蛋白质吸附分子模拟中势能计算的优化算法
| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-18页 |
| ·蛋白质分子结构 | 第7-10页 |
| ·蛋白质结构简述 | 第7-8页 |
| ·维持蛋白质稳定构象的因素 | 第8-10页 |
| ·蛋白质在固体表面上的吸附 | 第10-13页 |
| ·蛋白质吸附的影响因素 | 第10-12页 |
| ·蛋白质界面吸附的研究现状 | 第12-13页 |
| ·分子模拟 | 第13-16页 |
| ·分子模拟方法 | 第14-15页 |
| ·分子模拟软件介绍 | 第15页 |
| ·分子动力学模拟在蛋白质吸附研究中的应用 | 第15-16页 |
| ·势能函数与分子模拟 | 第16页 |
| ·本论文的研究意义 | 第16-18页 |
| 第二章 势函数的计算 | 第18-27页 |
| ·势能函数和力场 | 第18-20页 |
| ·势能函数分类 | 第18-19页 |
| ·势能函数基本形式 | 第19页 |
| ·力场的分类和选取原则 | 第19-20页 |
| ·周期性边界条件 | 第20-21页 |
| ·势能截断 | 第21-22页 |
| ·势能函数的计算 | 第22-27页 |
| ·Verlet列表法 | 第22-25页 |
| ·元胞列表法 | 第25-26页 |
| ·Verlet-元胞列表法 | 第26-27页 |
| 第三章 蛋白质吸附的分子动力学模拟 | 第27-43页 |
| ·模拟蛋白质的选择 | 第27-28页 |
| ·模拟条件初始化 | 第28-31页 |
| ·聚十赖氨酸的初始构象 | 第28-29页 |
| ·中心模拟盒子的搭建 | 第29-30页 |
| ·初始速度的确定 | 第30-31页 |
| ·势能函数 | 第31-33页 |
| ·非界面作用势能函数 | 第31-32页 |
| ·氢键作用势能函数 | 第32-33页 |
| ·界面作用势能函数 | 第33页 |
| ·模型简化 | 第33-34页 |
| ·周期性边界条件 | 第34页 |
| ·温度控制方法 | 第34页 |
| ·势能计算的程序算法 | 第34-43页 |
| ·Verlet列表法的算法实现 | 第37-40页 |
| ·程序数据结构 | 第40-42页 |
| ·程序流程图 | 第42-43页 |
| 第四章 模拟结果与讨论 | 第43-55页 |
| ·势能函数计算方法的效率 | 第43页 |
| ·Verlet半径rv对模拟速度的影响 | 第43-45页 |
| ·时间步长对模拟结果的影响 | 第45-47页 |
| ·吸附过程中系统的动量与能量 | 第47-49页 |
| ·主链构象的变化 | 第49-53页 |
| ·聚十赖氨酸分子所受作用能及其内能变化 | 第53-55页 |
| 第五章 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
