| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 1 文献综述 | 第13-34页 |
| 1.1 黄籽油菜的性状特点 | 第13-15页 |
| 1.2 油菜种皮颜色的遗传研究 | 第15-17页 |
| 1.3 油菜种皮颜色基因的定位和克隆 | 第17-21页 |
| 1.3.1 白菜型油菜种皮颜色基因的定位和克隆 | 第18页 |
| 1.3.2 芥菜型油菜种皮颜色基因的定位和克隆 | 第18-19页 |
| 1.3.3 埃塞俄比亚芥种皮颜色基因的定位 | 第19页 |
| 1.3.4 甘蓝型油菜种皮颜色基因的定位 | 第19-20页 |
| 1.3.5 油菜类黄酮途径基因的同源克隆 | 第20-21页 |
| 1.4 油菜黄籽性状的形成机制 | 第21-27页 |
| 1.4.1 拟南芥和甘蓝型油菜种皮结构 | 第21-22页 |
| 1.4.2 拟南芥种皮颜色形成机制 | 第22-25页 |
| 1.4.3 甘蓝型油菜种皮颜色形成机制的初步探讨 | 第25-27页 |
| 1.5 芸薹属植物基因定位的策略 | 第27-33页 |
| 1.5.1 图位克隆 | 第27-29页 |
| 1.5.2 重测序分析 | 第29-31页 |
| 1.5.3 转录组测序分析 | 第31-33页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 2 材料和方法 | 第34-46页 |
| 2.1 试验材料 | 第34-35页 |
| 2.2 种子含油量的测定 | 第35-36页 |
| 2.2.1 NIRS法测定甘蓝型油菜种子品质 | 第35页 |
| 2.2.2 气相色谱内标法检测种子脂肪酸含量 | 第35-36页 |
| 2.3 分子标记分析 | 第36-41页 |
| 2.3.1 油菜DNA的提取 | 第36页 |
| 2.3.2 AFLP标记分析 | 第36-37页 |
| 2.3.3 SSR标记的开发 | 第37-38页 |
| 2.3.4 IP标记的开发 | 第38页 |
| 2.3.5 基于SNP芯片的SNP引物开发 | 第38-39页 |
| 2.3.6 全基因组重测序分析 | 第39-40页 |
| 2.3.7 连锁图谱构建 | 第40-41页 |
| 2.4 种皮类黄酮含量的检测 | 第41-42页 |
| 2.4.1 原花青素的香草醛和DMACA检测 | 第41页 |
| 2.4.2 种皮中代谢物的粗提取及LC-MS/MS分析 | 第41-42页 |
| 2.4.3 不溶性原花青素含量的检测 | 第42页 |
| 2.5 种皮转录组分析 | 第42-46页 |
| 2.5.1 RNA的提取、cDNA文库的构建和测序 | 第42-43页 |
| 2.5.2 RNA-seq数据的处理 | 第43-45页 |
| 2.5.3 qRT-PCR验证 | 第45-46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-92页 |
| 3.1 甘蓝型黄籽、黑/褐籽油菜成熟种子的品质特征 | 第46-48页 |
| 3.2 种皮颜色基因D的定位 | 第48-56页 |
| 3.2.1 基于白菜基因组信息开发SSR、IP、SNP标记 | 第48-50页 |
| 3.2.2 基于AFLP标记和甘蓝型油菜基因组信息开发SSR标记 | 第50-51页 |
| 3.2.3 基于重测序数据开发标记 | 第51-54页 |
| 3.2.4 种皮颜色基因D的遗传定位与定位区段的共线性分析 | 第54-56页 |
| 3.3 甘蓝型黄籽、黑/褐籽油菜种子发育过程中种皮的类黄酮含量比较分析 | 第56-63页 |
| 3.3.1 甘蓝型黄籽、黑/褐籽油菜种皮的化学染色 | 第56-58页 |
| 3.3.2 甘蓝型黄籽、黑/褐籽油菜种皮可溶性类黄酮含量的比较 | 第58-62页 |
| 3.3.3 甘蓝型黄籽、黑/褐籽油菜不溶性原花青素含量的比较 | 第62-63页 |
| 3.4 甘蓝型黄籽、褐籽油菜近等基因系种皮的转录组比较分析 | 第63-90页 |
| 3.4.1 RNA-seq数据分析 | 第63-66页 |
| 3.4.2 甘蓝型黄籽、褐籽油菜近等基因系种皮差异表达基因的筛选 | 第66-68页 |
| 3.4.3 黄籽、褐籽种皮差异表达基因的GO和KEGG富集分析 | 第68-72页 |
| 3.4.4 黄籽、褐籽种皮中类黄酮合成相关基因的表达水平比较分析 | 第72-86页 |
| 3.4.5 差异表达的转录因子基因的筛选 | 第86-88页 |
| 3.4.6 qRT-PCR验证 | 第88-90页 |
| 3.5 种皮颜色基因D定位区间的候选基因的筛选 | 第90-92页 |
| 4 讨论 | 第92-100页 |
| 4.1 比较基因组与基于WGR的BSA在油菜基因定位中的应用 | 第92-94页 |
| 4.2 甘蓝型油菜种皮颜色基因定位的复杂性 | 第94-95页 |
| 4.3 原花青素的合成和积累是甘蓝型黄籽、褐籽油菜种皮颜色差异的主要原因 | 第95-97页 |
| 4.4 参与类黄酮合成的新转录因子 | 第97-99页 |
| 4.5 下一步研究计划 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-122页 |
| 附录 | 第122-140页 |
| 附录1 LC-ESI-MS/MS检测的431种代谢物 | 第122-133页 |
| 附录2 qPCR所用的基因及引物序列 | 第133-135页 |
| 附录3 不同发育时期的种皮DEGs的GO富集分析结果 | 第135-139页 |
| 附录4 作者简介和研究生阶段发表的文章 | 第139-140页 |
| 致谢 | 第140-142页 |
