| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第14-49页 |
| 1.1 生物系统论 | 第14-15页 |
| 1.2 组学研究在系统生物学中的地位 | 第15-16页 |
| 1.3 基因转录组学和蛋白质组学的研究内容和方法 | 第16-24页 |
| 1.3.1 基因转录组学 | 第16-19页 |
| 1.3.2 蛋白质组学 | 第19-22页 |
| 1.3.3 组学数据的生物信息学分析 | 第22-24页 |
| 1.3.3.1 基因组数据库的构建和发展 | 第22-23页 |
| 1.3.3.2 "组学"研究数据分析软件的开发和应用 | 第23-24页 |
| 1.4 水稻基因转录组学和蛋白质组学研究进展 | 第24-41页 |
| 1.4.1 水稻基因转录组学研究进展 | 第24-27页 |
| 1.4.2 水稻蛋白质组学研究进展 | 第27-41页 |
| 1.4.2.1 水稻的发育蛋白质组学 | 第27-30页 |
| 1.4.2.2 水稻亚细胞组分的蛋白质组学 | 第30-32页 |
| 1.4.2.3 环境胁迫下的水稻蛋白质组学 | 第32-37页 |
| 1.4.2.4 激素处理条件下的水稻蛋白质组学 | 第37-39页 |
| 1.4.2.5 突变体或转基因水稻的蛋白质组学 | 第39-40页 |
| 1.4.2.6 蛋白质组学应用于水稻品种差异分析 | 第40-41页 |
| 1.4.2.7 翻译后修饰的蛋白质组学研究 | 第41页 |
| 1.5 水稻条纹叶枯病研究进展 | 第41-47页 |
| 1.5.1 水稻条纹叶枯病的发生和流行 | 第41-42页 |
| 1.5.2 水稻条纹叶枯病抗性的研究现状 | 第42-44页 |
| 1.5.3 水稻条纹病毒(RSV)的分子生物学 | 第44-46页 |
| 1.5.4 RSV的变异 | 第46页 |
| 1.5.5 水稻条纹叶枯病的细胞病理学变化 | 第46-47页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第47-49页 |
| 2 不同水稻品种在感染RSV后的全基因组转录谱分析 | 第49-87页 |
| 2.1 材料与方法 | 第49-53页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第49-50页 |
| 2.1.1.1 病毒来源 | 第49页 |
| 2.1.1.2 供试昆虫 | 第49页 |
| 2.1.1.3 供试水稻品种 | 第49-50页 |
| 2.1.2 水稻全基因组表达谱芯片 | 第50页 |
| 2.1.3 试验设计 | 第50-51页 |
| 2.1.3.1 供试水稻幼苗的栽培 | 第50页 |
| 2.1.3.2 病毒接种 | 第50页 |
| 2.1.3.3 样品的获取 | 第50-51页 |
| 2.1.4 水稻全基因组芯片杂交流程 | 第51页 |
| 2.1.4.1 RNA靶标的制备 | 第51页 |
| 2.1.4.2 芯片杂交、洗染和扫描 | 第51页 |
| 2.1.4.3 芯片数据的校正、归一化和数据提交 | 第51页 |
| 2.1.5 筛选差异基因 | 第51-52页 |
| 2.1.6 实时荧光定量PCR验证 | 第52页 |
| 2.1.7 差异基因的功能分析 | 第52-53页 |
| 2.2 RSV感染后水稻的基因转录谱检测 | 第53-66页 |
| 2.2.1 RNA样品的纯度和完整性检测 | 第53-54页 |
| 2.2.2 芯片检测质量判定 | 第54-63页 |
| 2.2.2.1 芯片扫描图 | 第54-55页 |
| 2.2.2.2 信噪检测 | 第55-56页 |
| 2.2.2.3 杂交信号判断 | 第56-57页 |
| 2.2.2.4 质控点分析 | 第57-63页 |
| 2.2.3 芯片上信号值的检测与比较 | 第63-66页 |
| 2.2.4 芯片杂交结果提交GEO数据库 | 第66页 |
| 2.3 水稻感染RSV后的基因表达谱差异分析 | 第66-69页 |
| 2.3.1 差异基因的筛选 | 第66-68页 |
| 2.3.2 聚类分析 | 第68-69页 |
| 2.4 实时荧光定量PCR验证 | 第69-71页 |
| 2.5 功能注释与分析 | 第71-80页 |
| 2.5.1 GeneOntology功能注释工具的比较和选择 | 第71-73页 |
