| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-19页 |
| 第一部分 综述与论文设计 | 第19-46页 |
| 第一章 前言 | 第20-46页 |
| ·海洋异养细菌丰富的遗传多样性 | 第20-28页 |
| ·异养细菌 | 第20-23页 |
| ·好氧不产氧光合异养细菌(AAPB) | 第23-25页 |
| ·含视紫质(Proteorhodopsin,PR)变形细菌 | 第25-26页 |
| ·浮游古菌(Planktonic Archaea) | 第26-28页 |
| ·海洋微型生物多样性研究近二十年的主要进展 | 第28-41页 |
| ·浮游细菌 | 第28-33页 |
| ·AAPB | 第33-34页 |
| ·含视紫质细菌 | 第34-35页 |
| ·浮游古菌 | 第35-38页 |
| ·环境基因组学 | 第38-39页 |
| ·新的开拓性研究方法 | 第39-41页 |
| ·本论文的设计与研究意义 | 第41-46页 |
| 第二部分 典型浮游细菌类群在中国典型海域的多样性 | 第46-89页 |
| 第二章 浮游Cytophaga-Flavobacteria类群在东海的多样性 | 第48-62页 |
| ·研究背景 | 第49-50页 |
| ·材料和方法 | 第50-53页 |
| ·采样和环境参数的测定 | 第50-51页 |
| ·16S rRNA基因克隆文库的构建 | 第51-53页 |
| ·测序和系统发育分析 | 第53页 |
| ·结果 | 第53-57页 |
| ·东海CF类群16S rRNA基因序列的总体分析 | 第53-54页 |
| ·CF亚群在长江口和东海的多样性 | 第54-57页 |
| ·讨论 | 第57-61页 |
| ·长江口与东海CF的多样性分布模式 | 第57-59页 |
| ·CF亚群的来源环境分析 | 第59-61页 |
| ·小结 | 第61-62页 |
| 第三章 浮游古菌在长江口的多样性 | 第62-76页 |
| ·研究背景 | 第63页 |
| ·材料和方法 | 第63-67页 |
| ·采样和环境参数的测定 | 第64页 |
| ·DNA提取和克隆文库构建 | 第64页 |
| ·选择用于PCR-RFLP分析的内切酶 | 第64-66页 |
| ·克隆文库的PCR-RFLP筛选和数据统计分析 | 第66页 |
| ·测序与系统发育分析 | 第66-67页 |
| ·结果 | 第67-73页 |
| ·采样站位的环境参数 | 第67页 |
| ·PCR-RFLP筛选克隆文库的限制性内切酶的确定 | 第67-68页 |
| ·克隆文库的PCR-RFLP筛选和带型的统计分析 | 第68-72页 |
| ·古菌16S rRNA基因序列的系统发育分析 | 第72页 |
| ·古菌16S rRNA基因序列的同源性分析 | 第72-73页 |
| ·讨论 | 第73-76页 |
| 第四章 具有固碳能力的浮游变形细菌在东海的多样性 | 第76-89页 |
| ·研究背景 | 第77-78页 |
| ·材料和方法 | 第78-81页 |
| ·样品采样和站位环境参数 | 第78-79页 |
| ·引物设计 | 第79-80页 |
| ·克隆文库构建 | 第80页 |
| ·DGGE筛选克隆子 | 第80-81页 |
| ·测序与系统发育分析 | 第81页 |
| ·结果 | 第81-87页 |
| ·引物设计和最佳PCR扩增条件的确立 | 第81-82页 |
| ·Ⅰ型和Ⅱ型rbcL基因克隆文库的构建和分析 | 第82页 |
| ·rbcL氨基酸序列的系统发育分析 | 第82-86页 |
| ·rbcL氨基酸序列的保守位点分析 | 第86-87页 |
| ·讨论 | 第87-89页 |
| ·引物设计和克隆文库的筛选方法 | 第87页 |
| ·多样性分析及其与环境因子之间的关系 | 第87-89页 |
| 第三部分 典型功能细菌类群AAPB在全球海洋的多样性 | 第89-130页 |
| 第五章 全球表层海洋AAPB多样性的分布模式 | 第89-97页 |
| ·研究背景 | 第90页 |
| ·材料和方法 | 第90-92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-96页 |
| ·小结 | 第96-97页 |
| 第六章 AAPB在大洋表层和弱光层上层水体中的多样性 | 第97-119页 |
| ·研究背景 | 第98-99页 |
