| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-29页 |
| 第一节 L-半胱氨酸综述 | 第17-24页 |
| ·L-半胱氨酸简介 | 第17-18页 |
| ·L-半胱氨酸在蛋白质中的作用 | 第18页 |
| ·L-半胱氨酸在生物分子合成中的作用 | 第18页 |
| ·L-半胱氨酸在生物体内的合成 | 第18-19页 |
| ·L-半胱氨酸的工业化生产 | 第19-21页 |
| ·利用 DL-ATC 合成 L-半胱氨酸的代谢途径 | 第21页 |
| ·DL-ATC 合成 L-半胱氨酸代谢途径中的酶 | 第21-22页 |
| ·L-半胱氨酸的应用 | 第22-24页 |
| 第二节 系统生物学研究进展 | 第24-27页 |
| ·系统生物学概述 | 第24页 |
| ·转录组学研究 | 第24-25页 |
| ·蛋白质组学研究 | 第25-26页 |
| ·代谢组学研究 | 第26-27页 |
| 第三节 本研究的主要内容和意义 | 第27-29页 |
| ·本研究的主要内容 | 第27-28页 |
| ·本研究的意义 | 第28-29页 |
| 第二章 DL-ATC 诱导下 Pseudomonas sp. QR-101 的转录组学研究 | 第29-59页 |
| 第一节 材料与方法 | 第29-36页 |
| ·实验材料 | 第29-31页 |
| ·实验菌株 | 第29-30页 |
| ·主要仪器 | 第30页 |
| ·主要试剂 | 第30页 |
| ·培养基 | 第30-31页 |
| ·实验方法 | 第31-36页 |
| ·16SrDNA 的序列测定与进化树分析 | 第31-32页 |
| ·Pseudomonas sp. QR-101 的发酵 | 第32页 |
| ·Pseudomonas sp. QR-101 总 RNA 的提取 | 第32-33页 |
| ·mRNA 测序 | 第33页 |
| ·测序结果信息学分析 | 第33-36页 |
| 第二节 结果与分析 | 第36-58页 |
| ·16SrDNA 的序列测定与进化树分析 | 第36页 |
| ·Pseudomonas sp. QR-101 总 RNA 的提取 | 第36-37页 |
| ·差异表达基因分析 | 第37-55页 |
| ·差异表达基因所属代谢通路归类 | 第55页 |
| ·重要代谢通路的阐明 | 第55-58页 |
| 第三节 讨论与小结 | 第58-59页 |
| ·讨论 | 第58页 |
| ·小结 | 第58-59页 |
| 第三章 DL-ATC 诱导下 Pseudomonas sp. QR-101 的蛋白质组学研究 | 第59-75页 |
| 第一节 材料与方法 | 第59-65页 |
| ·实验材料 | 第59-62页 |
| ·实验菌株 | 第59-60页 |
| ·主要仪器 | 第60页 |
| ·主要试剂 | 第60页 |
| ·培养基 | 第60页 |
| ·主要溶液 | 第60-62页 |
| ·实验方法 | 第62-65页 |
| ·蛋白样品的制备 | 第62页 |
| ·蛋白定量 | 第62页 |
| ·双向电泳 | 第62-65页 |
| 第二节 结果与分析 | 第65-73页 |
| ·双向电泳结果 | 第65-66页 |
| ·DL-ATC 诱导作用差异蛋白质谱鉴定结果 | 第66-73页 |
| ·鞭毛蛋白 | 第68-69页 |
| ·氨基酸 ABC 转运系统周质空间结合蛋白 | 第69页 |
| ·丝氨酸蛋白激酶 | 第69-70页 |
| ·PhoH 家族蛋白 | 第70页 |
| ·半胱氨酸合成酶/胱硫醚酶 beta 合酶家族蛋白 | 第70-71页 |
| ·β-内酰胺酶 | 第71页 |
| ·β-内酰胺酶域蛋白 | 第71页 |
| ·ATC 消旋酶 | 第71-72页 |
| ·假定蛋白 | 第72页 |
| ·ATC 水解酶 | 第72-73页 |
| 第三节 讨论与小结 | 第73-75页 |
| ·讨论 | 第73-74页 |
| ·小结 | 第74-75页 |
| 第四章 DL-ATC 诱导下 Pseudomonas sp. QR-101 的代谢组学研究 | 第75-90页 |
| 第一节 材料与方法 | 第75-78页 |
| ·实验材料 | 第75-76页 |
| ·实验菌株 | 第75页 |
| ·主要仪器 | 第75-76页 |
| ·主要试剂 | 第76页 |
| ·培养基 | 第76页 |
| ·实验方法 | 第76-78页 |
| ·样品制备 | 第76页 |