| 2.5.2 在感染RSV后的两个水稻品种中都发生表达变化的基因的功能聚类 | 第73页 |
| 2.5.3 仅在感染RSV后的武育粳3号中发生表达变化的基因的功能聚类 | 第73页 |
| 2.5.4 仅在感染RSV后的KT95-418中发生表达变化的基因的功能聚类 | 第73-80页 |
| 2.6 差异基因的代谢途径分析 | 第80-84页 |
| 2.7 小结 | 第84-87页 |
| 2.7.1 芯片杂交质量判定 | 第84-85页 |
| 2.7.1.1 扫描图像分析 | 第84页 |
| 2.7.1.2 信号检测分析 | 第84页 |
| 2.7.1.3 质控分析 | 第84页 |
| 2.7.1.4 信号比较分析 | 第84-85页 |
| 2.7.2 基因表达谱差异分析 | 第85页 |
| 2.7.3 差异基因的功能注释 | 第85-86页 |
| 2.7.4 差异基因的代谢途径分析 | 第86-87页 |
| 3 不同水稻品种在感染RSV后的蛋白质表达谱分析 | 第87-123页 |
| 3.1 材料与方法 | 第87-94页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第87页 |
| 3.1.2 试验设计 | 第87-88页 |
| 3.1.3 仪器设备 | 第88页 |
| 3.1.4 主要试剂 | 第88页 |
| 3.1.5 水稻蛋白质组学分析流程 | 第88-94页 |
| 3.1.5.1 溶液配制 | 第88-90页 |
| 3.1.5.2 制备蛋白质干粉 | 第90页 |
| 3.1.5.3 蛋白质定量 | 第90-91页 |
| 3.1.5.4 IPG-SDS-PAGE双向电泳 | 第91-94页 |
| 3.2 两个水稻品种感染RSV后的叶片蛋白质双向电泳 | 第94-96页 |
| 3.3 水稻感染RSV后的叶片蛋白质表达谱差异分析 | 第96-100页 |
| 3.4 蛋白质点的MALDI-TOF-TOF/MS鉴定 | 第100-105页 |
| 3.4.1 MALDI-TOF-TOF/MS鉴定结果 | 第100-105页 |
| 3.4.2 MALDI-TOF-TOF/MS图谱和数据库检索 | 第105页 |
| 3.5 蛋白质点的功能分析 | 第105-118页 |
| 3.5.1 病毒蛋白质 | 第105-107页 |
| 3.5.2 光合作用相关的蛋白质 | 第107-113页 |
| 3.5.2.1 Rubisco | 第107-109页 |
| 3.5.2.2 光合电子传递载体 | 第109-111页 |
| 3.5.2.3 PSⅡ放氧复合体 | 第111-112页 |
| 3.5.2.4 类囊体内腔17.4kDa蛋白 | 第112-113页 |
| 3.5.3 抗氧化酶类 | 第113-115页 |
| 3.5.4 核糖体蛋白质 | 第115-116页 |
| 3.5.5 其它蛋白 | 第116-118页 |
| 3.6 小结 | 第118-123页 |
| 3.6.1 双向电泳技术 | 第118页 |
| 3.6.2 蛋白质表达谱差异分析 | 第118-119页 |
| 3.6.3 MALDI-TOF-TOF质谱鉴定 | 第119页 |
| 3.6.4 蛋白质点的功能分析 | 第119-123页 |
| 3.6.4.1 病毒蛋白质 | 第119-120页 |
| 3.6.4.2 光合作用相关蛋白质 | 第120-121页 |
| 3.6.4.3 核糖体蛋白质 | 第121页 |
| 3.6.4.4 其他蛋白质 | 第121-123页 |
| 4 全文讨论 | 第123-130页 |
| 5 本研究的价值和创新点 | 第130-131页 |
| 6 后续的研究方向 | 第131-133页 |
| 参考文献 | 第133-153页 |
| 附录1 差异基因列表 | 第153-221页 |
| 附录2 实时荧光定量PCR验证的扩增曲线、熔解曲线和产物电泳图 | 第221-224页 |
| 附录3 在武育粳3号中特异性表达上调基因的功能注释聚类表 | 第224-229页 |
| 附录4 差异基因的代谢途径注释 | 第229-236页 |
| 附录5 鉴定所得蛋白质的MALDI-TOF-TOF/MS图谱 | 第236-249页 |
| 附录6 鉴定所得蛋白质的序列结构图 | 第249-259页 |
| 附录7 匹配肽段列表 | 第259-273页 |
| 致谢 | 第273页 |
