| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-17页 |
| 引言 | 第17-19页 |
| 上篇 文献综述 | 第19-50页 |
| 第一章 稻瘟病菌基因组研究进展 | 第20-40页 |
| 1 稻瘟病及其致病菌研究概况 | 第20-22页 |
| ·稻瘟病及稻瘟病菌的生活史循环 | 第20-22页 |
| ·稻瘟病菌遗传转化体系演变 | 第22页 |
| 2 稻瘟病菌的全基因组测序 | 第22-30页 |
| ·稻瘟病菌的基因组结构 | 第22-23页 |
| ·参考菌株70-15全基因组序列 | 第23-25页 |
| ·菌株Ina168全基因组测序 | 第25-26页 |
| ·两个田间菌株P131和Y34的全基因组测序 | 第26-28页 |
| ·两个田间菌株基因组比较分析 | 第28-30页 |
| 3 展望 | 第30-31页 |
| 参考文献 | 第31-40页 |
| 第二章 稻瘟病菌效应分子的研究进展 | 第40-50页 |
| ·效应分子的分泌 | 第40-42页 |
| ·稻瘟病菌无毒基因ACEI | 第42页 |
| ·无毒效应分子 | 第42-43页 |
| ·稻瘟病菌无毒基因的遗传多样性 | 第43页 |
| ·非无毒基因的效应分子 | 第43-44页 |
| ·效应分子进入植物细胞和移动的机制 | 第44-45页 |
| ·展望 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-50页 |
| 下篇 研究内容 | 第50-140页 |
| 第一章 稻瘟病菌株98-06的全基因组序列分析 | 第52-84页 |
| 1 材料与方法 | 第54-57页 |
| ·菌株的来源与保存 | 第54页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第54-55页 |
| ·基因组测序 | 第55页 |
| ·基因组数据质控与组装 | 第55页 |
| ·基因预测与功能注释 | 第55-56页 |
| ·基因家族分析 | 第56页 |
| ·重复序列分析 | 第56-57页 |
| ·共线性分析 | 第57页 |
| ·外泌蛋白预测与候选效应分子筛选 | 第57页 |
| 2 结果分析 | 第57-77页 |
| ·稻瘟病菌98-06在单抗病基因水稻品系上的致病性 | 第57-58页 |
| ·稻瘟病菌98-06全基因组测序数据组装 | 第58-59页 |
| ·基因预测与注释 | 第59-60页 |
| ·98-06 与70-15基因组共线性分析 | 第60-68页 |
| ·基因家族分析 | 第68-69页 |
| ·重复序列与转座子 | 第69-73页 |
| ·效应分子(effector)预测分析 | 第73-77页 |
| 3 讨论 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-84页 |
| 第二章 稻瘟菌98-06与水稻的互作转录组分析 | 第84-104页 |
| 1 材料与方法 | 第86-88页 |
| ·RNA-seq样品的准备 | 第86页 |
| ·测序方法 | 第86-87页 |
| ·信息分析路线 | 第87-88页 |
| ·定量PCR验证基因表达数据 | 第88页 |
| ·基因表达数据分析 | 第88页 |
| 2 结果分析 | 第88-99页 |
| ·基因检测情况与差异表达基因 | 第88-90页 |
| ·水稻中SA、JA、ET信号通路在互作阶段的转录分析 | 第90-92页 |
| ·致病相关基因的表达模式 | 第92-93页 |
| ·稻瘟病菌胞内转运基因的表达模式 | 第93-94页 |
| ·基于表达模式的效应分子预测 | 第94-99页 |
| 3 讨论 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-104页 |
| 第三章 稻瘟菌98-06中候选效应分子的功能研究 | 第104-140页 |
| 1 材料与方法 | 第106-113页 |
| ·菌株的来源与保存 | 第106页 |
