| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一部分 鱼腥蓝细菌碱性/中性蔗糖酶InvA和InvB的结构与催化机制研究 | 第13-89页 |
| 第一章 InvA和InvB研究背景 | 第13-33页 |
| 1.1 引言 | 第13页 |
| 1.2 蔗糖代谢 | 第13-18页 |
| 1.2.1 植物中的蔗糖代谢 | 第13-16页 |
| 1.2.2 蓝细菌中的蔗糖代谢 | 第16-18页 |
| 1.2.3 变形菌中的蔗糖代谢 | 第18页 |
| 1.3 蔗糖酶的研究 | 第18-24页 |
| 1.3.1 酸性蔗糖酶 | 第19-21页 |
| 1.3.2 碱性/中性蔗糖酶 | 第21-24页 |
| 1.4 鱼腥蓝细菌碱性/中性蔗糖酶InvA和InvB | 第24-33页 |
| 1.4.1 研究进展 | 第25-29页 |
| 1.4.2 InvA和InvB生物信息学分析 | 第29-33页 |
| 第二章 实验材料、仪器设备与方法 | 第33-43页 |
| 2.1 实验材料和仪器设备 | 第33-34页 |
| 2.1.1 质粒和菌株 | 第33页 |
| 2.1.2 酶与其它实验试剂 | 第33页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第33-34页 |
| 2.2 实验方法 | 第34-43页 |
| 2.2.1 invA和invB基因的克隆及重组质粒的构建 | 第34-37页 |
| 2.2.1.1 引物设计 | 第34-35页 |
| 2.2.1.2 目的片段PCR | 第35页 |
| 2.2.1.3 重组质粒的构建 | 第35-37页 |
| 2.2.1.4 定点突变 | 第37页 |
| 2.2.2 InvA和InvB蛋白表达及纯化 | 第37-38页 |
| 2.2.3 蛋白部分酶解及截短版的构建 | 第38页 |
| 2.2.4 蛋白晶体初筛及优化 | 第38-39页 |
| 2.2.5 晶体X射线衍射数据收集及结构解析 | 第39-40页 |
| 2.2.6 酶活实验 | 第40-41页 |
| 2.2.7 序列、结构比对及进化分析 | 第41-43页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第43-79页 |
| 3.1 InvA和InvB的蛋白表达及纯化 | 第43-44页 |
| 3.2 InvA和InvB晶体学研究 | 第44-55页 |
| 3.2.1 全长蛋白的结晶、优化及X射线衍射 | 第44-48页 |
| 3.2.2 截短版蛋白的构建 | 第48-51页 |
| 3.2.3 截短版蛋白的结晶与优化 | 第51-53页 |
| 3.2.4 截短版蛋白的晶体衍射数据收集、处理及结构解析 | 第53-55页 |
| 3.3 InvA的结构分析 | 第55-59页 |
| 3.3.1 InvA整体结构 | 第55-58页 |
| 3.3.2 InvA活性口袋 | 第58-59页 |
| 3.4 InvA和InvB基本酶学性质的研究 | 第59-63页 |
| 3.4.1 酶学参数的测定 | 第59-62页 |
| 3.4.2 催化位点的鉴定及催化机制的预测 | 第62-63页 |
| 3.5 InvA底物特异性的研究 | 第63-67页 |
| 3.6 碱性/中性蔗糖酶的分类研究 | 第67-68页 |
| 3.7 InvB与InvA的结构比较 | 第68-72页 |
| 3.7.1 整体结构比较 | 第68-70页 |
| 3.7.2 活性位点结构比较 | 第70-72页 |
| 3.8 InvB酶学特性及其与固氮的联系 | 第72-75页 |
| 3.8.1 Arg430赋予InvB更高的催化活性 | 第72-74页 |
| 3.8.2 InvB更高的催化活性可能是异形胞分化和固氮所需 | 第74-75页 |
| 3.9 碱性/中性蔗糖酶的进化分析 | 第75-77页 |
| 3.10 本章小结 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-89页 |
| 第二部分 斑马鱼穿孔蛋白Aep1的结构与功能研究 | 第89-117页 |
| 第四章 Aep1研究背景 | 第89-97页 |
| 4.1 穿孔蛋白概述 | 第89-91页 |
| 4.1.1 穿孔蛋白的基本特征 | 第89-90页 |
| 4.1.2 穿孔蛋白的受体识别 | 第90-91页 |
| 4.2 Aerolysin家族穿孔蛋白 | 第91-93页 |
| 4.2.1 基本概述 | 第91页 |
| 4.2.2 结构与穿孔机制研究 | 第91-93页 |
| 4.3 斑马鱼aerolysin类穿孔蛋白Aep1 | 第93-97页 |
| 4.3.1 Aep1研究进展 | 第93-94页 |
| 4.3.2 Aep1待解决的问题 | 第94-97页 |
| 第五章 实验材料、设备与方法 | 第97-101页 |
| 5.1 实验材料和仪器设备 | 第97页 |
| 5.2 实验方法 | 第97-101页 |
| 5.2.1 酵母原生质体的制备 | 第97页 |
| 5.2.2 去垢剂筛选 | 第97-98页 |
| 5.2.3 Aep1八体制备 | 第98页 |
| 5.2.4 负染及冷冻电镜 | 第98-99页 |
| 5.2.5 Man_8NAG_2 (M8B)的制备 | 第99页 |
| 5.2.6 ELISA实验 | 第99页 |
| 5.2.7 Aep1与M8B复合物晶体获得、数据收集及处理 | 第99-101页 |
| 第六章 结果与讨论 | 第101-113页 |
| 6.1 Aep1八体的制备及电镜观察 | 第101-107页 |
| 6.1.1 去垢剂的筛选 | 第101-103页 |
| 6.1.2 Aep1八体的纯化 | 第103-106页 |
| 6.1.3 Aep1八体的负染及冷冻电镜观察 | 第106-107页 |
| 6.2 Aep1天然受体的研究 | 第107-113页 |
| 6.2.1 Man_8NAG_2 (M8B)的制备 | 第107-108页 |
| 6.2.2 Aep1与M8B相互作用的检测 | 第108-109页 |
| 6.2.3 Aep1与M8B复合物晶体结构研究 | 第109-113页 |
| 参考文献 | 第113-117页 |
| 第三部分 其它工作 | 第117-120页 |
| 第七章 七鳃鳗胞嘧啶脱氨酶CDA1和CDA2的结构和序列偏好性研究 | 第117-119页 |
| 参考文献 | 第119-120页 |
| 附录 | 第120-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 在读期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第131页 |
