| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-16页 |
| 1.3 本文工作及论文组织结构 | 第16-18页 |
| 第二章 基于药物副作用和疾病症状的药物重定位算法 | 第18-36页 |
| 2.1 药物疾病理论基础 | 第18-19页 |
| 2.2 相关生物数据 | 第19-21页 |
| 2.2.1 人类疾病-症状网络数据 | 第19-20页 |
| 2.2.2 药物-副作用网络数据 | 第20-21页 |
| 2.2.3 药物-疾病网络数据 | 第21页 |
| 2.3 药物重定位算法 | 第21-29页 |
| 2.3.1 构造基于副作用的药物-药物相似性网络 | 第21-23页 |
| 2.3.2 应用ClusterONE聚类 | 第23-25页 |
| 2.3.3 基于CTD构造疾病模块和药物模块的连接 | 第25-28页 |
| 2.3.4 基于邻居预测药物-疾病关系 | 第28-29页 |
| 2.4 结果验证及分析 | 第29-35页 |
| 2.4.1 CTD检验和文献验证 | 第29-34页 |
| 2.4.2 KEGG通路富集分析 | 第34-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 第三章 基于通路的疾病-疾病相关性预测算法 | 第36-52页 |
| 3.1 疾病相关性理论基础 | 第36-37页 |
| 3.2 相关生物数据 | 第37-38页 |
| 3.2.1 人类疾病与基因数据 | 第37页 |
| 3.2.2 通路与基因数据 | 第37-38页 |
| 3.2.3 蛋白质相互作用网络数据 | 第38页 |
| 3.3 疾病-疾病相关性预测算法 | 第38-42页 |
| 3.3.1 构建PPI网络距离矩阵 | 第38-40页 |
| 3.3.2 计算疾病相关基因与功能路径的重合基因 | 第40页 |
| 3.3.3 基于功能路径计算疾病间的距离 | 第40-41页 |
| 3.3.4 构建基于通路的疾病-疾病相似性网络 | 第41-42页 |
| 3.4 结果验证及分析 | 第42-51页 |
| 3.4.1 网络特性分析 | 第43-44页 |
| 3.4.2 与HDN网络关联分析 | 第44-46页 |
| 3.4.3 与HSDN网络关联分析 | 第46-48页 |
| 3.4.4 药物重定位应用分析 | 第48-51页 |
| 3.5 本章小结 | 第51-52页 |
| 第四章 结论与展望 | 第52-54页 |
| 4.1 本文总结 | 第52-53页 |
| 4.2 不足之处与改进 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 作者简介 | 第64-65页 |