基于残基的蛋白—蛋白及蛋白—配体相互作用
| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 第一章 综述 | 第15-40页 |
| 1.1 虚拟筛选概述 | 第15-26页 |
| 1.2 基于力场的结合自由能概述 | 第26-35页 |
| 1.3 蛋白蛋白相互作用及热点残基概述 | 第35-40页 |
| 1.4 本文结构 | 第40页 |
| 第二章 基于残基相互作用的虚拟筛选模型 | 第40-67页 |
| 2.1 引言 | 第40-42页 |
| 2.2 数据集 | 第42-43页 |
| 2.3 分子对接 | 第43页 |
| 2.4 PLEIC构建 | 第43-44页 |
| 2.5 模型评估方法介绍 | 第44-46页 |
| 2.6 模型训练 | 第46-50页 |
| 2.6.1 SVM参数设定 | 第47-49页 |
| 2.6.2 相互作用项组合对于模型的影响 | 第49-50页 |
| 2.7 模型验证 | 第50-59页 |
| 2.8 模型构建中的重要相互作用方式 | 第59-65页 |
| 2.9 小结 | 第65-67页 |
| 第三章 热点预测 | 第67-83页 |
| 3.1 引言 | 第67-71页 |
| 3.2 数据集 | 第71页 |
| 3.3 分子动力学模拟 | 第71-72页 |
| 3.4 丙氨酸变异 | 第72页 |
| 3.5 MM/PBSA(GBSA)计算焓变 | 第72页 |
| 3.6 相互作用熵计算熵变 | 第72-73页 |
| 3.7 介电常数的选取 | 第73-75页 |
| 3.8 定性分析 | 第75-76页 |
| 3.9 定量分析 | 第76-79页 |
| 3.10 IE讨论 | 第79-82页 |
| 3.11 小结 | 第82-83页 |
| 第四章 总结与展望 | 第83-86页 |
| 4.1 本论文的意义和创新之处 | 第83-84页 |
| 4.2 未来和展望 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
| 作者简历及在学期间取得的科研成果 | 第103页 |
