| 摘要 | 第10-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 符号与简略语说明 | 第17-18页 |
| 前言 | 第18-19页 |
| 第一部分 文献综述 | 第19-45页 |
| 第一节 参与污染物降解的转录调控因子分类简述 | 第19-26页 |
| 1 LysR家族转录调控因子 | 第19-21页 |
| 2 IclR家族转录调控因子 | 第21页 |
| 3 GntR家族转录调控因子 | 第21-23页 |
| 4 AraC/XylS家族转录调控因子 | 第23页 |
| 5 TetR家族转录调控因子 | 第23-24页 |
| 6 MarR家族转录调控因子 | 第24页 |
| 7 XylR/DmpR家族转录调控因子 | 第24-26页 |
| 8 Crp/FNR家族转录调控因子 | 第26页 |
| 第二节 参与污染物降解的IclR家族转录调控因子 | 第26-37页 |
| 1 PobR调控pobA的模式 | 第27-31页 |
| 2 PcaR调控pcaIJ和pcaRKFTBDC的模式 | 第31-32页 |
| 3 MhpR调控mhpABCTFET的模式 | 第32-33页 |
| 4 HmgR调控hmgABC的模式 | 第33-34页 |
| 5 IphR调控iphACBD的模式 | 第34-35页 |
| 6 TphR_Ⅱ调控tphC_ⅡA2_ⅡA3_ⅡB_ⅡA1_Ⅱ的模式 | 第35页 |
| 7 GenR调控genDFM和genKH的模式 | 第35-36页 |
| 8 BlcR调控blcABC的模式 | 第36-37页 |
| 第三节 有机污染物降解与分解代谢物阻遏效应 | 第37-42页 |
| 1 PTS介导分解代谢物阻遏 | 第37-40页 |
| 2 有机化合物降解中的分解代谢物阻遏 | 第40-42页 |
| 2.1 Pseudomonas putida中苯甲酸以及甲苯代谢的CCR调控 | 第40-41页 |
| 2.2 Rhodococcus jostii RHA1以及Rhodococcus sp.TFB中的CCR调控 | 第41-42页 |
| 2.3 Corynebacterium glutamicum中3-羟基苯甲酸/龙胆酸途径的CCR调控 | 第42页 |
| 第四节 细菌降解3-PBA的研究进展 | 第42-45页 |
| 第二部分 实验部分 | 第45-123页 |
| 第一章 菌株Sphingobium wenxiniae JZ-1~T中3-PBA双加氧酶基因簇转录激活因子PbaR的鉴定 | 第45-79页 |
| 第一节 基因pbaA1A2B以及pbaC的转录分析 | 第45-51页 |
| 1 材料与方法 | 第45-49页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第45-46页 |
| 1.2 所用菌株与引物 | 第46页 |
| 1.3 细菌总DNA的提取 | 第46-47页 |
| 1.4 总RNA的提取 | 第47页 |
| 1.5 引物延伸实验(Primer Extension) | 第47-48页 |
| 1.6 pbaA1A2B转录单位的确认 | 第48-49页 |
| 1.7 生物信息学分析 | 第49页 |
| 2 实验结果 | 第49-51页 |
| 2.1 pbaA1A2B以及pbaC基因(簇)的转录起始位点 | 第49-50页 |
| 2.2 pbaA1A2B基因簇的确认 | 第50页 |
| 2.3 启动子特征序列的预测 | 第50-51页 |
| 第二节 pbaA1A2B基因簇启动子区域结合蛋白的鉴定 | 第51-60页 |
| 1 材料与方法 | 第51-52页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第51页 |
| 1.2 所用菌株与引物 | 第51页 |
| 1.3 全细胞蛋白的获得 | 第51页 |
| 1.4 pbaA1A2B基因簇启动子DNA结合蛋白的纯化 | 第51-52页 |
| 1.5 pbaA1A2B基因簇启动子DNA结合蛋白的鉴定 | 第52页 |
