| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略语表 | 第18-19页 |
| 1 引言 | 第19-37页 |
| 1.1 斯氏副柔线虫概论 | 第19-23页 |
| 1.1.1 斯氏副柔线虫的分类 | 第19页 |
| 1.1.2 斯氏副柔线虫生物学特性 | 第19-20页 |
| 1.1.3 斯氏副柔线不同发育阶段形态学特征 | 第20-21页 |
| 1.1.4 斯氏副柔线虫病的流行病学 | 第21页 |
| 1.1.5 斯氏副柔线虫病对我国骆驼养殖业的影响 | 第21-22页 |
| 1.1.6 斯氏副柔线虫病的致病作用 | 第22页 |
| 1.1.7 斯氏副柔线虫病的诊断和防治现状 | 第22-23页 |
| 1.2 转录组学研究及其在寄生虫学研究中的应用 | 第23-25页 |
| 1.2.1 转录组学和RNA-Seq技术概述 | 第23-24页 |
| 1.2.2 转录组测序在寄生虫研究中的应用 | 第24-25页 |
| 1.3 蛋白质组学研究及在寄生虫学研究中的应用 | 第25-28页 |
| 1.3.1 蛋白质组学概述 | 第25页 |
| 1.3.2 蛋白质组学研究技术 | 第25-27页 |
| 1.3.3 蛋白质组学研究在寄生虫研究中的应用 | 第27-28页 |
| 1.4 寄生虫与宿主的相互作用 | 第28-31页 |
| 1.4.1 宿主对寄生虫的免疫调节 | 第29-30页 |
| 1.4.2 寄生虫的免疫逃避 | 第30-31页 |
| 1.5 寄生虫免疫相关分泌性抗原研究进展 | 第31-36页 |
| 1.5.1 寄生虫排泄分泌蛋白相关研究 | 第31-33页 |
| 1.5.2 寄生虫保护性抗原研究 | 第33-35页 |
| 1.5.3 寄生虫的免疫诊断抗原研究 | 第35-36页 |
| 1.6 本研究选题的目的与意义 | 第36-37页 |
| 2 研究一 不同发育阶段斯氏副柔线虫转录组测序分析 | 第37-71页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-38页 |
| 2.1.1 斯氏副柔线虫虫卵、第三期幼虫和成虫的收集 | 第37-38页 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 | 第38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-43页 |
| 2.2.1 斯氏副柔线虫第三期幼虫和成虫分子生物学鉴定 | 第38-39页 |
| 2.2.2 Total RNA提取及质量检测 | 第39页 |
| 2.2.3 cDNA文库构建及RNA-Seq测序分析 | 第39页 |
| 2.2.4 序列拼接及测序数据质量评估 | 第39-40页 |
| 2.2.5 测序数据De novo组装及组装效率评估 | 第40页 |
| 2.2.6 斯氏副柔线虫转录组数据生物信息学分析 | 第40页 |
| 2.2.7 虫卵、第三期幼虫、雄虫和雌虫时序基因表达分析 | 第40-41页 |
| 2.2.8 不同发育阶段斯氏副柔线虫的比较转录组学分析 | 第41页 |
| 2.2.9 斯氏副柔线虫免疫相关分泌性基因预测 | 第41页 |
| 2.2.10 荧光定量PCR鉴定转录组测序 | 第41-43页 |
| 2.3 结果与分析 | 第43-67页 |
| 2.3.1 第三期幼虫和成虫的分子生物学鉴定 | 第43页 |
| 2.3.2 Total RNA质量检测结果 | 第43-44页 |
| 2.3.3 测序数据初步结果与文库质量检测 | 第44页 |
| 2.3.4 De novo组装与组装效率评估结果 | 第44-46页 |
| 2.3.5 Unigenes在4个样本中表达特征概述 | 第46页 |
| 2.3.6 Unigenes功能注释 | 第46-51页 |
| 2.3.7 虫卵、第三期幼虫、雄虫和雌虫的时序基因分析结果 | 第51-53页 |
| 2.3.8 差异表达基因筛选 | 第53-55页 |
| 2.3.9 不同发育阶段斯氏副柔线虫差异表达基因功能分析 | 第55-63页 |
| 2.3.10 斯氏副柔线虫免疫相关基因 | 第63-65页 |
| 2.3.11 荧光定量PCR鉴定结果 | 第65-67页 |
| 2.4 讨论 | 第67-69页 |
| 2.5 小结 | 第69-71页 |
| 3 研究二 斯氏副柔线虫第三期幼虫和成虫蛋白质组分析 | 第71-93页 |
| 3.1 实验材料 | 第71页 |
| 3.1.1 斯氏副柔线虫第三期幼虫和成虫的收集 | 第71页 |
| 3.1.2 主要试剂与仪器 | 第71页 |
| 3.2 实验方法 | 第71-76页 |
| 3.2.1 iTRAQ实验原理 | 第71-72页 |
| 3.2.2 蛋白质的提取及还原烷基化的处理 | 第72-73页 |
| 3.2.3 Bradford定量及SDS-PAGE蛋白电泳检测 | 第73页 |
| 3.2.4 蛋白质酶解及iTRAQ标记 | 第73-74页 |
| 3.2.5 质谱分析 | 第74页 |
| 3.2.6 蛋白质数据分析 | 第74-75页 |
| 3.2.7 蛋白质定量及差异蛋白筛选 | 第75页 |
| 3.2.8 数据生物信息学相关分析 | 第75-76页 |
| 3.2.9 分泌蛋白筛选 | 第76页 |
