| 摘要 | 第10-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 符号与缩略语说明 | 第17-19页 |
| 前言 | 第19-21页 |
| 第一章 文献综述 | 第21-47页 |
| 1 芳氧苯氧丙酸类除草剂 | 第21-28页 |
| 1.1 芳氧苯氧丙酸类除草剂的作用机理与生态毒理 | 第21页 |
| 1.2 精噁唑禾草灵在环境中的归宿 | 第21-24页 |
| 1.3 精噁唑禾草灵的微生物降解研究进展 | 第24-28页 |
| 2 氯代乙酰胺类除草剂 | 第28-36页 |
| 2.1 氯乙酰胺类除草剂的作用机理与生态毒理 | 第28-30页 |
| 2.2 氯乙酰胺类除草剂在环境中的归宿 | 第30-33页 |
| 2.3 苯胺类化合物的微生物降解研究进展 | 第33-36页 |
| 参考文献 | 第36-47页 |
| 第二章 精噁唑禾草灵的微生物代谢途径及其水解酶基因的克隆 | 第47-89页 |
| 第一节 精噁唑禾草灵的微生物降解途径分析 | 第47-56页 |
| 1 材料与方法 | 第47-49页 |
| 1.1 培养基与仪器 | 第47页 |
| 1.2 精噁唑禾草灵的检测方法 | 第47-48页 |
| 1.3 精噁唑禾草灵降解菌群的富集 | 第48页 |
| 1.4 精噁唑禾草灵代谢中间产物的鉴定 | 第48-49页 |
| 1.5 精噁唑禾草灵及中间代谢产物的生物活性测定 | 第49页 |
| 1.6 数据分析 | 第49页 |
| 2 结果与分析 | 第49-55页 |
| 2.1 精噁唑禾草灵降解菌群W1的富集 | 第49-50页 |
| 2.2 菌群W1降解精噁唑禾草灵的动力学曲线 | 第50页 |
| 2.3 精噁唑禾草灵代谢中间产物的鉴定 | 第50-52页 |
| 2.4 菌群W1对代谢中间产物的降解 | 第52-54页 |
| 2.5 精噁唑禾草灵及代谢中间产物的除草活性测定 | 第54-55页 |
| 3 讨论 | 第55-56页 |
| 第二节 菌群W1的降解特性及细菌组成分析 | 第56-66页 |
| 1 材料与方法 | 第56-60页 |
| 1.1 培养基与试剂 | 第56页 |
| 1.2 菌群W1对精噁唑禾草灵的降解特性 | 第56-57页 |
| 1.3 菌群W1的细菌组成分析 | 第57-60页 |
| 2 结果与分析 | 第60-64页 |
| 2.1 菌群W1对精噁唑禾草灵的降解特性 | 第60-61页 |
| 2.2 菌群W1对其他芳氧苯氧丙酸类除草剂的降解 | 第61-62页 |
| 2.3 菌群W1中优势细菌的鉴定 | 第62-64页 |
| 3 讨论 | 第64-66页 |
| 第三节 精噁唑禾草灵酯酶基因的克隆与酶学特性研究 | 第66-85页 |
| 1 材料与方法 | 第66-72页 |
| 1.1 菌株、质粒与引物 | 第66页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第66-67页 |
| 1.3 精噁唑禾草灵的代谢产物鉴定 | 第67页 |
| 1.4 菌株DL-2基因组文库的构建 | 第67页 |
| 1.5 精噁唑禾草灵酯酶基因afeH重组表达菌株的构建 | 第67-70页 |
| 1.6 重组酯酶rAfeH的诱导表达与纯化 | 第70页 |
| 1.7 重组酯酶rAfeH的酶学特性 | 第70-72页 |
| 1.8 序列分析软件与在线分析网址 | 第72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-84页 |
| 2.1 菌株DL-2降解FE的动力学曲线及代谢产物的鉴定 | 第72-73页 |
| 2.2 菌株DL-2基因组文库的构建 | 第73-74页 |
| 2.3 精噁唑禾草灵酯酶AfeH的氨基酸序列分析 | 第74-75页 |
| 2.4 精噁唑禾草灵酯酶AfeH的蛋白结构模拟 | 第75-76页 |
| 2.5 表达菌株E.coli BL21(DE3-pET29a-afeH)的功能验证 | 第76-77页 |
| 2.6 重组酯酶rAfeH的诱导表达与纯化 | 第77-79页 |
| 2.7 重组酯酶rAfeH的酶学特性研究 | 第79-84页 |
| 3 讨论 | 第84-85页 |
| 本章小结 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-89页 |
| 第三章 6-氯苯并噁唑酮的微生物降解机制 | 第89-127页 |