| 2 实验结果 | 第52-60页 |
| 2.1 pbaA1A2B基因簇启动子结合蛋白SDS-PAGE分离 | 第52-53页 |
| 2.2 MALDI-TOF/TOF质谱鉴定 | 第53-59页 |
| 2.3 质谱鉴定蛋白在基因组中的比对 | 第59-60页 |
| 第三节 pbaA1A2B基因簇转录激活蛋白PbaR的功能确认 | 第60-73页 |
| 1 材料与方法 | 第60-66页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第60页 |
| 1.2 菌株与引物 | 第60-62页 |
| 1.3 基因敲除与互补 | 第62-63页 |
| 1.4 菌株生长测定 | 第63页 |
| 1.5 荧光定量PCR | 第63-64页 |
| 1.6 PbaR的异源表达与纯化 | 第64-65页 |
| 1.7 凝胶阻滞(EMSA) | 第65页 |
| 1.8 DNaseI足谱印记 | 第65-66页 |
| 2 实验结果 | 第66-73页 |
| 2.1 pbaR敲除菌株JZ-MT以及pbaR回补菌株JZ-MTC的获得 | 第66-67页 |
| 2.2 JZ-1~T,JZ-MT和JZ-MTC菌株以3-PBA或氯氰菊酯为唯一碳源的生长情况 | 第67-68页 |
| 2.3 RT-qPCR实验 | 第68-69页 |
| 2.4 PbaR的异源表达与纯化 | 第69-72页 |
| 2.5 PbaR蛋白的凝胶阻滞 | 第72页 |
| 2.6 DNaseI足谱印记 | 第72-73页 |
| 本章讨论 | 第73-77页 |
| 本章小结 | 第77-79页 |
| 第二章 pSRGFP-X系列质粒的构建及其应用评估 | 第79-99页 |
| 第一节 pSR18GFP-X系列质粒的构建 | 第79-87页 |
| 1 材料与方法 | 第79-83页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第79页 |
| 1.2 菌株与引物 | 第79页 |
| 1.3 基础质粒pSRGFP-18的构建策略 | 第79-80页 |
| 1.4 基础质粒pSRGFP-18构建的具体步骤 | 第80-83页 |
| 1.5 pSRGFP-X系列质粒的构建 | 第83页 |
| 2 实验结果 | 第83-87页 |
| 2.1 pSRGFP-18质粒的构建 | 第83-85页 |
| 2.2 pSRGFP-18K和pSRGFP-18G质粒的构建 | 第85页 |
| 2.3 pSRGFP-BS2和pSRGFP-BS5质粒的构建 | 第85页 |
| 2.4 pSRGFP-X系列质粒的详细图谱 | 第85-87页 |
| 第二节 pSR18GFP-X系列质粒的应用评估 | 第87-94页 |
| 1 材料与方法 | 第87-90页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第87-88页 |
| 1.2 本节实验所用菌株,质粒和引物 | 第88页 |
| 1.3 运用benABC-benR调控系统检测pSRGFP-18质粒 | 第88-89页 |
| 1.4 运用nicC-nicR调控系统检测pSRGFP-18质粒 | 第89-90页 |
| 1.5 pbaR-pbaA1A2B调控系统的验证 | 第90页 |
| 1.6 细胞GFP荧光的定性与定量检测 | 第90页 |
| 2 实验结果 | 第90-94页 |
| 2.1 benABC基因簇启动子以及benR基因连入pSRGFP-18质粒 | 第90-91页 |
| 2.2 nicC基因启动子以及nicR基因连入pSRGFP-18质粒 | 第91页 |
| 2.3 benABC-benR系统以及nicC-nicR系统荧光检测结果 | 第91-93页 |
| 2.4 运用pSRGFP-BS2质粒验证PbaR的功能 | 第93-94页 |
| 本章讨论 | 第94-98页 |
| 本章小结 | 第98-99页 |
| 第三章 3-PBA降解菌Sphingobium sp.TP316的分离鉴定及其cAMP结合蛋白CbpR对3-PBA降解的调控 | 第99-123页 |
