| 摘要 | 第8-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 缩略语表 | 第16-17页 |
| 第一章 前言 | 第17-36页 |
| 1.1 普通脱硫弧菌对硝酸盐抵抗机制 | 第17-23页 |
| 1.1.1 普通脱硫弧菌的简介 | 第17-19页 |
| 1.1.2 脱硫弧菌对硝酸盐抵抗机制的研究 | 第19-23页 |
| 1.2 实验室进化以及高通量测序的研究进展 | 第23-29页 |
| 1.2.1 实验室进化及高通量测序的简介 | 第23-24页 |
| 1.2.2 实验室进化及高通量测序发展 | 第24-26页 |
| 1.2.3 长期实验室进化研究进展 | 第26-28页 |
| 1.2.4 长期实验室进化在普通脱硫弧菌适应性研究中的应用 | 第28-29页 |
| 1.3 Crp/Fnr全局转录因子的研究进展 | 第29-35页 |
| 1.3.1 Crp/Fnr全局转录因子简介 | 第29页 |
| 1.3.2 Crp/Fnr全局转录因子研究进展 | 第29-32页 |
| 1.3.3 普通脱硫弧菌中的Crp/Fnr转录因子的研究 | 第32-35页 |
| 1.4 研究的目的和意义 | 第35-36页 |
| 第二章 普通脱硫弧菌在硝酸钠压力下的实验室进化 | 第36-49页 |
| 2.1 前言 | 第36-37页 |
| 2.2 材料和方法 | 第37-40页 |
| 2.2.1 菌种 | 第37页 |
| 2.2.2 培养基 | 第37-38页 |
| 2.2.3 传代培养 | 第38页 |
| 2.2.4 试剂,试剂盒以及耗材 | 第38页 |
| 2.2.5 实验仪器 | 第38页 |
| 2.2.6 硝酸盐压力的选择 | 第38-39页 |
| 2.2.7 硝酸盐压力下传代培养 | 第39页 |
| 2.2.8 硝酸盐进化菌群以及出发菌群的生理生化检测 | 第39-40页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第40-47页 |
| 2.3.1 实验室进化硝酸盐压力的选择 | 第40页 |
| 2.3.2 传代培养过程中生长状况 | 第40-41页 |
| 2.3.3 硝酸盐进化菌的硝酸盐适应性增加 | 第41-47页 |
| 2.4 小结 | 第47-49页 |
| 第三章 硝酸盐进化菌群的基因组信息分析 | 第49-68页 |
| 3.1 前言 | 第49页 |
| 3.2 材料和方法 | 第49-53页 |
| 3.2.1 菌种 | 第49-50页 |
| 3.2.2 培养基 | 第50页 |
| 3.2.3 试剂,试剂盒以及耗材 | 第50页 |
| 3.2.4 抽提液和缓冲液 | 第50页 |
| 3.2.5 实验仪器 | 第50-51页 |
| 3.2.6 基因组DNA抽提 | 第51页 |
| 3.2.7 基因组DNA测序 | 第51页 |
| 3.2.8 测序数据预处理 | 第51页 |
| 3.2.9 SNPs过滤值的选择 | 第51-52页 |
| 3.2.10 数据分析 | 第52-53页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第53-66页 |
| 3.3.1 硝酸盐进化菌与原始菌群的基因组的提取 | 第53页 |
| 3.3.2 Hiseq测序数据过滤值的确认 | 第53-54页 |
| 3.3.3 硝酸盐进化菌与原始菌群的基因型初步分析 | 第54-56页 |
| 3.3.4 硝酸盐进化菌与原始菌群的硝酸盐基因簇 | 第56-66页 |
| 3.4 小结 | 第66-68页 |
| 第四章 Crp/Fnr全局转录因子的功能研究 | 第68-97页 |
| 4.1 前言 | 第68-69页 |
| 4.2 材料和方法 | 第69-78页 |
| 4.2.1 菌种及质粒 | 第69-71页 |
| 4.2.2 培养基、培养温度和抗生素使用浓度 | 第71页 |
| 4.2.3 野生型菌株和Crp/Fnr缺失株抗压测试 | 第71-72页 |
| 4.2.4 工具酶、试剂及试剂盒 | 第72页 |
| 4.2.5 PCR引物 | 第72-74页 |
| 4.2.6 缓冲液 | 第74页 |
| 4.2.7 实验仪器 | 第74-75页 |
| 4.2.8 分子生物学方法 | 第75页 |
| 4.2.9 普通脱硫弧菌的读码框内敲除质粒的构建 | 第75-76页 |
| 4.2.10 大肠杆菌重组质粒转化 | 第76-77页 |
| 4.2.11 普通脱硫弧菌电转化感受态细胞的制备和电转化 | 第77页 |
| 4.2.12 普通脱硫弧菌转化子的验证 | 第77-78页 |
| 4.2.13 数据处理 | 第78页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第78-96页 |
| 4.3.1 Crp/Fnr转录因子读码框内敲除示意图以及所需质粒的构建 | 第78-80页 |
| 4.3.2 Crp/Fnr转录因子读码框内敲除菌的获得 | 第80-85页 |
| 4.3.3 野生菌株与Crp/Fnr转录因子缺失株在不同压力下的表现 | 第85-96页 |
| 4.4 小结 | 第96-97页 |
| 第五章 不同压力下普通脱硫弧菌的基因表达谱分析 | 第97-118页 |
| 5.1 前言 | 第97-98页 |
| 5.2 材料和方法 | 第98-103页 |
| 5.2.1 菌种 | 第98页 |
| 5.2.2 培养基以及缓冲液 | 第98页 |
| 5.2.3 试剂以及试剂盒 | 第98页 |
| 5.2.4 实验仪器 | 第98-99页 |
| 5.2.5 不同压力下细胞的收集 | 第99页 |
| 5.2.6 普通脱硫弧菌总RNA的提取 | 第99-100页 |
| 5.2.7 普通脱硫弧菌总RNA的纯化 | 第100页 |
| 5.2.8 RNA的转录标记以及基因组DNA的标记 | 第100-101页 |
| 5.2.9 芯片杂交条件检测 | 第101-102页 |
| 5.2.10 芯片杂交与清洗 | 第102页 |
| 5.2.11 芯片的扫描 | 第102页 |
| 5.2.12 数据处理 | 第102-103页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第103-116页 |
| 5.3.1 芯片杂交特异性测试中RNA以及gDNA的提取与标记 | 第103-104页 |
| 5.3.2 甲酰胺浓度对杂交特异性的影响 | 第104-107页 |
| 5.3.3 野生菌JW710和JWQ0123在不同外界压力下表达谱数据收集 | 第107-108页 |
| 5.3.4 野生菌JW710与JWQ0123在不同外界压力下的基因表达 | 第108-109页 |
| 5.3.5 普通脱硫弧菌JW710在不同外界压力下的基因表达 | 第109-112页 |
| 5.3.6 JW710以及JWQ0123在不同外界压力下的基因表达差异 | 第112-116页 |
| 5.4 小结 | 第116-118页 |
| 第六章 结论与展望 | 第118-122页 |
| 6.1 结论 | 第118-120页 |
| 6.2 展望 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-133页 |
| 附录 | 第133-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 在读期间发表论文 | 第135页 |
