| 致谢 | 第1-13页 |
| 英文缩略词 | 第13-15页 |
| 摘要 | 第15-17页 |
| Abstract | 第17-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-40页 |
| ·Ⅰ型PKS | 第22-28页 |
| ·Ⅰ型PKS的结构 | 第22页 |
| ·Ⅰ型PKS催化PK合成 | 第22-24页 |
| ·Ⅰ型PKS分类 | 第24-25页 |
| ·Ⅰ型PKS的底物预测 | 第25-28页 |
| ·基于AT结构域的底物预测 | 第25-26页 |
| ·基于KS结构域的底物预测 | 第26-28页 |
| ·NRPS | 第28-34页 |
| ·NRPS的结构 | 第28-29页 |
| ·NRPS催化NRP合成 | 第29-30页 |
| ·NRPS分类 | 第30-33页 |
| ·NRPS的底物预测 | 第33-34页 |
| ·A结构域参与的底物识别 | 第33-34页 |
| ·C结构域参与的底物识别 | 第34页 |
| ·PKS和NRPS数据库 | 第34-36页 |
| ·NRPS-PKS数据库 | 第34-35页 |
| ·NRPSpredictor | 第35页 |
| ·Norine数据库 | 第35页 |
| ·其他数据库 | 第35-36页 |
| ·本工作的研究目的和研究内容 | 第36-40页 |
| 第二章 基于PKS、NRPS基因的抗生素paenimacrolidin研究 | 第40-80页 |
| ·前言 | 第40-41页 |
| ·材料 | 第41-45页 |
| ·菌株和细胞 | 第41页 |
| ·主要试剂 | 第41-42页 |
| ·实验试剂的配制 | 第42页 |
| ·培养基的配制 | 第42-44页 |
| ·主要仪器 | 第44-45页 |
| ·方法 | 第45-55页 |
| ·菌株分离 | 第45页 |
| ·基因组DNA的抽提 | 第45-47页 |
| ·引物设计 | 第47页 |
| ·PCR扩增 | 第47-49页 |
| ·PCR产物的割胶回收 | 第49-50页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第50-51页 |
| ·TA克隆 | 第51页 |
| ·菌落PCR | 第51-52页 |
| ·系统树的构建 | 第52页 |
| ·NRPS和PKS的生物信息学分析 | 第52页 |
| ·发酵工艺 | 第52页 |
| ·PAM分离纯化工艺 | 第52-53页 |
| ·PAM生物活性研究 | 第53-54页 |
| ·纸片扩散法测PAM的抗菌活性 | 第53页 |
| ·MIC测定 | 第53-54页 |
| ·杀菌曲线测定 | 第54页 |
| ·体外抗肿瘤活性 | 第54页 |
| ·PAM稳定性试验 | 第54-55页 |
| ·发酵液稳定性实验 | 第54页 |
| ·纯品稳定性实验 | 第54-55页 |
| ·PAM结构鉴定 | 第55页 |
| ·质谱和核磁分析 | 第55页 |
| ·紫外和红外光谱分析 | 第55页 |
| ·结果 | 第55-77页 |
| ·菌株筛选 | 第55-56页 |
| ·P.tianmuensis F6-B70的NRPS基因扩增 | 第56-58页 |
| ·P.tianmuensis F6-B70的PKS基因扩增 | 第58-63页 |
| ·发酵培养基选择及PAM制备 | 第63页 |
| ·PAM的特性 | 第63-64页 |
| ·PAM的结构解析 | 第64-73页 |
| ·PAM分子量测定 | 第64页 |
| ·PAM核磁图谱 | 第64页 |
| ·基于红外、质谱与核磁的PAM结构解析 | 第64-73页 |
| ·PAM生物活性分析 | 第73-77页 |
| ·抗菌活性研究 | 第73-75页 |
| ·抗菌活性与稳定性之间的关系 | 第75-77页 |
| ·PAM的抗肿瘤活性 | 第77页 |
| ·讨论 | 第77-79页 |
| ·P.tianmuensis F6-B70的PKS和NRPS基因 | 第77页 |
| ·PAM | 第77-78页 |
| ·NRPS、PKS与PAM生物合成 | 第78-79页 |
| ·小结 | 第79-80页 |
| 第三章 基于NRPS基因的嗜铁素paenibactin的分离、纯化及结构鉴定 | 第80-100页 |
| ·前言 | 第80-81页 |
| ·材料 | 第81-84页 |
| ·菌株和材料 | 第81页 |
| ·主要试剂 | 第81页 |
| ·实验试剂的配制 | 第81-82页 |
| ·培养基的配制 | 第82-83页 |
| ·主要仪器 | 第83-84页 |
| ·方法 | 第84-86页 |
| ·本地Blast检索 | 第84页 |