| 第一节 3-PBA降解菌Sphingobium sp. TP316的分离与鉴定 | 第99-106页 |
| 1 材料与方法 | 第99-102页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第99页 |
| 1.2 菌株以及培养条件 | 第99-100页 |
| 1.3 土壤样品以及富集培养 | 第100页 |
| 1.4 3-PBA降解效果测定 | 第100页 |
| 1.5 细菌总DNA的提取 | 第100页 |
| 1.6 菌株16S rRNA基因序列的测定与系统进化树的构建 | 第100-101页 |
| 1.7 细菌基本生理生化特性的测定 | 第101页 |
| 1.8 3-PBA的降解测定 | 第101-102页 |
| 1.9 3-PBA降解基因的扩增 | 第102页 |
| 2 实验结果 | 第102-106页 |
| 2.1 3-PBA降解菌株TP316的获得 | 第102-103页 |
| 2.2 菌株TP316的生理生化特性 | 第103-104页 |
| 2.3 菌株TP316的16S rRNA基因系统进化树 | 第104-105页 |
| 2.4 菌株TP316的二次生长 | 第105页 |
| 2.5 pba基因簇以及pbaR基因的PCR扩增检测 | 第105-106页 |
| 第二节 菌株Sphingobium sp. TP316中pbaR基因转录调控因子编码基因cbpR的筛选 | 第106-112页 |
| 1 材料与方法 | 第107-109页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第107页 |
| 1.2 菌株与质粒 | 第107页 |
| 1.3 本节所用引物 | 第107页 |
| 1.4 pbaR基因转录起始位点的测定 | 第107-108页 |
| 1.5 筛选质粒pSpbaRPT的构建 | 第108页 |
| 1.6 文库的构建 | 第108-109页 |
| 1.7 文库的筛选 | 第109页 |
| 1.8 亚克隆 | 第109页 |
| 2 实验结果 | 第109-112页 |
| 2.1 pbaR基因的转录起始位点 | 第109-110页 |
| 2.2 pSpbaRPT质粒构建 | 第110页 |
| 2.3 基因组文库的构建与阳性克隆515-23的获得 | 第110-112页 |
| 第三节 CbpR对3-PBA降解的调控 | 第112-119页 |
| 1 材料与方法 | 第112-115页 |
| 1.1 试剂与培养基 | 第112页 |
| 1.2 菌株与质粒 | 第112-113页 |
| 1.3 引物及序列 | 第113-114页 |
| 1.4 cbpR基因的敲除以及回补 | 第114页 |
| 1.5 荧光定量PCR | 第114页 |
| 1.6 CbpR的表达与纯化 | 第114-115页 |
| 1.7 凝胶阻滞 | 第115页 |
| 1.8 DNaseI足谱印记 | 第115页 |
| 1.9 转录因子结合位点WebLogo可视化 | 第115页 |
| 2 实验结果 | 第115-119页 |
| 2.1 CbpR对pbaR基因的调控 | 第115-117页 |
| 2.2 CbpR与pbaR启动子DNA特异性结合 | 第117-118页 |
| 2.3 CbpR与pbaR启动子DNA的结合位点 | 第118-119页 |
| 本章讨论 | 第119-122页 |
| 本章小结 | 第122-123页 |
| 全文总结与展望 | 第123-125页 |
| 博士论文创新点 | 第125-127页 |
| 参考文献 | 第127-147页 |
| 附录 | 第147-151页 |
| 附录1 pbaR基因序列 | 第147-148页 |
| 附录2 cbpR基因序列 | 第148-149页 |
| 附录3 16S rRNA基因序列 | 第149-151页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第151-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
