| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第8-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-36页 |
| 一、结直肠癌转移的理论基础与发展趋势 | 第13-22页 |
| 1 、肿瘤的转移过程极其复杂 | 第13-16页 |
| 2 、肿瘤间与肿瘤内部存在异质性 | 第16-20页 |
| 3 、早发型结直肠癌的研究进展 | 第20-22页 |
| 二、测序技术与肿瘤基因组学研究 | 第22-36页 |
| 1 、测序技术的发展 | 第22-27页 |
| 1.1 第一代测序技术为基因组学研究奠定了基础 | 第22页 |
| 1.2 第二代高通量测序技术加速基因组学的发展 | 第22-25页 |
| 1.3 第二代测序的新进展—单分子测序 | 第25-26页 |
| 1.4 分型技术在基因组学中的应用 | 第26-27页 |
| 2 、肿瘤基因组学 | 第27-36页 |
| 2.1 肿瘤基因组的变异 | 第27-30页 |
| 2.2 肿瘤基因组学的研究方法 | 第30-34页 |
| 2.3 肿瘤基因组学研究的现状与趋势 | 第34-36页 |
| 第二章 早发型结直肠癌原发及肝转移的基因组学研究 | 第36-101页 |
| 一、概述 | 第36-38页 |
| 二、结直肠癌原发瘤及肝转移灶突变谱研究 | 第38-75页 |
| 1 、材料与方法 | 第38-47页 |
| 1.1 研究样本 | 第38页 |
| 1.2 样本基因组DNA提取 | 第38-39页 |
| 1.3 样本mRNA的提取 | 第39页 |
| 1.4 外显子组测序 | 第39-40页 |
| 1.5 高重数靶向测序 | 第40页 |
| 1.6 转录组测序 | 第40页 |
| 1.7 外显子组测序数据序列比对及突变检测 | 第40-41页 |
| 1.8 体细胞突变验证 | 第41-42页 |
| 1.9 微卫星不稳定性状态预测 | 第42页 |
| 1.10 TCGA数据库早发结直肠癌患者数据分析 | 第42页 |
| 1.11 突变特征分析 | 第42-43页 |
| 1.12 克隆组成分析 | 第43页 |
| 1.13 进化树的构建 | 第43页 |
| 1.14 肿瘤进化模型分析 | 第43-44页 |
| 1.15 转录组测序数据序列比对 | 第44页 |
| 1.16 差异表达基因分析 | 第44-47页 |
| 1.17 通路富集分析 | 第47页 |
| 2、研究结果 | 第47-74页 |
| 2.1 外显子组测序数据概况 | 第47-49页 |
| 2.2 4例结直肠癌患者体细胞突变整体特征 | 第49-51页 |
| 2.3 不同患者间的体细胞突变基因 | 第51-56页 |
| 2.4 已知驱动基因在原发灶及转移灶中的差异 | 第56-58页 |
| 2.5 共有突变基因富集到已知结直肠癌相关通路 | 第58-59页 |
| 2.6 结直肠癌中存在不同的突变特征 | 第59-60页 |
| 2.7 早发型与晚发型结直肠癌的进化时间相似 | 第60-61页 |
| 2.8 结直肠癌患者进化树及克隆组成分析 | 第61-65页 |
| 2.9 转移瘤间突变谱的差异较小提示来自同一克隆起源 | 第65页 |
| 2.10 差异表达基因及通路分析 | 第65-71页 |
| 2.11 与TCGA早发结直肠癌患者突变谱的比较 | 第71-74页 |
| 3、小结 | 第74-75页 |
| 三、结直肠癌原发瘤及肝转移灶大片段变异研究 | 第75-91页 |
| 1、材料与方法 | 第75-79页 |
| 1.1 研究样本及基因组DNA制备 | 第75页 |
| 1.2 全基因组SNPs基因分型 | 第75-76页 |
| 1.3 全基因组SNPs分型数据的分析 | 第76-78页 |
| 1.4 应用外显子测序数据推断拷贝数变异 | 第78-79页 |
| 2、研究结果 | 第79-90页 |
| 2.1 大片段变异 | 第79-85页 |
| 2.2 集中拷贝数变异 | 第85-89页 |
| 2.3 与TCGA早发结直肠癌患者拷贝数变异的比较 | 第89-90页 |
| 3、小结 | 第90-91页 |
| 四、体细胞嵌合体在早发结直肠癌患者中的验证 | 第91-95页 |
| 1、材料与方法 | 第91-92页 |
| 1.1 利用微滴式数字PCR系统验证体细胞嵌合体 | 第91页 |
| 1.2 扩大样本的选择及基因组DNA制备 | 第91-92页 |
| 1.3 PCR扩增及Sanger测序验证 | 第92页 |
| 2、研究结果 | 第92-94页 |
| 2.1 APC 1309号密码子的5碱基缺失为体细胞嵌合体 | 第92-94页 |
| 2.2 APC体细胞嵌合体变异在17例患者中的验证 | 第94页 |
| 3、小结 | 第94-95页 |
| 五、讨论 | 第95-100页 |
| 1、外显子组测序数据质量 | 第95页 |
| 2、肿瘤纯度对突变分析的影响 | 第95-96页 |
| 3、同一病人原发瘤与转移瘤在基因组水平上的异同 | 第96-98页 |
| 4、早发结直肠癌与晚发结直肠癌在分子水平上的异同 | 第98页 |
| 5、本研究与TCGA收集的早发型结直肠癌整合分析 | 第98-99页 |
| 6、肿瘤进化时间推断的严谨性 | 第99页 |
| 7、体细胞嵌合现象在早发结直肠癌中的作用 | 第99-100页 |
| 六、结论 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-141页 |
| 附录 | 第141-162页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第162页 |