| ·NRPS的生物信息学分析 | 第84页 |
| ·嗜铁素的检测 | 第84页 |
| ·发酵工艺流程 | 第84-85页 |
| ·Paenibactin的分离纯化工艺 | 第85页 |
| ·质谱和核磁分析 | 第85页 |
| ·氨基酸组成的手性分析 | 第85-86页 |
| ·结果 | 第86-95页 |
| ·P.elgii B69的嗜铁素生物合成基因簇(pae) | 第86-89页 |
| ·嗜铁素的检测 | 第89-90页 |
| ·化合物P1、P2、paenibactin的分离纯化 | 第90页 |
| ·化合物P1、P2、paenibactin的结构解析 | 第90-95页 |
| ·讨论 | 第95-98页 |
| ·基于基因组挖掘和NRPS基因分析的嗜铁素研究 | 第95-96页 |
| ·P.elgii B69在铁胁迫条件下的代谢产物分析 | 第96-97页 |
| ·Paenibactin的结构 | 第97页 |
| ·Paenibactin的生物活性 | 第97-98页 |
| ·pae基因簇与paenibactin的生物合成 | 第98页 |
| ·本章小结 | 第98-100页 |
| 第四章 Paenibactin生物合成基因簇的研究 | 第100-124页 |
| ·前言 | 第100-101页 |
| ·材料 | 第101-106页 |
| ·菌株和质粒 | 第101页 |
| ·主要试剂 | 第101-102页 |
| ·实验试剂的配制 | 第102-104页 |
| ·培养基的配制 | 第104页 |
| ·主要仪器 | 第104-106页 |
| ·方法 | 第106-113页 |
| ·P.elgii B69基因组的抽提 | 第106页 |
| ·引物设计 | 第106页 |
| ·PCR扩增 | 第106-107页 |
| ·质粒的提取 | 第107-108页 |
| ·重组质粒的构建 | 第108-109页 |
| ·质粒和PCR产物的酶切 | 第108页 |
| ·酶切产物的割胶回收 | 第108页 |
| ·酶切产物的清洁回收 | 第108页 |
| ·PCR酶切产物与质粒的连接 | 第108-109页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第109页 |
| ·连接产物转化大肠杆菌感受态细胞 | 第109页 |
| ·转化子的筛选及鉴定 | 第109页 |
| ·工程菌的诱导表达 | 第109-110页 |
| ·SDS-PAGE电泳 | 第110-111页 |
| ·发酵罐规模的发酵 | 第111页 |
| ·重组蛋白的分离纯化 | 第111-112页 |
| ·蛋白浓度的测定—BCA法 | 第112页 |
| ·A结构域底物特异性的测定 | 第112-113页 |
| ·结果 | 第113-118页 |
| ·paeF-A1序列的扩增及质粒pET-28a的抽提 | 第113-114页 |
| ·重组质粒的构建 | 第114-116页 |
| ·工程菌的诱导表达 | 第116-117页 |
| ·重组蛋白的分离纯化 | 第117页 |
| ·A结构域PaeF-A1的底物特异性测定 | 第117-118页 |
| ·讨论 | 第118-121页 |
| ·基因簇pae为编码paenibactin生物合成途径的基因簇 | 第118-119页 |
| ·Paenibactin生物合成途径 | 第119-121页 |
| ·Paenibactin-Fe~(3+)复合物的转运机制及被螯和Fe~(3+)的释放 | 第121页 |
| ·本章小结 | 第121-124页 |
| 第五章 pae基因簇的进化分析 | 第124-134页 |
| ·前言 | 第124-125页 |
| ·方法 | 第125页 |
| ·pae同源基因簇的序列分析 | 第125页 |
| ·NRPS的生物信息学分析 | 第125页 |
| ·多序列比对 | 第125页 |
| ·基因重组分析 | 第125页 |
| ·系统进化树的构建 | 第125页 |
| ·结果 | 第125-131页 |
| ·pae基因簇的同源基因簇 | 第125-127页 |
| ·pae基因簇及其同源基因簇的重组分析 | 第127-128页 |
| ·pae基因簇的进化分析 | 第128-131页 |
| ·讨论 | 第131-133页 |
| ·pae基因簇的系统发生 | 第131-132页 |
| ·导致产物多样性的机制 | 第132-133页 |
| ·小结 | 第133-134页 |
| 第六章 全文总结及后续工作建议 | 第134-138页 |
| ·全文总结 | 第134-136页 |
| ·后续工作建议 | 第136-138页 |
| 参考文献 | 第138-146页 |
| 作者简介 | 第146页 |
