| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略语 | 第10-12页 |
| 第一篇 文献综述 | 第12-27页 |
| 1 猪肠道微生物的定植 | 第12-13页 |
| 2 猪不同肠道部位微生物的组成 | 第13-14页 |
| 2.1 猪消化器官的构造及其消化功能 | 第13-14页 |
| 2.2 猪肠道微生物的组成 | 第14页 |
| 3 影响猪肠道微生物组成的因素 | 第14-15页 |
| 4 肠道菌群的主要功能 | 第15-21页 |
| 4.1 参与宿主的物质代谢 | 第15-18页 |
| 4.1.1 对碳水化合物的代谢 | 第16页 |
| 4.1.2 对含氮化合物的代谢 | 第16-17页 |
| 4.1.3 对脂类物质的消化利用 | 第17页 |
| 4.1.4 对药物或药物前体的代谢 | 第17-18页 |
| 4.2 发挥屏障功能 | 第18页 |
| 4.3 在免疫调控中起重要作用 | 第18-19页 |
| 4.4 对大脑发育及行为的影响 | 第19-21页 |
| 5 研究肠道菌群的主要方法 | 第21-23页 |
| 5.1 16SrRNA基因高通量测序技术 | 第21-22页 |
| 5.2 宏基因组学技术 | 第22页 |
| 5.3 宏转录组技术 | 第22页 |
| 5.4 宏蛋白质组技术 | 第22页 |
| 5.5 宏代谢组学 | 第22-23页 |
| 6 影响猪脂肪沉积和饲料利用率的因素 | 第23-25页 |
| 6.1 影响猪脂肪沉积的主要因素 | 第23-24页 |
| 6.2 影响猪饲料利用率的主要因素 | 第24-25页 |
| 7 本研究的目的和意义 | 第25-27页 |
| 7.1 猪肠道菌群研究目前存在的主要问题 | 第25-26页 |
| 7.2 本研究目的 | 第26页 |
| 7.3 本研究意义 | 第26-27页 |
| 第二篇 实验研究 | 第27-63页 |
| 第一章 不同脂肪沉积能力的莱芜猪三个肠道部位的微生物组成及其功能基因差异分析 | 第27-43页 |
| 1 引言 | 第27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.1.1 实验动物的饲养 | 第27-28页 |
| 2.1.2 肠道内容物的收集 | 第28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-30页 |
| 2.2.1 DNA样品制备 | 第28页 |
| 2.2.2 16SrRNA基因测序及其数据分析 | 第28-29页 |
| 2.2.2.1 PCR扩增与产物测序 | 第28页 |
| 2.2.2.2 原始数据处理 | 第28-29页 |
| 2.2.2.3 OTU分析和物种注释 | 第29页 |
| 2.2.2.4 统计分析 | 第29页 |
| 2.2.3 宏基因组测序及其数据分析 | 第29-30页 |
| 2.2.3.1 DNA池的构建和测序 | 第29页 |
| 2.2.3.2 数据预处理与组装 | 第29-30页 |
| 2.2.3.3 基因预测与功能注释 | 第30页 |
| 2.2.3.4 物种注释 | 第30页 |
| 2.2.3.5 样品间物种丰度比较 | 第30页 |
| 2.2.3.6 样品间微生组功能基因丰度比较 | 第30页 |
| 3 结果 | 第30-41页 |
| 3.1 莱芜猪三个不同肠道部位微生物组成分析 | 第30-35页 |
| 3.2 莱芜猪三个肠道部位微生物组功能比较 | 第35-36页 |
| 3.3 不同背膘厚猪个体间三个肠道部位微生物组成比较 | 第36-37页 |
| 3.4 不同背膘厚猪三个肠道部位微生物组功能比较 | 第37-41页 |
| 4 讨论 | 第41-42页 |
| 5 小结 | 第42-43页 |
| 第二章 在大规模杜洛克猪群体中分析肠道微生物组成和功能及其与饲料转化效率的关联性 | 第43-63页 |
| 1 引言 | 第43页 |
| 2 材料与方法 | 第43-46页 |
| 2.1 实验动物 | 第43页 |
| 2.2 饲料转化效率表型测定与粪便样品的采集 | 第43-44页 |
| 2.3 粪便DNA样品制备、16SrRNA基因测序与分析 | 第44页 |
| 2.4 猪肠道微生物与饲料转化效率的关联性分析 | 第44-45页 |
| 2.5 宏基因组测序与分析 | 第45-46页 |
| 3 结果 | 第46-60页 |
| 3.1 两个杜洛克猪群体FCR表型分布 | 第46页 |
| 3.2 杜洛克猪肠道菌群分布特征 | 第46-48页 |
| 3.3 环境因素和宿主遗传对猪肠道菌群的影响 | 第48页 |
| 3.4 性别对猪肠道菌群结构的影响 | 第48-50页 |
| 3.5 肠道微生物与FCR关联性分析 | 第50-54页 |
| 3.6 与性别和FCR相关的肠道微生物宏基因组 | 第54-60页 |
| 4 讨论 | 第60-62页 |
| 5 小结 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-77页 |
| 附录1 莱芜猪肠道微生物数据分析 | 第77-82页 |
| 附录2 杜洛克猪肠道群落微生物数据分析 | 第82-90页 |
| 附录3 作者简历 | 第90-91页 |
| 附录4 博士研究生学习期间发表论文情况 | 第91-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
