| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 上篇 文献综述 | 第15-32页 |
| 1 Pectobacterium细菌的分类及进化研究进展 | 第16-22页 |
| 1.1 软腐肠杆菌(Soft rot enterobacteriaceae)生物学特征 | 第16-17页 |
| 1.2 软腐肠杆菌的系统分类 | 第17-19页 |
| 1.3 系统分类学的分析方法 | 第19-22页 |
| 2 Pectobacterium致病因子及其与寄主互作的研究进展 | 第22-27页 |
| 2.1 胞外植物细胞壁降解酶类 | 第22-23页 |
| 2.1.1 果胶酶 | 第22-23页 |
| 2.1.2 纤维素酶 | 第23页 |
| 2.1.3 蛋白酶 | 第23页 |
| 2.2 毒力相关蛋白 | 第23-24页 |
| 2.3 次生代谢产物 | 第24页 |
| 2.4 Pectobacterium毒力网络的调控 | 第24-26页 |
| 2.4.1 群体感应系统 | 第24-25页 |
| 2.4.2 双组分系统(two-component signal transduction system, TCSTS) | 第25页 |
| 2.4.3 其他调控因子 | 第25-26页 |
| 2.5 植物病原细菌与寄主植物的互作研究 | 第26-27页 |
| 3 细菌中主要的糖代谢途径及其与细菌毒力的关系 | 第27-30页 |
| 3.1 细菌中主要的糖代谢途径 | 第27-30页 |
| 3.1.1 EMP途径 | 第28页 |
| 3.1.2 PP途径 | 第28-29页 |
| 3.1.3 ED途径 | 第29-30页 |
| 3.2 病原细菌中糖代谢与致病表型的关系密切 | 第30页 |
| 4 本文的研究目的和意义 | 第30-32页 |
| 下篇 研究内容 | 第32-96页 |
| 第一章 Pectobacterium carotovorum菌株PccS1中KdgR和PotFGHI致病相关功能分析 | 第34-50页 |
| 1 引言 | 第35-36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-45页 |
| 2.1 供试菌株与质粒 | 第36-37页 |
| 2.2 细菌基因组DNA的提取 | 第37页 |
| 2.3 DNA操作体系 | 第37-40页 |
| 2.4 敲除突变体△kdgR和△potFGHI的构建 | 第40-41页 |
| 2.5 致病性测定 | 第41-42页 |
| 2.6 植物细胞壁降解酶活性测定 | 第42页 |
| 2.7 实时荧光定量PCR | 第42-45页 |
| 3 结果与分析 | 第45-48页 |
| 3.1 实时荧光定量PCR结果显示,编码上调表达的蛋白的基因在转录水平也上调表达 | 第45-46页 |
| 3.2 敲除突变体ApotFGHI和△kdgR的获得 | 第46-47页 |
| 3.3 potFGHI和kdgR缺失后对PccS1的毒力没有显著性影响 | 第47-48页 |
| 3.4 胞外酶活性测定结果显示△kdgR的胞外果胶酶活性增强 | 第48页 |
| 4 讨论 | 第48-50页 |
| 第二章 P.atrosepticum中Entner-Doudoroff途径的关键蛋白Edd和Eda的致病相关功能分析 | 第50-74页 |
| 1 引言 | 第52-53页 |
| 2 材料与方法 | 第53-62页 |
| 2.1 供试菌株、质粒和培养条件 | 第53-54页 |
| 2.2 细菌基因组DNA提取 | 第54页 |
| 2.3 P.atrosepticum SCRI 1039中eda/edd/zwflpfkB敲除突变体的构建 | 第54-58页 |
| 2.4 P.atrosepticum SCRI 1039中eda敲除突变体的互补菌株构建 | 第58-60页 |
| 2.5 致病性测定 | 第60-61页 |
| 2.6 生长曲线测定 | 第61页 |
| 2.7 植物细胞壁降解酶活性测定 | 第61页 |
| 2.8 致病相关基因表达 | 第61-62页 |
| 3 结果与分析 | 第62-71页 |
| 3.1 Pectobacterium中eda和edd的同源基因及上下游核酸序列分析 | 第62-63页 |
| 3.2 P.atrosepticum SCRI 1039中敲除突变体△eda和△edd的获得 | 第63-64页 |
| 3.3 △eda在寄主马铃薯块茎上致病性显著减弱,而△edd对致病性无影响 | 第64-65页 |
| 3.4 外源表达的eda可以恢复突变体的致病性 | 第65-66页 |
| 3.5 在常规培养基(LB和MM+0.2%葡萄糖)中,缺失eda仅影响P.atrosepticum最初的生长 | 第66-67页 |
| 3.6 缺失eda后,P. atrosepticum的胞外果胶酶活性显著减弱 | 第67-68页 |
| 3.7 △eda不能利用果胶分解产物多聚半乳糖醛酸和半乳糖醛酸生长 | 第68页 |
| 3.8 △eda中果胶分解代谢相关的基因表达量显著下调 | 第68-70页 |
| 3.9 △eda在寄主马铃薯植株上定殖能力减弱,无法引起典型的黑胫病症状 | 第70页 |
| 3.10 其他葡萄糖代谢途径对P.atrosepticum致病性无显著性影响 | 第70-71页 |
| 4 讨论 | 第71-74页 |
| 第三章 Pectobacterium中糖代谢四个途径关键基因的进化分析 | 第74-96页 |
| 1 引言 | 第75-77页 |
| 2 材料与方法 | 第77-82页 |
| 2.1 分类单元和分析位点选择 | 第77-80页 |
| 2.2 单位点基因序列的密码子比对 | 第80页 |
| 2.3 多位点序列串联拼接 | 第80页 |
| 2.4 系统发育树的构建 | 第80-82页 |
| 3 结果与分析 | 第82-92页 |
| 3.1 基于10个看家基因序列的系统发育分析 | 第82-84页 |
| 3.2 基于糖类代谢四个途径中18个关键基因核酸序列的系统发育分析 | 第84-86页 |
| 3.3 代谢途径进化树tanglegram分析示例(以pelC基因为例) | 第86-87页 |
| 3.4 18个代谢途径基因tanglegram的Shimodaira-Hasegawa检验 | 第87-92页 |
| 4 讨论 | 第92-96页 |
| 全文总结 | 第96-98页 |
| 本文创新点 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-112页 |
| 附录一 培养基及试剂溶液的配制 | 第112-118页 |
| 1.1 培养基的配制 | 第112-115页 |
| 1.2 试剂的配制 | 第115-116页 |
| 1.3 抗生素溶液的配制 | 第116-118页 |
| 附录二 进化分析结果 | 第118-130页 |
| 2.1 四个代谢途径进化树(共4个) | 第118-119页 |
| 2.2 基于单一位点序列构建的进化树(共18个) | 第119-122页 |
| 2.3 四个代谢途径(EMP、ED、PP和PD)系统发育树的tanglegram分析 | 第122-124页 |
| 2.4 Shimodaira-Hasegawa(SH)检验 | 第124-125页 |
| 2.5 其他差异不显著的11个代谢途径关键基因的tanglegram分析 | 第125-129页 |
| 2.6 序列比对分析(pemA基因) | 第129-130页 |
| 附录三 重要的载体图谱 | 第130-132页 |
| 3.1 pBluscript | 第130页 |
| 3.2 pKNG101 | 第130-131页 |
| 3.3 pEX18 | 第131-132页 |
| 攻读博士学位期间取得的学术成果目录 | 第132-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