| ·材料和方法 | 第99-103页 |
| ·采样站位和环境参数 | 第99页 |
| ·样品采集和群落DNA提取 | 第99-101页 |
| ·AAPB多样性分析的目标基因和引物 | 第101页 |
| ·PCR扩增目标基因片段以及克隆文库分析 | 第101页 |
| ·测序与系统发育分析 | 第101-102页 |
| ·统计分析 | 第102-103页 |
| ·结果 | 第103-107页 |
| ·采样情况与环境参数 | 第103页 |
| ·pufM克隆文库分析 | 第103-104页 |
| ·序列统计分析 | 第104-106页 |
| ·AAPB多样性模式 | 第106-107页 |
| ·讨论 | 第107-117页 |
| ·AAPB多样性的研究方法 | 第110-113页 |
| ·全球海洋AAPB生物地理分布的新认识 | 第113-116页 |
| ·弱光层AAPB的适应和进化启示 | 第116-117页 |
| ·小结 | 第117-119页 |
| 第七章 不产氧光合细菌与环境的协同进化关系研究 | 第119-130页 |
| ·研究背景 | 第120-121页 |
| ·材料和方法 | 第121-124页 |
| ·收集APB菌株的pufM序列和来源环境信息 | 第121-124页 |
| ·pufM序列的系统发育分析 | 第124页 |
| ·结果与讨论 | 第124-130页 |
| ·pufM系统发育树的构建与分析 | 第124-127页 |
| ·pufM系统发育和来源环境之间的关系分析 | 第127-130页 |
| 第四部分 海洋可培养的有色异养细菌的多样性研究 | 第130-149页 |
| 第八章 中国海及邻近大洋海域可培养有色异养细菌的多样性分布和生理特征 | 第131-149页 |
| ·研究背景 | 第132-133页 |
| ·材料和方法 | 第133-135页 |
| ·采样站位 | 第133页 |
| ·总异养细菌计数 | 第133页 |
| ·CFU和PHB计数 | 第133页 |
| ·16S rRNA基因的测序与系统发育分析 | 第133-135页 |
| ·丙酮-甲醇提取物的色素分析 | 第135页 |
| ·结果 | 第135-144页 |
| ·CFU和PHB的空间分布 | 第135-136页 |
| ·总细菌数、CFU和PHB的垂直剖面 | 第136-138页 |
| ·16S rRNA基因序列分析 | 第138-144页 |
| ·色素吸收光谱分析 | 第144页 |
| ·讨论 | 第144-149页 |
| ·海洋中PHB的丰度分布 | 第144-145页 |
| ·PHB的遗传多样性 | 第145-149页 |
| 第五部分 方法学研究 | 第149-169页 |
| 第九章 基于pufM序列距离的聚类方法评估不产氧光合细菌的多样性 | 第150-163页 |
| ·研究背景 | 第151页 |
| ·材料和方法 | 第151-153页 |
| ·pufM序列的收集 | 第151-152页 |
| ·pufM序列的距离聚类方法 | 第152-153页 |
| ·结果 | 第153-158页 |
| ·纯培养pufM序列分析及cutoff值的确定 | 第153-158页 |
| ·直接来源于环境的pufM序列的分析 | 第158页 |
| ·pufM序列在Culture和EnvClone两种类群间的距离 | 第158页 |
| ·讨论 | 第158-163页 |
| ·评估基于序列距离的聚类方法和cutoff值 | 第158-161页 |
| ·自然界中APB的多样性 | 第161-163页 |
| 第十章 结合脉冲场电泳与PCR扩增的方法估算细菌基因组中16S rRNA基因的拷贝数 | 第163-169页 |
| ·研究背景 | 第164页 |
| ·材料和方法 | 第164-165页 |
| ·结果和讨论 | 第165-167页 |
| ·小结 | 第167-169页 |
| 第六部分 本论文的主要结论和创新点 | 第169-172页 |
| 一、主要结论 | 第170-171页 |
| 二、创新点 | 第171-172页 |
| 参考文献 | 第172-194页 |
| 附录1 缩写列表 | 第194-195页 |
| 附录2 本论文的技术路线示意图 | 第195-196页 |
| 附录3 常用分子生物学软件、程序及使用方法 | 第196-205页 |
| 附录4 博士期间参予课题和论文发表情况 | 第205-208页 |
| 致谢 | 第208页 |
