| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 前言 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-35页 |
| ·副猪嗜血杆菌生物学特征 | 第13-14页 |
| ·副猪嗜血杆菌感染及其特点 | 第14-16页 |
| ·副猪嗜血杆菌致病机制 | 第16-23页 |
| ·副猪嗜血杆菌毒力表型和基因型差异(特异的毒力相关因子) | 第17-22页 |
| ·感染模型中宿主反应因子及机制(宿主易感性和表达调控) | 第22-23页 |
| ·副猪嗜血杆菌感染的诊断及其相关技术 | 第23-26页 |
| ·临床诊断和病理学诊断 | 第23页 |
| ·实验室诊断 | 第23-26页 |
| ·副猪嗜血杆菌流行病学及分型 | 第26-30页 |
| ·血清型分型 | 第26-27页 |
| ·基因型分型 | 第27-30页 |
| ·副猪嗜血杆菌的耐药性及可能机制 | 第30-31页 |
| ·副猪嗜血杆菌疫苗相关研究 | 第31-32页 |
| ·副猪嗜血杆菌遗传多样性与分类学 | 第32-34页 |
| ·副猪嗜血杆菌基因组学现状 | 第34-35页 |
| 第二章 副猪嗜血杆菌SH0165全基因组序列测定及分析 | 第35-72页 |
| ·研究的目的意义 | 第35页 |
| ·实验材料 | 第35-37页 |
| ·菌株及来源 | 第35页 |
| ·质粒载体 | 第35-36页 |
| ·工具酶及DNA Marker等 | 第36页 |
| ·所用试剂盒 | 第36页 |
| ·主要化学试剂及材料 | 第36页 |
| ·主要溶液及培养基 | 第36-37页 |
| ·实验方法 | 第37-47页 |
| ·菌种活化及扩大培养 | 第37页 |
| ·染色体DNA的提取-改良法 | 第37-38页 |
| ·基因组随机插入文库的构建 | 第38-42页 |
| ·测序模板的制备和定量(Minishaker法) | 第42-43页 |
| ·质粒模板大规模测序反应 | 第43-44页 |
| ·测序数据的采集 | 第44页 |
| ·基因组序列的拼接及验证 | 第44-45页 |
| ·基因组的注释分析 | 第45-47页 |
| ·结果与分析 | 第47-67页 |
| ·基因组DNA的提取和超声断裂 | 第47-48页 |
| ·序列reads的多轮拼接及基因组结构的核实 | 第48页 |
| ·基因组测序基本信息 | 第48-49页 |
| ·SH0165基因组序列的注释与分析 | 第49-67页 |
| ·讨论 | 第67-71页 |
| ·细菌基因组测序问题及体会 | 第67-68页 |
| ·基因组注释 | 第68-69页 |
| ·基因组中噬菌体基因 | 第69-70页 |
| ·基因组中的假基因及预测分析 | 第70-71页 |
| ·基因组中信号转导及转录调控基因 | 第71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 第三章 副猪嗜血杆菌比较基因组学 | 第72-87页 |
| ·研究的背景意义 | 第72页 |
| ·实验材料 | 第72-75页 |
| ·实验方法 | 第75页 |
| ·基因组注释的均一化处理 | 第75页 |
| ·SH0165与29755基因组的比较 | 第75页 |
| ·嗜血杆菌属比较毒力组分分析 | 第75页 |
| ·结果与分析 | 第75-81页 |
| ·副猪嗜血杆菌比较基因组分析(SH0165 VS 29755) | 第75-77页 |
| ·嗜血杆菌属比较毒力组分分析 | 第77-81页 |
| ·讨论 | 第81-82页 |
| ·副猪嗜血杆菌SH0165与29755比较分析 | 第81页 |
| ·副猪嗜血杆菌基因组毒力相关基因组成分析 | 第81-82页 |
| ·小结 | 第82-87页 |
| 第四章 副猪嗜血杆菌转录组学 | 第87-120页 |
| ·研究目的意义 | 第87页 |
| ·实验材料 | 第87-90页 |
| ·菌株及样品材料 | 第87-89页 |
| ·实验主要试剂耗材及试剂盒 | 第89-90页 |
| ·实验方法 | 第90-104页 |
| ·体外处理条件的细菌mRNA的分离 | 第90-92页 |
| ·体内(感染的肺、脑组织)的细菌mRNA的分离 | 第92-95页 |
| ·两步法荧光定量PCR | 第95-101页 |
| ·PCR筛查副猪嗜血杆菌菌群中主要毒力因子的分布 | 第101-102页 |
| ·双链DNA的合成 | 第102-104页 |
| ·cDNA样品焦磷酸法测序(Illumina Solexa 1G Genome Analyzer) | 第104页 |
| ·结果与分析 | 第104-116页 |
| ·SH0165毒力相关组分差异表达 | 第104-107页 |
| ·主要毒力相关基因在临床菌株中的筛查 | 第107-108页 |
| ·SH0165菌株转录组分析 | 第108-116页 |
| ·实时荧光定量PCR验证差异表达基因 | 第116页 |
| ·讨论 | 第116-119页 |
| ·利用同源分析毒力相关基因表达差异 | 第116-118页 |
| ·利用不同应激条件分析毒力相关基因表达差异 | 第118-119页 |
| ·小结 | 第119-120页 |
| 第五章 副猪嗜血杆菌遗传进化分析 | 第120-145页 |
| ·研究目的意义 | 第120页 |
| ·实验材料 | 第120-122页 |
| ·菌株及其背景信息 | 第120-122页 |
| ·克隆质粒 | 第122页 |
| ·主要试剂等 | 第122页 |
| ·实验方法 | 第122-127页 |
| ·样品菌株基因组的提取 | 第122-123页 |
| ·看家基因的扩增、纯化及其测序 | 第123-125页 |
| ·序列数据的收集和分析 | 第125页 |
| ·利用基因组序列的16S rDNA基因建立系统进化树 | 第125页 |
| ·基因组数据的整理和分析 | 第125-126页 |
| ·利用基因组序列的35个保守同源基因序列建立系统进化树 | 第126-127页 |
| ·结果与分析 | 第127-139页 |
| ·副猪嗜血杆菌基因分型 | 第127-128页 |
| ·sodA基因的进化分析及其意义 | 第128-133页 |
| ·ompP2基因进化分析及其意义 | 第133-136页 |
| ·利用16S rDNA基因建立进化树 | 第136页 |
| ·利用35个保守同源基因建立进化树 | 第136-137页 |
| ·利用20个基因组的COGs作图分析 | 第137-139页 |
| ·巴氏杆菌科基因组可能的遗传演化规律 | 第139页 |
| ·讨论 | 第139-143页 |
| ·副猪嗜血杆菌基因分型 | 第139-140页 |
| ·靶标蛋白SodA和P2功能与进化分析 | 第140-142页 |
| ·巴氏杆菌科分类与基因组进化 | 第142-143页 |
| ·小结 | 第143-145页 |
| 结论 | 第145-146页 |
| 参考文献 | 第146-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
| 研究生期间发表文章及获奖励 | 第159-160页 |
| 附表 | 第160-194页 |
