| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第10-28页 |
| 1.1 背景 | 第10-11页 |
| 1.2 沙漠的定义 | 第11-12页 |
| 1.3 沙漠多样性的差异 | 第12-14页 |
| 1.3.1 动物与植物 | 第12-13页 |
| 1.3.2 沙漠微生物 | 第13页 |
| 1.3.3 细菌的多样性 | 第13-14页 |
| 1.4 沙漠环境中的细菌与参与风化的细菌 | 第14-18页 |
| 1.4.1 环境因子与土壤微生物多样性的关系 | 第15-16页 |
| 1.4.2 沙漠环境因子 | 第16-18页 |
| 1.5 细菌对干旱环境的适应 | 第18-19页 |
| 1.6 细菌鉴定技术 | 第19-20页 |
| 1.7 16S核糖体RNA概论 | 第20-21页 |
| 1.8 宏基因组和下一代测序技术 | 第21-24页 |
| 1.8.1 罗氏454基因组测序技术 | 第22-23页 |
| 1.8.2 Illumina公司基因组分析仪 | 第23-24页 |
| 1.8.3 离子流个人基因组仪器 | 第24页 |
| 1.9 生物信息学分析条形码基因测序 | 第24-25页 |
| 1.10 原始数据处理 | 第25页 |
| 1.11 序列分类 | 第25-26页 |
| 1.12 统计分析 | 第26页 |
| 1.13 群落之间的比较 | 第26页 |
| 1.14 研究目的 | 第26-28页 |
| 第二章 纯培养和免培养技术探究样品细菌多样性 | 第28-45页 |
| 2.1 样本集合 | 第28页 |
| 2.2 分离细菌 | 第28-29页 |
| 2.2.1 分离培养 | 第28-29页 |
| 2.3 保藏 | 第29-30页 |
| 2.3.1 短期保藏 | 第29-30页 |
| 2.3.2 牛奶管 | 第30页 |
| 2.4 扩增核糖体DNA片段的分析 | 第30-32页 |
| 2.4.1 环境基因组DNA的分离 | 第30-32页 |
| 2.4.1.1 DNA的提取 | 第30-31页 |
| 2.4.1.2 16S rRNA基因的PCR扩增 | 第31-32页 |
| 2.5 结果 | 第32-41页 |
| 2.6 在沙漠中的细菌多样性的比较 | 第41-43页 |
| 2.7 讨论 | 第43-45页 |
| 第三章 新物种分类鉴定 | 第45-57页 |
| 3.1 说明 | 第45页 |
| 3.2 沙漠来源的Deinococcus saudiensis sp.nov | 第45-46页 |
| 3.3 材料和方法 | 第46-48页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第48-57页 |
| 第四章 免培养方法研究细菌多样性 | 第57-107页 |
| 4.1 前言 | 第57页 |
| 4.2 宏基因组学“目前最强大的技术” | 第57-58页 |
| 4.3 材料和方法 | 第58-62页 |
| 4.3.1 采样地点 | 第58-59页 |
| 4.3.2 样品采集 | 第59-60页 |
| 4.3.3 DNA提取 | 第60-62页 |
| 4.4 高通量测序及数据分析 | 第62-63页 |
| 4.4.1 序列预处理和OTU表的生成 | 第62-63页 |
| 4.5 结果 | 第63-107页 |
| 4.5.1 序列分析 | 第63-65页 |
| 4.5.2 个不同的沙漠样本信息个体分析 | 第65-74页 |
| 4.5.3 4个沙漠总体分析 | 第74-86页 |
| 4.5.4 科里斯坦沙漠 | 第86-95页 |
| 4.5.5 OTU分析 | 第95-96页 |
| 4.5.6 α多样性分析细菌群 | 第96-100页 |
| 4.5.7 细菌群落的β多样性分析 | 第100-105页 |
| 4.5.8 环境因子与细菌群落的相关性 | 第105-107页 |
| 第五章 结论和展望 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-127页 |
| 博士期间成果 | 第127-128页 |
| 致谢 | 第128页 |