| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-40页 |
| 第一节 脂肪组织 | 第16-26页 |
| 1.1 脂肪组织的结构与功能 | 第16-17页 |
| 1.2 脂肪组织的发育 | 第17-21页 |
| 1.3 影响脂肪组织发育的因素一激素 | 第21-22页 |
| 1.4 脂肪组织发育与脂肪摄入 | 第22-23页 |
| 1.5 皮下与内脏脂肪组织的代谢差异 | 第23-24页 |
| 1.6 皮下脂肪组织在肥胖代谢并发症中的作用 | 第24-26页 |
| 第二节 数字基因表达谱(DGE) | 第26-32页 |
| 2.1 转录组测序 | 第26-28页 |
| 2.2 DGE的定义 | 第28-29页 |
| 2.3 DGE的优点 | 第29-30页 |
| 2.4 DGE实验流程 | 第30-31页 |
| 2.5 DGE实验Tag制备的详细原理和步骤 | 第31-32页 |
| 2.6 DGE生物信息学分析流程 | 第32页 |
| 第三节 研究肥胖及代谢综合症的理想模型—猪 | 第32-40页 |
| 3.1 猪肥胖模型的胰岛素抵抗和动脉粥样硬化 | 第33-35页 |
| 3.2 TLR4在猪脂肪细胞中的功能性表达 | 第35页 |
| 3.3 猪脂肪组织的炎症 | 第35-36页 |
| 3.4 猪的脂联素 | 第36-40页 |
| 第二章 本研究选题背景与目的意义 | 第40-42页 |
| 第一节 选题背景 | 第40-41页 |
| 第二节 主要研究内容 | 第41页 |
| 第三节 研究的目的意义 | 第41-42页 |
| 第三章 材料与方法 | 第42-59页 |
| 1 实验动物 | 第42页 |
| 2 实验仪器与主要试剂 | 第42-44页 |
| 2.1 主要仪器设备 | 第42-43页 |
| 2.2 主要试剂 | 第43-44页 |
| 3 试验方法 | 第44-59页 |
| 3.1 脂肪细胞体积测定 | 第44-45页 |
| 3.2 脂肪组织总RNA提取 | 第45-46页 |
| 3.3 总RNA质检 | 第46-48页 |
| 3.3.1 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳 | 第46页 |
| 3.3.2 总RNA浓度的测定 | 第46-47页 |
| 3.3.3 总RNA毛细管电泳检测 | 第47-48页 |
| 3.4 测序文库构建 | 第48-49页 |
| 3.5 DGE数据分析方法 | 第49-54页 |
| 3.5.1 数据来源 | 第49页 |
| 3.5.2 参考数据库 | 第49-50页 |
| 3.5.3 原始序列数据 | 第50页 |
| 3.5.4 去除杂质数据 | 第50-51页 |
| 3.5.5 基因组定位 | 第51页 |
| 3.5.6 转录本定量 | 第51页 |
| 3.5.7 差异基因筛选 | 第51-52页 |
| 3.5.8 反义链转录分析 | 第52页 |
| 3.5.9 新转录本检测 | 第52页 |
| 3.5.10 差异基因层级聚类分析 | 第52页 |
| 3.5.11 差异基因功能富集分析 | 第52-53页 |
| 3.5.12 Pathway显著性富集分析 | 第53页 |
| 3.5.13 STEM分析 | 第53-54页 |
| 3.6 脂肪组织总DNA提取 | 第54页 |
| 3.7 线粒体DNA拷贝数的测定 | 第54-56页 |
| 3.7.1 荧光定量反应条件 | 第55页 |
| 3.7.2 结果统计 | 第55-56页 |
| 3.8 DGE数据可靠性验证 | 第56-58页 |
| 3.8.1 DGE数据来源 | 第56页 |
| 3.8.2 Q-PCR分析 | 第56-57页 |
| 3.8.3 cDNA的合成 | 第57页 |
| 3.8.4 荧光定量反应条件 | 第57页 |
| 3.8.5 结果统计 | 第57-58页 |
| 3.9 数据分析 | 第58-59页 |
| 第四章 结果与分析 | 第59-108页 |
| 1 不同发育阶段表型分析结果 | 第59-62页 |
| 1.1 不同发育阶段猪体重测定结果 | 第59页 |
| 1.2 不同发育阶段脂肪细胞体积测定结果 | 第59-60页 |
| 1.3 不同发育阶段脂肪代谢指标的测定 | 第60-62页 |
| 2 脂肪组织总RNA提取结果 | 第62-63页 |
| 2.1 总RNA甲醛变性琼脂糖凝胶检测结果 | 第62页 |
| 2.2 总RNA毛细管电泳检测结果 | 第62-63页 |
| 3 不同发育阶段脂肪组织转录组特征分析 | 第63-76页 |
| 3.1 DGE数据统计 | 第63-68页 |
| 3.2 DGE测序质量评估 | 第68-69页 |
| 3.3 DGE测序饱和度分析 | 第69-70页 |
| 3.4 Clean tags拷贝数分布统计 | 第70-71页 |
| 3.5 Clean tag比对统计 | 第71-72页 |
| 3.6 反义链转录分析 | 第72页 |
| 3.7 新转录本分析 | 第72-74页 |
| 3.8 DGE标签与基因的关系 | 第74-75页 |
| 3.9 实验重复性分析 | 第75-76页 |
| 4 不同发育阶段脂肪组织转录组差异分析 | 第76-107页 |
| 4.1 差异表达基因的鉴定 | 第76-77页 |
| 4.2 差异表达基因层级聚类和主成分分析 | 第77-78页 |
| 4.3 差异表达基因功能富集分析 | 第78-100页 |
| 4.4 差异表达基因染色体分布 | 第100页 |
| 4.5 差异基因短时间序列表达分析(STEM) | 第100-103页 |
| 4.6 年龄相关的差异基因 | 第103-105页 |
| 4.7 线粒体相关基因分析 | 第105-107页 |
| 5 测序结果的可靠性验证 | 第107-108页 |
| 第五章 讨论 | 第108-115页 |
| 1 DGE在转录组分析中的应用 | 第108-109页 |
| 2 脂肪发育过程中高表达的基因 | 第109-110页 |
| 3 线粒体在脂肪发育过程中的作用 | 第110-111页 |
| 4 差异基因富集的生物学过程 | 第111-112页 |
| 5 皮下脂肪组织发育过程中细胞体积差异与功能的关系 | 第112-113页 |
| 6 影响猪脂肪组织发育的因素 | 第113-114页 |
| 7 DGE结果的可靠性 | 第114-115页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第115-117页 |
| 1 结论 | 第115页 |
| 2 本研究创新点 | 第115-116页 |
| 3 下一步工作 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 博士在读期间发表的论文 | 第136-137页 |
| 附录 | 第137-153页 |