| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 目录 | 第5-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-19页 |
| ·系统生物学 | 第7-8页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型的发展现状 | 第8-11页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型的应用 | 第11-13页 |
| ·指导代谢工程 | 第11-12页 |
| ·致病机理研究和新药研发 | 第12页 |
| ·结合合成生物学，开创生物新时代 | 第12-13页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型的构建流程 | 第13-14页 |
| ·模型构建中出现的问题和挑战 | 第14-16页 |
| ·影响基因组尺度代谢网络模型准确性和构建自动化的因素 | 第16-17页 |
| ·运输反应在模型模拟计算中的重要性 | 第17-19页 |
| 第二章 基因组尺度代谢网络运输反应数据集的构建 | 第19-47页 |
| ·已构建模型运输反应分析总结 | 第19-35页 |
| ·模型的筛选及数据下载 | 第19-21页 |
| ·运输反应的提取和整理 | 第21-23页 |
| ·来自模型的运输反应 | 第23-29页 |
| ·协作运输 | 第29-30页 |
| ·模型模拟 | 第30-32页 |
| ·分析及结论 | 第32-35页 |
| ·格式整理及运输反应网络数据集的构建 | 第35-39页 |
| ·运输反应的格式整理 | 第35-36页 |
| ·网络数据集的构建 | 第36-39页 |
| ·运输蛋白数据库的分析 | 第39-42页 |
| ·三个常用数据库的介绍 | 第40-41页 |
| ·三个数据库的对比和结合 | 第41-42页 |
| ·运输反应半自动化添加方法及存在的问题 | 第42-47页 |
| ·运输反应添加方法和步骤 | 第42-45页 |
| ·运输反应添加过程中的问题及在对模拟过程的影响 | 第45-47页 |
| 第三章 基于运输反应模拟的副产物分泌研究 | 第47-58页 |
| ·大肠杆菌模型模拟 | 第47-52页 |
| ·模型准备和模拟条件设定 | 第47-48页 |
| ·模拟结果和分析 | 第48-50页 |
| ·能量与生长速率的关系 | 第50-52页 |
| ·枯草芽孢杆菌模型模拟 | 第52-54页 |
| ·模型准备和模拟条件设定 | 第52页 |
| ·模拟结果和分析 | 第52-54页 |
| ·大肠杆菌和枯草芽孢杆菌模型的模拟比较 | 第54-55页 |
| ·讨论 | 第55-56页 |
| ·运输反应对代谢工程的指导 | 第56-58页 |
| 第四章 结论和展望 | 第58-60页 |
| ·结论 | 第58页 |
| ·展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-69页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第69-70页 |
| 附录 | 第70-75页 |
| 致谢 | 第75页 |