| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-25页 |
| 1.1 分子标记的类型和特点 | 第16-17页 |
| 1.1.1 第一代分子标记 | 第16-17页 |
| 1.1.2 第二代分子标记 | 第17页 |
| 1.1.3 第三代分子标记 | 第17页 |
| 1.2 开发SNP标记的方法 | 第17-19页 |
| 1.2.1 利用芯片技术开发SNP标记 | 第17-18页 |
| 1.2.2 利用BSA技术开发SNP标记 | 第18页 |
| 1.2.3 利用简化基因组测序技术开发SNP标记 | 第18页 |
| 1.2.4 利用重测序技术开发SNP标记 | 第18-19页 |
| 1.3 作图群体的类型 | 第19-20页 |
| 1.3.1 暂时性作图群体 | 第19页 |
| 1.3.2 永久性作图群体 | 第19页 |
| 1.3.3 次级分离群体 | 第19-20页 |
| 1.3.4 多亲本群体 | 第20页 |
| 1.4 棉花遗传图谱构建及QTL定位研究进展 | 第20-22页 |
| 1.4.1 利用一代分子标记进行遗传图谱构建及QTL定位 | 第20-21页 |
| 1.4.2 利用二代分子标记进行遗传图谱构建及QTL定位 | 第21页 |
| 1.4.3 利用三代分子标记进行遗传图谱构建及QTL定位 | 第21页 |
| 1.4.4 单染色体的QTL定位 | 第21-22页 |
| 1.5 棉花关联分析研究进展 | 第22页 |
| 1.6 分析基因表达量的方法 | 第22-23页 |
| 1.6.1 荧光定量PCR技术 | 第22-23页 |
| 1.6.2 基因表达谱芯片 | 第23页 |
| 1.6.3 转录组测序技术(RNA-Seq) | 第23页 |
| 1.7 GATA转录因子的家族分析概述 | 第23-24页 |
| 1.8 实验目的与意义 | 第24-25页 |
| 第二章 RIL群体多年多点实验鉴定 | 第25-32页 |
| 2.1 材料与方法 | 第25-26页 |
| 2.1.1 种植材料 | 第25页 |
| 2.1.2 农艺性状田间试验 | 第25页 |
| 2.1.3 产量纤维品质田间试验 | 第25-26页 |
| 2.1.4 产量纤维品质田间试验 | 第26页 |
| 2.2 结果与分析 | 第26-31页 |
| 2.2.1 农艺性状的描述性统计 | 第26-27页 |
| 2.2.2 产量和纤维品质性状的描述性统计 | 第27-28页 |
| 2.2.3 农艺性状的遗传力分析 | 第28-29页 |
| 2.2.4 产量和纤维品质性状的遗传力分析 | 第29-30页 |
| 2.2.5 株高与纤维果枝数的相关性分析 | 第30页 |
| 2.2.6 产量和纤维品质性状的相关性分析 | 第30-31页 |
| 2.3 讨论 | 第31-32页 |
| 第三章 遗传图谱的构建 | 第32-47页 |
| 3.1 材料与方法 | 第32-37页 |
| 3.1.1 材料 | 第32页 |
| 3.1.2 基因组DNA的提取 | 第32-34页 |
| 3.1.3 基因组DNA浓度及吸光度的检测： | 第34页 |
| 3.1.4 基因组DNA完整性检测： | 第34页 |
| 3.1.5 参考基因组的确定 | 第34页 |
| 3.1.6 酶切方案的选择标准 | 第34-35页 |
| 3.1.7 酶切方案的确定 | 第35页 |
| 3.1.8 亲本及群体材料DNA的酶切 | 第35页 |
| 3.1.9 酶切片段的PCR扩增 | 第35页 |
| 3.1.10 简化基因组测序及原始数据的过滤 | 第35-36页 |
| 3.1.11 与参考基因组的比对及基因分型 | 第36页 |
| 3.1.12 标记的过滤 | 第36页 |
| 3.1.13 棉花70K芯片开发标记的过滤 | 第36页 |
| 3.1.14 SSR开发标记的过滤 | 第36-37页 |
| 3.1.15 整合遗传图谱的构建 | 第37页 |
| 3.2 结果与分析 | 第37-45页 |
| 3.2.1 SLAF-Seq技术开发SNP标记的基因分型 | 第37-38页 |
| 3.2.2 高密度遗传图谱的构建 | 第38-40页 |
| 3.2.3 高密度遗传图谱的质量评价 | 第40-41页 |
| 3.2.4 棉花70K芯片的基因分型 | 第41-42页 |
| 3.2.5 SSR标记的基因分型 | 第42-43页 |