| 3.2.10 转录组学和蛋白质组学数据比较关联分析 | 第76页 |
| 3.3 结果与分析 | 第76-90页 |
| 3.3.1 样本蛋白质浓度和SDS-PAGE电泳检测 | 第76-77页 |
| 3.3.2 蛋白质鉴定分析 | 第77-79页 |
| 3.3.3 蛋白质功能注释 | 第79-82页 |
| 3.3.4 差异蛋白筛选 | 第82-83页 |
| 3.3.5 差异蛋白功能富集分析 | 第83-86页 |
| 3.3.6 分泌蛋白的筛选 | 第86页 |
| 3.3.7 转录组学和蛋白质组学数据比较关联分析 | 第86-90页 |
| 3.4 讨论 | 第90-92页 |
| 3.5 小结 | 第92-93页 |
| 4 研究三 免疫相关基因PJ_STPK、PJ_CPI和PJ_CPR的原核表达 | 第93-121页 |
| 4.1 实验材料 | 第93-95页 |
| 4.1.1 虫体样本 | 第93页 |
| 4.1.2 菌株与载体 | 第93页 |
| 4.1.3 实验试剂 | 第93-94页 |
| 4.1.4 主要实验设备 | 第94页 |
| 4.1.5 主要溶液及配制 | 第94-95页 |
| 4.2 实验方法 | 第95-101页 |
| 4.2.1 免疫相关基因的两组学研究分析 | 第95页 |
| 4.2.2 Pj_STPK、Pj_CPI和Pj_CPR基因生物信息学分析 | 第95页 |
| 4.2.3 Total RNA提取与反转录 | 第95-96页 |
| 4.2.4 引物设计 | 第96-97页 |
| 4.2.5 Pj_STPK、Pj_CPI和Pj_CPR基因特异性PCR扩增 | 第97页 |
| 4.2.6 目的基因编码区PCR扩增及产物回收 | 第97页 |
| 4.2.7 Pj_STPK,Pj_CPI和Pj_CPR基因的克隆测序 | 第97-99页 |
| 4.2.8 Pj_STPK,Pj_CPI和Pj_CPR基因的表达载体构建与鉴定 | 第99页 |
| 4.2.9 重组表达菌的表达鉴定 | 第99页 |
| 4.2.10 重组表达菌的表达条件优化 | 第99-100页 |
| 4.2.11 重组蛋白表达形式的鉴定 | 第100页 |
| 4.2.12 重组蛋白的纯化 | 第100-101页 |
| 4.2.13 Western-blot检测重组蛋白 | 第101页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第101-118页 |
| 4.3.1 免疫相关基因在两组学联合分析 | 第101-102页 |
| 4.3.2 Pj_STPK,Pj_CPI和Pj_CPR基因生物信息学分析结果 | 第102-106页 |
| 4.3.3 Pj_STPK,Pj_CPI和Pj_CPR基因特异性PCR结果 | 第106页 |
| 4.3.4 目的基因PCR扩增 | 第106-107页 |
| 4.3.5 重组克隆菌的鉴定结果 | 第107-108页 |
| 4.3.6 重组表达菌的鉴定结果 | 第108-109页 |
| 4.3.7 重组表达菌基因测序与分析 | 第109页 |
| 4.3.8 重组表达菌的表达条件优化 | 第109-115页 |
| 4.3.9 重组蛋白表达形式检测 | 第115-116页 |
| 4.3.10 重组蛋白的纯化结果 | 第116页 |
| 4.3.11 重组蛋白WB检测 | 第116-118页 |
| 4.4 讨论 | 第118-120页 |
| 4.5 小结 | 第120-121页 |
| 5 研究四 斯氏副柔线虫病iELISA诊断方法的建立 | 第121-140页 |
| 5.1 实验材料 | 第121页 |
| 5.1.1 实验血清 | 第121页 |
| 5.1.2 主要试剂与仪器 | 第121页 |
| 5.2 实验方法 | 第121-124页 |
| 5.2.1 rSTPK,rCPI和rCPR重组蛋白iELISA操作方法 | 第121-122页 |
| 5.2.2 iELISA反应条件的优化 | 第122-123页 |
| 5.2.3 判定点(cut-off value)的确定 | 第123页 |
| 5.2.4 重复性实验 | 第123页 |
| 5.2.5 敏感性实验 | 第123页 |
| 5.2.6 特异性实验 | 第123-124页 |
| 5.2.7 田间实验 | 第124页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第124-137页 |
| 5.3.1 iELISA反应条件优化结果 | 第124-130页 |
| 5.3.2 判定点确定结果 | 第130-133页 |
| 5.3.3 重复性分析结果 | 第133-134页 |
| 5.3.4 敏感性分析结果 | 第134页 |
| 5.3.5 特异性分析 | 第134-136页 |
| 5.3.6 田间实验结果 | 第136-137页 |
| 5.4 讨论 | 第137-139页 |
| 5.5 小结 | 第139-140页 |
| 6 全文结论 | 第140-141页 |
| 7 创新点 | 第141-142页 |
| 8 进一步研究展望 | 第142-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
| 参考文献 | 第144-156页 |
| 附录 | 第156-159页 |
| 作者简介 | 第159页 |
