| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-24页 |
| 1.1 恶性肿瘤与肿瘤血管生成 | 第11-14页 |
| 1.1.1 整合素α_vβ_3与恶性肿瘤 | 第11-12页 |
| 1.1.2 整合素α_vβ_3与肿瘤血管生成 | 第12-14页 |
| 1.2 整合素α_vβ_3与RGD序列短肽 | 第14-18页 |
| 1.2.1 整合素α_vβ_3的分子结构 | 第14-17页 |
| 1.2.2 RGD序列短肽 | 第17-18页 |
| 1.3 整合素 α_vβ_3-RGD序列短肽的研究现状 | 第18-21页 |
| 1.3.1 针对α_vβ_3-RGD序列短肽相互作用的药物设计 | 第18-19页 |
| 1.3.2 整合素α_vβ_3与RGD多肽的构效关系 | 第19-21页 |
| 1.4 科学问题的提出与论文研究内容 | 第21-22页 |
| 1.4.1 科学问题的提出 | 第21-22页 |
| 1.4.2 论文研究的主要内容 | 第22页 |
| 1.5 论文撰写安排 | 第22-24页 |
| 第二章 分子动力学模拟概述 | 第24-34页 |
| 2.1 概论 | 第24页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第24-29页 |
| 2.2.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第24-26页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟的常用力场 | 第26-27页 |
| 2.2.3 分子动力学模拟的软件 | 第27-28页 |
| 2.2.4 分子动力学模拟的硬件 | 第28页 |
| 2.2.5 周期性边界条件 | 第28-29页 |
| 2.3 分子动力学模拟的一般性流程 | 第29-31页 |
| 2.4 拉伸分子动力学模拟 | 第31-32页 |
| 2.5 数据分析 | 第32-34页 |
| 2.5.1 RMSD值分析 | 第32-33页 |
| 2.5.2 氢键和盐桥分析 | 第33页 |
| 2.5.3 相互作用能分析 | 第33-34页 |
| 第三章 整合素α_vβ_3与线性/环形RGD多肽的结构基础 | 第34-47页 |
| 3.1 引言 | 第34页 |
| 3.2 材料与方法 | 第34-36页 |
| 3.2.1 初始构型与模拟系统构建 | 第34-36页 |
| 3.2.2 能量最小化与平衡 | 第36页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第36-46页 |
| 3.3.1 不同构型的RGD序列短肽与整合素α_vβ_3相互作用的构象稳定性 | 第36-38页 |
| 3.3.2 不同构型的RGD序列短肽与整合素α_vβ_3相互作用的局部构象 | 第38-42页 |
| 3.3.3 不同构型的RGD序列短肽与整合素α_vβ_3相互作用的作用能分析 | 第42-46页 |
| 3.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 第四章 整合素α_vβ_3与线性/环形RGD多肽的动力学机制 | 第47-58页 |
| 4.1 引言 | 第47页 |
| 4.2 材料与方法 | 第47-49页 |
| 4.2.1 整合素α_vβ_3与RGD序列短肽的解离过程 | 第47-48页 |
| 4.2.2 整合素α_vβ_3与RGD序列短肽的结合过程 | 第48-49页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第49-56页 |
| 4.3.1 拉伸分子动力学模拟的参数评估 | 第49-52页 |
| 4.3.2 不同构型的RGD序列短肽与整合素α_vβ_3的解离机制 | 第52-53页 |
| 4.3.3 不同构型的RGD序列短肽与整合素α_vβ_3的解离过程 | 第53-54页 |
| 4.3.4 不同构型的RGD序列短肽与整合素α_vβ_3的结合过程 | 第54-56页 |
| 4.4 本章小结 | 第56-58页 |
| 总结与展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 攻读硕士期间取得的研究成果 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 附表 | 第67页 |
