残基的识别 | 第35-38页 |
| 4.3 配体与GR/GRA关键核苷酸的相互作用 | 第38-43页 |
| 4.3.1 配体与GR关键核苷酸的相互作用 | 第38-39页 |
| 4.3.2 变异对配体结合GR的影响 | 第39-43页 |
| 4.4 C74突变成U74的影响 | 第43-44页 |
| 4.5 复合物的构象变化 | 第44-45页 |
| 4.6 核糖开关中碱基的稳定性分析 | 第45-46页 |
| 4.7 核糖开关结合GUA和未结合GUA的构象不同 | 第46-49页 |
| 工作总结及展望 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
