| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-16页 |
| ·项目研究背景 | 第8-12页 |
| ·课题背景 | 第8-9页 |
| ·国内外研究现状与水平 | 第9-11页 |
| ·项目的提出 | 第11-12页 |
| ·项目研究意义 | 第12-13页 |
| ·项目应用现状 | 第12-13页 |
| ·项目研究意义 | 第13页 |
| ·项目研究内容及主要贡献 | 第13-14页 |
| ·论文组织结构 | 第14-16页 |
| 第二章 基于树形结构的RNA二级比对算法 | 第16-30页 |
| ·RNA序列比对模型 | 第16-21页 |
| ·序列结构 | 第16-18页 |
| ·序列突变与序列操作 | 第18-19页 |
| ·RNA序列比对问题 | 第19-20页 |
| ·已有算法分析 | 第20-21页 |
| ·序列比对的算法基础 | 第21-25页 |
| ·动态规划算法思想 | 第21页 |
| ·序列比对的动态规划 | 第21-23页 |
| ·RNA一级结构的动态规划处理 | 第23-25页 |
| ·RNA二级结构比对算法 | 第25-29页 |
| ·RNA树形结构表达 | 第25-26页 |
| ·动态规划表的构建 | 第26-27页 |
| ·算法描述 | 第27-29页 |
| ·小结 | 第29-30页 |
| 第三章 基于RNA二级结构的RNA三级结构比对算法 | 第30-45页 |
| ·RNA结构映射和约束距离 | 第30-34页 |
| ·二级结构映射 | 第31-32页 |
| ·基于映射的约束距离 | 第32-34页 |
| ·基于RNA二级结构映射的三级结构比对算法 | 第34-41页 |
| ·动态规划表的构建 | 第34-36页 |
| ·算法描述 | 第36-38页 |
| ·比对结果分析 | 第38-41页 |
| ·基于RNA二级结构变换的三级结构比对算法 | 第41-43页 |
| ·RNA三级结构的变换 | 第41-42页 |
| ·算法描述 | 第42页 |
| ·比对结果分析 | 第42-43页 |
| ·小结 | 第43-45页 |
| 第四章 序列比对算法实现技术研究 | 第45-58页 |
| ·RNA数据结构分析和处理 | 第45-50页 |
| ·RNA数据分析 | 第45-46页 |
| ·RNA树形结构预处理 | 第46-48页 |
| ·罚分函数设计和比对方式评价 | 第48-50页 |
| ·数组操作和内存管理 | 第50-52页 |
| ·快速排序与折半查找结合的数组操作 | 第50-51页 |
| ·内存管理和编译技术 | 第51-52页 |
| ·序列比对算法的实现 | 第52-55页 |
| ·动态规划得分矩阵改进 | 第53页 |
| ·UKK_FA算法 | 第53-54页 |
| ·优化的回溯路径 | 第54-55页 |
| ·实验结果分析 | 第55-56页 |
| ·小结 | 第56-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-60页 |
| ·工作总结 | 第58-59页 |
| ·将来进一步的研究工作 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 攻读硕士期间主要的研究成果 | 第65页 |