| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| ·研究背景及基本概念 | 第12-14页 |
| ·研究背景 | 第12-13页 |
| ·树干毕赤酵母 | 第13页 |
| ·生物信息学 | 第13-14页 |
| ·基因组规模代谢网络模型 | 第14页 |
| ·国内外研究现状 | 第14-18页 |
| ·存在问题 | 第18-19页 |
| ·本文研究内容 | 第19-21页 |
| ·主要研究内容 | 第19-20页 |
| ·本文特色工作 | 第20-21页 |
| ·开发语言 | 第21-22页 |
| ·本文内容安排 | 第22-23页 |
| ·本章小结 | 第23-24页 |
| 第二章 树干毕赤酵母代谢网络粗模型自动化重构 | 第24-60页 |
| ·基于KEGG在线数据库的模型 | 第25-36页 |
| ·方法概述 | 第25-26页 |
| ·工具及用到的数据库 | 第26页 |
| ·算法实现 | 第26-35页 |
| ·模型构建结果 | 第35-36页 |
| ·基于Uniprot-MetaCyc本地数据库的模型构建 | 第36-41页 |
| ·MetaCyc | 第36页 |
| ·Uniprot | 第36-37页 |
| ·MetaCyc和Uniprot下载数据结构图 | 第37-39页 |
| ·工具及用到的数据库 | 第39页 |
| ·方法概述 | 第39-40页 |
| ·算法实现 | 第40-41页 |
| ·模型构建结果 | 第41页 |
| ·基于同源物种的模型构建 | 第41-54页 |
| ·BLAST | 第42-43页 |
| ·使用工具及数据准备 | 第43-46页 |
| ·方法概述 | 第46-47页 |
| ·算法实现 | 第47-53页 |
| ·模型构建结果 | 第53-54页 |
| ·三种粗模型数据比较 | 第54-55页 |
| ·粗模型的自动化整合 | 第55-59页 |
| ·基于化合物数据库映射方法 | 第56页 |
| ·基于反应式字符频度的欧氏距离比对方法 | 第56-59页 |
| ·欧氏距离 | 第57页 |
| ·方法概述 | 第57页 |
| ·算法实现 | 第57-59页 |
| ·整合结果 | 第59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第三章 基因组最简化分析 | 第60-70页 |
| ·分析方法 | 第60-61页 |
| ·通量平衡分析方法(FBA) | 第60-61页 |
| ·通量可变性分析方法(FVA) | 第61页 |
| ·最简化方法概述 | 第61-63页 |
| ·方法准备 | 第61-62页 |
| ·方法实现 | 第62-63页 |
| ·遗传算法 | 第63-67页 |
| ·基本原理 | 第63-64页 |
| ·方法概述 | 第64-67页 |
| ·编码方式 | 第64页 |
| ·方法实现 | 第64-67页 |
| ·简化结果及检验 | 第67-69页 |
| ·本章小结 | 第69-70页 |
| 第四章 结论与展望 | 第70-74页 |
| ·结论 | 第70-71页 |
| ·展望 | 第71-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 附录Ⅰ 在学期间获得的成就 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80页 |