| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| ·背景介绍 | 第7-9页 |
| ·研究的目的与意义 | 第9-10页 |
| ·国内外研究状况 | 第10-11页 |
| ·研究的主要内容 | 第11-13页 |
| 第二章 基因序列的可视化方法 | 第13-21页 |
| ·CGR 综述 | 第13页 |
| ·混沌游走 | 第13-14页 |
| ·CGR 的构造与迭代函数 | 第14-15页 |
| ·CGR 的性质 | 第15页 |
| ·CGR 基因签名 | 第15-16页 |
| ·基因签名介绍 | 第15-16页 |
| ·CGR 的频率矩阵——FCGR | 第16页 |
| ·k 串理论的介绍 | 第16-21页 |
| 第三章 蛋白质序列的多重分形性质及其 Rényi 熵率 | 第21-28页 |
| ·蛋白质CGR 的简述 | 第21-22页 |
| ·符号序列的几何表示 | 第22-23页 |
| ·符号序列的信息熵 | 第23-24页 |
| ·符号序列的分形表示 | 第24-26页 |
| ·符号动力系统描述 | 第26-27页 |
| ·本章小节 | 第27-28页 |
| 第四章 基于蛋白质混沌游走表示法的线粒体蛋白质序列比对 | 第28-37页 |
| ·问题描述 | 第28页 |
| ·序列比对算法的设计 | 第28-31页 |
| ·氨基酸分类 | 第28-29页 |
| ·序列比对算法 | 第29-31页 |
| ·结果 | 第31-35页 |
| ·氨基酸分成4 类情况下的比对 | 第31-33页 |
| ·氨基酸分成7 类情况下的比对 | 第33-34页 |
| ·无分类情况下的比对 | 第34-35页 |
| ·本章小节 | 第35-37页 |
| 第五章 种系分析 | 第37-44页 |
| ·种系分析介绍 | 第37-38页 |
| ·利用PCGR 距离进行种系分析 | 第38-40页 |
| ·距离概率矩阵 | 第39页 |
| ·结合分层聚类法生成种系树 | 第39-40页 |
| ·二次偏差距离 | 第40-43页 |
| ·k 阶 FCGR 归一化 | 第41页 |
| ·两条DNA 序列归一化k 阶FCGR 之间的二次偏差距离 | 第41-42页 |
| ·二次偏差距离的评价 | 第42-43页 |
| ·本章小节 | 第43-44页 |
| 第六章 生物序列的网络性质 | 第44-50页 |
| ·DNA 序列的网络模型建模 | 第44-46页 |
| ·结果 | 第46-48页 |
| ·本章小节 | 第48-50页 |
| 第七章 总结和展望 | 第50-52页 |
| ·总结 | 第50-51页 |
| ·展望 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 附录：攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第57页 |