| 第一节 菌株Pigmentiphaga sp.DL-8代谢CDHB的途径及基因组框架图测序 | 第89-97页 |
| 1 材料与方法 | 第89-91页 |
| 1.1 培养基与试剂 | 第89页 |
| 1.2 菌株DL-8降解CDHB的动力学 | 第89页 |
| 1.3 菌株DL-8降解CDHB的产物鉴定及降解底物谱测定 | 第89-90页 |
| 1.4 菌株DL-8基因组测序 | 第90-91页 |
| 2 结果与分析 | 第91-95页 |
| 2.1 菌株DL-8降解CDHB的动力学曲线 | 第91-92页 |
| 2.2 菌株DL-8降解CDHB的中间产物鉴定 | 第92-94页 |
| 2.3 菌株DL-8对其他苯环类化合物的降解能力 | 第94页 |
| 2.4 菌株Pigmentiphaga sp. DL-8基因组框架图测序 | 第94-95页 |
| 3 讨论 | 第95-97页 |
| 第二节 CDHB水解酶的纯化及酶学特性研究 | 第97-109页 |
| 1 材料与方法 | 第97-101页 |
| 1.1 试剂与仪器 | 第97页 |
| 1.2 菌株Pigmentiphaga sp. DL-8粗酶液的制备 | 第97页 |
| 1.3 酶活力和蛋白质含量的测定 | 第97-98页 |
| 1.4 CDHB水解酶的纯化和鉴定流程 | 第98-99页 |
| 1.5 CDHB水解酶酶学特性研究 | 第99-101页 |
| 2 结果与分析 | 第101-107页 |
| 2.1 CDHB水解酶CbaA的纯化 | 第101页 |
| 2.2 SDS-PAGE电泳及酶谱分析 | 第101-102页 |
| 2.3 CDHB水解酶CbaA肽指纹图谱分析 | 第102-103页 |
| 2.4 菌株DL-8基因组中CbaA氨基酸序列的检索 | 第103-104页 |
| 2.5 CDHB水解酶CbaA的酶学特性研究 | 第104-107页 |
| 3 讨论 | 第107-109页 |
| 第三节 CDHB水解酶基因cbaA的克隆与功能验证 | 第109-121页 |
| 1 材料与方法 | 第109-113页 |
| 1.1 菌株、质粒和引物 | 第109-110页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第110页 |
| 1.3 CbaA氨基酸序列分析 | 第110页 |
| 1.4 cbaA基因全长和同源重组同源臂的扩增 | 第110-111页 |
| 1.5 表达载体pET-cbaA的构建与功能验证 | 第111页 |
| 1.6 重叠延伸PCR定点突变cbaA | 第111页 |
| 1.7 Pigmentiphaga sp. DL-8中cbaA基因敲除和突变菌株功能验证 | 第111-113页 |
| 2 结果与分析 | 第113-120页 |
| 2.1 CbaA氨基酸序列与蛋白质结构分析 | 第113-115页 |
| 2.2 重组酶rCbaA的诱导表达 | 第115-116页 |
| 2.3 E.coli BL21(DE3-pET-cbaA)静息细胞对底物的转化 | 第116-117页 |
| 2.4 突变表达菌株静息细胞活性检测 | 第117-118页 |
| 2.5 Pigmentiphaga sp. DL-8中cbaA基因的敲除及功能验证 | 第118-119页 |
| 2.6 Pigmentiphaga sp. DL-8中2A5CP代谢基因簇的挖掘 | 第119-120页 |
| 3 讨论 | 第120-121页 |
| 本章小结 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-127页 |
| 第四章 MEA的微生物代谢途径及降解基因定位 | 第127-149页 |
| 第一节 菌株Sphingobium sp.MEA3-1降解MEA的途径分析 | 第127-137页 |
| 1 材料与方法 | 第127-129页 |
| 1.1 培养基与试剂 | 第127-128页 |
| 1.2 Sphingobium sp. MEA3-1突变型的分离鉴定 | 第128页 |
| 1.3 野生型和突变型菌株的降解底物谱测定 | 第128页 |
| 1.4 野生型和突变型菌株降解MEA的中间产物鉴定 | 第128-129页 |
| 2 结果与分析 | 第129-135页 |
| 2.1 突变型菌株的分离鉴定 | 第129-130页 |
| 2.2 野生型与突变型菌株的降解底物谱测定 | 第130-132页 |