| ·样品分析 | 第76-78页 |
| 第二节 结果与分析 | 第78-89页 |
| ·色谱条件考察 | 第78页 |
| ·方法学考察 | 第78-80页 |
| ·代谢组学数据分析结果 | 第80-84页 |
| ·DL-ATC 诱导下发生改变的代谢物鉴定 | 第84-86页 |
| ·DL-ATC 诱导下发生改变的代谢物的代谢途径研究 | 第86-89页 |
| ·对能量代谢途径的影响 | 第86-88页 |
| ·对氨基酸代谢途径的影响 | 第88-89页 |
| 第三节 讨论与小结 | 第89-90页 |
| ·讨论 | 第89页 |
| ·小结 | 第89-90页 |
| 第五章 L-半胱氨酸合成酶基因的克隆、表达与鉴定 | 第90-121页 |
| 第一节 材料与方法 | 第91-106页 |
| ·实验材料 | 第91-95页 |
| ·菌株和质粒 | 第91-92页 |
| ·主要仪器 | 第92-93页 |
| ·主要试剂 | 第93页 |
| ·培养基 | 第93-94页 |
| ·主要溶液 | 第94-95页 |
| ·实验方法 | 第95-106页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶基因簇的克隆及序列测定 | 第95-97页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶基因的克隆、鉴定 | 第97-100页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶基因的表达 | 第100-102页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶的纯化、鉴定 | 第102-103页 |
| ·重组表达 L-半胱氨酸合成酶的活性鉴定 | 第103页 |
| ·酶活的测定方法 | 第103-104页 |
| ·重组表达 L-半胱氨酸合成酶的酶学性质考察 | 第104-105页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶的组合催化反应 | 第105-106页 |
| 第二节 结果与分析 | 第106-120页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶基因的克隆、鉴定 | 第106-108页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶基因簇的克隆及序列测定 | 第106-107页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶基因的 TA 克隆、鉴定 | 第107-108页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶基因的表达、纯化与酶活测定 | 第108-115页 |
| ·表达载体的构建 | 第108-110页 |
| ·L-半胱氨酸合成酶的表达、纯化 | 第110-111页 |
| ·重组表达 L-半胱氨酸合成酶的活性鉴定 | 第111-115页 |
| ·重组表达 L-半胱氨酸合成酶的酶学性质考察 | 第115-119页 |
| ·酶活的测定方法 | 第115-116页 |
| ·酶的最适反应 pH 值的考察 | 第116-117页 |
| ·酶的最适反应温度的考察 | 第117页 |
| ·酶的热稳定性考察 | 第117-118页 |
| ·金属离子对酶活力的影响 | 第118-119页 |
| ·重组表达 L-半胱氨酸合成酶的催化反应 | 第119-120页 |
| 第三节 讨论与小结 | 第120-121页 |
| ·讨论 | 第120页 |
| ·小结 | 第120-121页 |
| 第六章 DL-ATC 诱导下 Pseudomonas sp. QR-101 的跨组学讨论与分析 | 第121-127页 |
| ·L-半胱氨酸代谢与硫代谢的多组学分析 | 第123-124页 |
| ·能量代谢以及泳动相关的多组学分析 | 第124页 |
| ·氨基酸代谢的多组学分析 | 第124页 |
| ·转运与结合蛋白的多组学分析 | 第124-127页 |
| 总结与展望 | 第127-130页 |
| 创新点 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
| 附录 | 第140-146页 |
| 个人简历、在学期间发表的论文 | 第146-147页 |
