黄鳝基因组特征、进化及性逆转的研究
| 本论文的创新点 | 第5-9页 |
| 中文摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-36页 |
| 1 全基因组测序的研究进展 | 第12-26页 |
| 1.1 基因组测序技术研究进展 | 第12-19页 |
| 1.2 基因组组装技术研究进展 | 第19-22页 |
| 1.3 功能基因组的研究进展 | 第22-26页 |
| 2 鱼类基因组研究进展 | 第26-30页 |
| 2.1 鱼类的基因组测序 | 第26-27页 |
| 2.2 鱼类的基因组进化 | 第27-30页 |
| 3 鱼类的性别决定机制 | 第30-35页 |
| 3.1 鱼类性染色体研究进展 | 第31-32页 |
| 3.2 鱼类性别决定基因的研究 | 第32-33页 |
| 3.3 黄鳝的性逆转过程 | 第33-35页 |
| 4 本论文的目的和意义 | 第35-36页 |
| 第二章 黄鳝基因组测序与组装 | 第36-46页 |
| 1 引言 | 第36-37页 |
| 2 材料与方法 | 第37-40页 |
| 2.1 基因组测序与组装流程 | 第37-38页 |
| 2.2 黄鳝基因组的提取 | 第38页 |
| 2.3 DNA文库的构建 | 第38-39页 |
| 2.4 基因组的序列组装 | 第39-40页 |
| 3 结果 | 第40-45页 |
| 3.1 基因组的测序和组装结果 | 第40-42页 |
| 3.2 基因组的测序深度分布 | 第42页 |
| 3.3 K-mer分析基因组大小 | 第42-44页 |
| 3.4 基因组的GC含量分布 | 第44-45页 |
| 4 讨论 | 第45-46页 |
| 第三章 黄鳝基因组注释 | 第46-62页 |
| 1 引言 | 第46-49页 |
| 2 方法与流程 | 第49-54页 |
| 2.1 基因组的注释流程 | 第49-50页 |
| 2.2 重复序列的注释 | 第50-51页 |
| 2.3 基因的预测以及结构注释 | 第51-52页 |
| 2.4 基因的结构优化与选择性剪切注释 | 第52-53页 |
| 2.5 基因组的功能注释 | 第53-54页 |
| 3 结果 | 第54-60页 |
| 3.1 基因组的重复序列 | 第54-55页 |
| 3.2 基因的注释 | 第55-57页 |
| 3.3 基因的功能分类 | 第57-58页 |
| 3.4 RNA选择性剪切 | 第58-60页 |
| 4 讨论 | 第60-62页 |
| 第四章 黄鳝基因组进化 | 第62-83页 |
| 1 引言 | 第62-64页 |
| 1.1 基因复制与基因家族 | 第62-63页 |
| 1.2 系统发生树的构建与分子钟的推算 | 第63-64页 |
| 2 方法与流程 | 第64-68页 |
| 2.1 黄鳝进化分析的流程 | 第64-65页 |
| 2.2 基因家族聚类分析 | 第65页 |
| 2.3 系统发生分析 | 第65-66页 |
| 2.4 基因家族的扩张与收缩 | 第66-67页 |
| 2.5 全基因组共线性分析 | 第67-68页 |
| 3 结果 | 第68-81页 |
| 3.1 基因家族的聚类和同源性分析 | 第68-70页 |
| 3.2 系统发生树的重构与分歧时间 | 第70-72页 |
| 3.3 基因家族的阔张与收缩 | 第72-73页 |
| 3.4 大片段复制的分析 | 第73-75页 |
| 3.5 黄鳝复制基因的分析 | 第75-77页 |
| 3.6 黄鳝和硬骨鱼类的保守性分析 | 第77-78页 |
| 3.7 黄鳝基因组的进化 | 第78-81页 |
| 4. 讨论 | 第81-83页 |
| 第五章 原始性染色体起源和黄鳝的性逆转 | 第83-99页 |
| 1 引言 | 第83-84页 |
| 2 方法与流程 | 第84-86页 |
| 2.1 原始性染色体的研究 | 第84-85页 |
| 2.2 基因表达水平的计算 | 第85-86页 |
| 3 结果 | 第86-96页 |
| 3.1 哺乳动物X染色体与黄鳝基因的同源性分析 | 第86-88页 |
| 3.2 鸡Z染色体与黄鳝基因的同源性分析 | 第88-90页 |
| 3.3 原始性染色体基因在性逆转过程中的表达变化 | 第90-93页 |
| 3.4 性别调控基因在性逆转过程中的表达 | 第93-95页 |
| 3.5 多能干细胞因子在性逆转过程中的表达 | 第95-96页 |
| 4. 讨论 | 第96-99页 |
| 4.1 原始性染色体的形成机制 | 第96-97页 |
| 4.2 黄鳝性逆转过程中基因的表达调控 | 第97-99页 |
| 研究总结 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-110页 |
| 在读期间发表论文 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111页 |