| 2.3 野生型和突变型菌株降解MEA的中间产物鉴定 | 第132-134页 |
| 2.4 菌株MEA3-1降解MEA的上游代谢途径分析 | 第134-135页 |
| 3 讨论 | 第135-137页 |
| 第二节 MEA降解相关基因的研究 | 第137-145页 |
| 1 材料与方法 | 第137-140页 |
| 1.1 培养基与试剂 | 第137页 |
| 1.2 细胞色素P450抑制剂对MEA降解的影响 | 第137页 |
| 1.3 4-OH-DMA水溶液中氨氮的释放 | 第137页 |
| 1.4 野生型与突变型菌株大质粒提取 | 第137-138页 |
| 1.5 野生型与突变型菌株蛋白质的提取 | 第138页 |
| 1.6 野生型与突变型菌株蛋白质组的双向电泳 | 第138-139页 |
| 1.7 野生型与突变型差异蛋白质的肽指纹图谱分析 | 第139-140页 |
| 2 结果与分析 | 第140-144页 |
| 2.1 细胞色素P450抑制剂对MEA降解的影响 | 第140页 |
| 2.2 4-OH-DMA水溶液中氨氮的释放测定 | 第140-141页 |
| 2.3 野生型与突变型菌株大质粒提取 | 第141-142页 |
| 2.4 野生型与突变型菌株蛋白组的PAGE电泳 | 第142页 |
| 2.5 野生型与突变型菌株蛋白质组的双向电泳 | 第142-143页 |
| 2.6 菌株MEA3-1野生型与突变型差异蛋白点质谱分析 | 第143-144页 |
| 3 讨论 | 第144-145页 |
| 本章小结 | 第145-146页 |
| 参考文献 | 第146-149页 |
| 第五章 Sphingobium sp. MEA3-1基因组框架图测序及MEHQ单加氧酶基因的克隆 | 第149-175页 |
| 第一节 菌株Sphingobium sp. MEA3-1基因组框架图测序 | 第149-159页 |
| 1 材料与方法 | 第149-152页 |
| 1.1 培养基与试剂 | 第149页 |
| 1.2 菌株基因组DNA和质粒组DNA的提取 | 第149-150页 |
| 1.3 菌株MEA3-1基因组和质粒组测序 | 第150页 |
| 1.4 MEA3-1中野生型大质粒环状序列拼接 | 第150-152页 |
| 2 结果与分析 | 第152-155页 |
| 2.1 基因组和质粒组样品的制备和检测 | 第152页 |
| 2.2 基因组和质粒组测序和组装 | 第152-153页 |
| 2.3 菌株MEA3-1基因组和质粒组生物信息学分析 | 第153-154页 |
| 2.4 Contigs两端reads的提取 | 第154页 |
| 2.5 Gaps closed | 第154-155页 |
| 2.6 Circle graph | 第155页 |
| 3 讨论 | 第155-159页 |
| 第二节 MEHQ单加氧酶基因的克隆与功能验证 | 第159-171页 |
| 1 材料与方法 | 第159-164页 |
| 1.1 菌株、质粒和引物 | 第159-160页 |
| 1.2 野生型和突变型菌株蛋白差异点的定位 | 第160页 |
| 1.3 MEHQ单加氧酶meaBA的功能验证 | 第160-161页 |
| 1.4 MEHQ单加氧酶meaBA在大肠杆菌中重组表达 | 第161页 |
| 1.5 MEHQ单加氧酶meaBA转录情况分析 | 第161-164页 |
| 2 结果与分析 | 第164-170页 |
| 2.1 蛋白差异点在基因组中的定位 | 第164页 |
| 2.2 大质粒pMEA02丢失片段分析 | 第164-165页 |
| 2.3 MeaBA氨基酸序列分析 | 第165-167页 |
| 2.4 MEHQ单加氧酶meaBA的功能验证 | 第167-168页 |
| 2.5 MEHQ单加氧酶meaBA的重组表达 | 第168-169页 |
| 2.6 MEHQ单加氧酶meaBA转录情况分析 | 第169-170页 |
| 3 讨论 | 第170-171页 |
| 本章小结 | 第171-172页 |
| 参考文献 | 第172-175页 |
| 全文总结 | 第175-177页 |
| 主要创新点 | 第177-179页 |
| 下一步工作设想 | 第179-181页 |
| 附录 | 第181-189页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及研究成果 | 第189-191页 |
| 致谢 | 第191页 |
