| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-42页 |
| 1.1 蛋白质界面吸附现象 | 第14-21页 |
| 1.1.1 蛋白质概述 | 第15-16页 |
| 1.1.2 蛋白质吸附特性 | 第16-17页 |
| 1.1.3 蛋白质吸附影响因素 | 第17-21页 |
| 1.2 蛋白质吸附科学问题 | 第21-26页 |
| 1.2.1 蛋白质吸附取向 | 第21-25页 |
| 1.2.2 蛋白质构象变化 | 第25-26页 |
| 1.3 碳基纳米材料 | 第26-32页 |
| 1.3.1 碳基纳米材料简介 | 第26-29页 |
| 1.3.2 碳基纳米材料的功能化 | 第29-32页 |
| 1.3.2.1 碳纳米管的功能化 | 第29-30页 |
| 1.3.2.2 氧化石墨烯和石墨烯的功能化 | 第30-32页 |
| 1.4 碳基纳米材料与蛋白质作用的研究进展 | 第32-40页 |
| 1.4.1 实验研究 | 第32-35页 |
| 1.4.2 模拟研究 | 第35-40页 |
| 1.5 选题意义及研究内容 | 第40-42页 |
| 1.5.1 选题意义 | 第40-41页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第41-42页 |
| 第二章 功能化单壁碳纳米管对 α-胰凝乳蛋白酶的静电调和抑制 | 第42-62页 |
| 2.1 引言 | 第42-43页 |
| 2.2 模拟方法 | 第43-47页 |
| 2.2.1 α-胰凝乳蛋白酶 | 第43-45页 |
| 2.2.2 PTMC模拟 | 第45页 |
| 2.2.3 MD模拟 | 第45-46页 |
| 2.2.4 性质分析 | 第46-47页 |
| 2.2.4.1 取向表征 | 第46-47页 |
| 2.2.4.2 接触面积 | 第47页 |
| 2.2.4.3 动态互相关矩阵 | 第47页 |
| 2.2.4.4 主成分分析 | 第47页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第47-61页 |
| 2.3.1 取向分布 | 第48-50页 |
| 2.3.2 吸附过程 | 第50-52页 |
| 2.3.3 关键吸附残基 | 第52-54页 |
| 2.3.4 构象稳定性 | 第54-57页 |
| 2.3.5 动态相关和主成分分析 | 第57-61页 |
| 2.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 第三章 分子动力学模拟HIV-1 调节蛋白在石墨烯表面吸附的构象变化 | 第62-80页 |
| 3.1 引言 | 第62-64页 |
| 3.2 模拟方法 | 第64-67页 |
| 3.2.1 模拟系统 | 第64页 |
| 3.2.2 MD模拟 | 第64-65页 |
| 3.2.3 轨迹分析 | 第65-67页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第67-78页 |
| 3.3.1 吸附过程 | 第67-72页 |
| 3.3.2 二级结构 | 第72-73页 |
| 3.3.3 动态互相关矩阵和主成分分析 | 第73-76页 |
| 3.3.4 自由能势能面分析 | 第76-77页 |
| 3.3.5 聚类分析 | 第77-78页 |
| 3.4 本章小结 | 第78-80页 |
| 第四章 细胞色素c在石墨烯和氧化石墨烯表面吸附的模拟研究 | 第80-96页 |
| 4.1 引言 | 第80-81页 |
| 4.2 模拟方法 | 第81-85页 |
| 4.2.1 细胞色素c | 第81-82页 |
| 4.2.2 表面模型 | 第82-83页 |
| 4.2.3 PTMC模拟 | 第83-84页 |
| 4.2.4 MD模拟 | 第84页 |
| 4.2.5 取向定义 | 第84-85页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第85-94页 |
| 4.3.1 PTMC结果 | 第85-87页 |
| 4.3.2 取向分布 | 第87-88页 |
| 4.3.3 吸附过程 | 第88-91页 |
| 4.3.4 构象稳定性 | 第91-93页 |
| 4.3.5 电子传递路径 | 第93-94页 |
| 4.4 本章小结 | 第94-96页 |
| 第五章 脂肪酶在不同纳米材料表面吸附的多尺度模拟 | 第96-113页 |
| 5.1 引言 | 第96-98页 |
| 5.2 模拟方法 | 第98-101页 |
| 5.2.1 脂肪酶和表面 | 第98-99页 |
| 5.2.2 PTMC模拟 | 第99页 |
| 5.2.3 MD模拟 | 第99-100页 |
| 5.2.4 性质分析 | 第100-101页 |
| 5.2.4.1 取向表征 | 第100-101页 |
| 5.2.4.2 接触面积 | 第101页 |
| 5.2.4.3 均方根波动 | 第101页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第101-112页 |
| 5.3.1 取向分布 | 第101-104页 |
| 5.3.2 吸附模式和关键残基 | 第104-109页 |
| 5.3.3 构象稳定性 | 第109-110页 |
| 5.3.4 界面水行为 | 第110-112页 |
| 5.4 本章小结 | 第112-113页 |
| 结论 | 第113-115页 |
| 展望 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-150页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第150-153页 |
| 致谢 | 第153-154页 |
| 附件 | 第154页 |