| ·稻瘟病菌DNA、RNA的提取和cDNA的合成 | 第106-107页 |
| ·基因拷贝数分析及蛋白序列分析 | 第107页 |
| ·基因载体构建及敲除突变体的获得 | 第107-109页 |
| ·PEX基因敲除突变体表型测定 | 第109页 |
| ·致病性测定 | 第109-110页 |
| ·稻瘟病菌侵入显微观察试验 | 第110页 |
| ·信号肽功能验证 | 第110-111页 |
| ·烟草中效应分子抑制BAX引发的HCD | 第111-113页 |
| ·实时定量PCR分析 | 第113页 |
| 2 结果分析 | 第113-134页 |
| ·稻瘟病菌菌株98-06特有基因 | 第113-115页 |
| ·PEX基因的系统发育树 | 第115-116页 |
| ·PEX基因在不同阶段的转录分析 | 第116-117页 |
| ·PEX基因敲除功能研究 | 第117-123页 |
| ·PEX基因多态性分析 | 第123页 |
| ·PEX6、PEX9、PEXl2基因信号肽功能验证 | 第123-124页 |
| ·PEX基因的荧光定位观察 | 第124-127页 |
| ·Pex12在烟草细胞中的定位观察 | 第127-128页 |
| ·Pex6、Pex9、Pex12在烟草中抑制BAX引起的坏死 | 第128-129页 |
| ·PEX6、PEX9、PEX12作为候选无毒基因的功能验证 | 第129-132页 |
| ·Pex12能够抑制水稻中的抗病反应 | 第132-133页 |
| ·PEX12具有有/无的多态性 | 第133-134页 |
| 3 讨论 | 第134-136页 |
| 参考文献 | 第136-140页 |
| 附录一 稻瘟病菌无毒基因Avr-Pit的分子标记定位 | 第140-152页 |
| 1 材料与方法 | 第142-144页 |
| ·供试菌株和水稻品种 | 第142页 |
| ·致病性测定 | 第142页 |
| ·CAPS标记 | 第142-143页 |
| ·遗传连锁图谱构建 | 第143页 |
| ·BAC文库构建与筛选 | 第143页 |
| ·Avr-Pit候选基因预测 | 第143-144页 |
| ·候选基因功能验证 | 第144页 |
| 2 结果分析 | 第144-149页 |
| ·CAPS标记筛选 | 第144-145页 |
| ·Avr-Pit精细图谱构建 | 第145-146页 |
| ·BAC文库构建与筛选 | 第146-148页 |
| ·候选无毒基因预测与功能验证 | 第148-149页 |
| 3 讨论 | 第149-151页 |
| 参考文献 | 第151-152页 |
| 附录二 稻瘟病菌转录因子MoMyb1的功能分析 | 第152-160页 |
| 1 材料与方法 | 第153-155页 |
| ·供试菌株 | 第153页 |
| ·稻瘟病菌DNA、RNA的提取和cDNA的合成 | 第153页 |
| ·酵母互补载体构建和酵母突变体功能互补分析 | 第153页 |
| ·突变体孢子形态观察以及分生孢子梗乳粉棉兰染色 | 第153-154页 |
| ·MoMYB1突变体根部致病性测定 | 第154页 |
| ·MoMyb1亚细胞定位 | 第154-155页 |
| 2 结果分析 | 第155-157页 |
| ·MoMYB1敲除突变体丧失产孢能力 | 第155页 |
| ·MoMYB1敲除突变体的致病性 | 第155-156页 |
| ·MoMYB1定位于细胞质 | 第156-157页 |
| 3 讨论 | 第157-158页 |
| 参考文献 | 第158-160页 |
| 附表1 试验所用部分引物 | 第160-164页 |
| 附表2 水稻中SA、JA、ET信号通路相关基因表达情况列表 | 第164-168页 |
| 附表3 致病相关基因表达模式列表 | 第168-170页 |
| 附表4 细胞转运相关基因表达模式列表 | 第170-172页 |
| 附表5 试验常用培养基 | 第172-176页 |
| 攻读博士学位期间发表的研究论文 | 第176-178页 |
| 本论文创新点 | 第178-180页 |
| 致谢 | 第180页 |