| 3.2.6 整合遗传图谱的构建 | 第43-44页 |
| 3.2.7 整合遗传图谱的标记密度分析 | 第44-45页 |
| 3.2.8 整合遗传图谱的共线性分析 | 第45页 |
| 3.3 讨论 | 第45-47页 |
| 第四章 QTL,QTL Cluster的定位及候选基因注释 | 第47-111页 |
| 4.1 材料方法 | 第47-48页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第47页 |
| 4.1.2 QTL及 QTL Cluster定位 | 第47页 |
| 4.1.3 QTL及 QTL Cluster与数据库CottonQTLdb的比较 | 第47-48页 |
| 4.1.4 QTL与 GWAS结果的比较 | 第48页 |
| 4.1.5 候选基因的功能注释 | 第48页 |
| 4.2 结果与分析 | 第48-108页 |
| 4.2.1 株高性状的QTL定位 | 第48-51页 |
| 4.2.2 果枝数性状的QTL定位 | 第51-53页 |
| 4.2.3 纤维强度的QTL定位 | 第53-64页 |
| 4.2.4 纤维长度的QTL定位 | 第64-72页 |
| 4.2.5 马克隆值的QTL定位 | 第72-80页 |
| 4.2.6 铃重的QTL定位 | 第80-89页 |
| 4.2.7 衣分的QTL定位 | 第89-97页 |
| 4.2.8 子指的QTL定位 | 第97-104页 |
| 4.2.9 QTL Cluster | 第104-106页 |
| 4.2.10 QTL区间内候选基因的注释 | 第106-107页 |
| 4.2.11 QTL Cluster区间内候选基因的注释 | 第107-108页 |
| 4.3 讨论 | 第108-111页 |
| 4.3.1 QTL数量与前人的比较 | 第108页 |
| 4.3.2 与cottonqtldb数据库中QTL一致性分析 | 第108页 |
| 4.3.3 与GWAS报道位点的一致性分析 | 第108-109页 |
| 4.3.4 QTL Cluster与前人定位结果的一致性 | 第109页 |
| 4.3.5 QTL Cluster中 QTL方向与性状之间的相关性 | 第109-111页 |
| 第五章 候选基因的表达 | 第111-115页 |
| 5.1 材料与方法 | 第111-112页 |
| 5.1.1 材料 | 第111页 |
| 5.1.2 RNA样品的准备 | 第111页 |
| 5.1.3 RNA样品的质量检测 | 第111页 |
| 5.1.4 RNA样品文库的构建及测序 | 第111-112页 |
| 5.1.5 RNA测序数据的质量控制 | 第112页 |
| 5.1.6 基因FPKM值的确定 | 第112页 |
| 5.1.7 前人棉花全组织转录组数据的重新分析 | 第112页 |
| 5.2 结果与分析 | 第112-113页 |
| 5.3 讨论 | 第113-115页 |
| 第六章 GATA转录因子家族分析 | 第115-121页 |
| 6.1 材料方法 | 第115页 |
| 6.1.1 数据的下载 | 第115页 |
| 6.1.2 数据的分析 | 第115页 |
| 6.2 结果与分析 | 第115-120页 |
| 6.2.1 棉花中GATA转录因子的识别 | 第115-116页 |
| 6.2.2 棉花中GATA转录因子的进化分析 | 第116页 |
| 6.2.3 棉花中GATA转录因子染色体定位 | 第116-117页 |
| 6.2.4 棉花中GATA转录因子的基因结构及蛋白质结构域分析 | 第117-119页 |
| 6.2.5 棉花中GATA转录因子共线性及选择压分析 | 第119页 |
| 6.2.6 棉花中GATA转录因子表达模式分析 | 第119-120页 |
| 6.2.7 棉花中GATA转录因子启动子分析 | 第120页 |
| 6.3 讨论 | 第120-121页 |
| 6.3.1 GATA基因与QTL定位之间的关系 | 第120页 |
| 6.3.2 GATA基因在不同亚家族上的结构特点 | 第120页 |
| 6.3.3 GATA基因表达模式的特点 | 第120-121页 |
| 第七章 结论 | 第121-123页 |
| 缩略词 | 第123-125页 |
| 参考文献 | 第125-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
| 个人简历 | 第137-138页 |
