| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 综述 | 第11-20页 |
| 1.1 引言 | 第11页 |
| 1.2 DNA双螺旋 | 第11-13页 |
| 1.2.1 DNA的构象分类 | 第12页 |
| 1.2.2 B-DNA的二级结构 | 第12-13页 |
| 1.3 芳香二脒类分子 | 第13-18页 |
| 1.3.1 芳香二脒类分子与DNA的作用方式 | 第13-16页 |
| 1.3.2 芳香二脒类分子对DNA序列的选择性 | 第16-17页 |
| 1.3.3 一些常见的芳香二脒分子及其在疾病治疗上的应用 | 第17-18页 |
| 1.4 课题的研究背景意义以及技术路线 | 第18-20页 |
| 第二章 研究方法 | 第20-30页 |
| 2.1 引言 | 第20页 |
| 2.2 量子化学计算方法 | 第20-22页 |
| 2.3 分子对接方法 | 第22-25页 |
| 2.3.1 分子对接简介 | 第22页 |
| 2.3.2 分子对接法的基本原理 | 第22-23页 |
| 2.3.3 常用的分子对接软件 | 第23-25页 |
| 2.4 分子动力学模拟方法 | 第25-28页 |
| 2.4.1 分子动力学模拟的力场 | 第25-26页 |
| 2.4.2 分子动力学模拟的常用概念 | 第26-28页 |
| 2.4.3 分子动力学模拟软件Amber简介 | 第28页 |
| 2.5 本章小结 | 第28-30页 |
| 第三章 研究影响芳香二脒类分子与DNA小沟结合能力的因素及DNA小沟结合剂的设计 | 第30-54页 |
| 3.1 前言 | 第30页 |
| 3.2 数据来源 | 第30-31页 |
| 3.3 研究对象 | 第31页 |
| 3.4 计算细节 | 第31-35页 |
| 3.4.1 小分子结构的优化 | 第31-33页 |
| 3.4.2 分子对接 | 第33-35页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第35-53页 |
| 3.5.1 不同曲率芳香二脒分子的小沟结合能力研究 | 第35-42页 |
| 3.5.2 不同长度芳香二脒分子的小沟结合能力研究 | 第42-48页 |
| 3.5.3 不同末端基团和不同杂原子取代的芳香二脒分子的小沟结合能力研究 | 第48-52页 |
| 3.5.4 芳香二脒类DNA小沟结合剂的预测及设计 | 第52-53页 |
| 3.6 本章小结 | 第53-54页 |
| 第四章 DB1883, DB1803和DB1804的分子动力学研究 | 第54-66页 |
| 4.1 引言 | 第54页 |
| 4.2 计算细节 | 第54-57页 |
| 4.2.1 参数准备 | 第54-55页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第55-56页 |
| 4.2.3 VMD分子动力学可视化 | 第56页 |
| 4.2.4 结合自由能的计算 | 第56-57页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第57-65页 |
| 4.3.1 RMSD的计算结果分析 | 第57-58页 |
| 4.3.2 利用MM_PBSA计算自由能 | 第58-59页 |
| 4.3.3 氢键分析 | 第59-61页 |
| 4.3.4 轨迹分析 | 第61-65页 |
| 4.4 本章小结 | 第65-66页 |
| 第五章 全文总结 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-77页 |
| 个人简历及研究生期间发表的论文 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78页 |
