| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 术语表 | 第9-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-26页 |
| 1.1. 引言 | 第14-15页 |
| 1.2. 拟南芥生物分子相互作用研究现状 | 第15-19页 |
| 1.2.1. 实验验证生物分子相互作用的研究现状 | 第15-18页 |
| 1.2.2. 预测得到的拟南芥蛋白质相互作用研究现状 | 第18-19页 |
| 1.3. 组学数据分析策略研究现状 | 第19-21页 |
| 1.4. 课题目的 | 第21-22页 |
| 1.5. 研究策略与研究流程 | 第22-23页 |
| 1.6. 论文内容和章节安排 | 第23-26页 |
| 第二章 拟南芥功能关联在线数据资源的评估与整合 | 第26-39页 |
| 2.1. 引言 | 第26-28页 |
| 2.2. 高质量拟南芥蛋白质相互作用数据的搜集与整合 | 第28-31页 |
| 2.2.1 蛋白质相互作用数据来源 | 第28-29页 |
| 2.2.2 蛋白质相互作用数据的筛选与整合 | 第29-30页 |
| 2.2.3 蛋白质相互作用数据集的GO功能分布检测 | 第30-31页 |
| 2.3. 拟南芥分子功能关联侧面证据的搜集与整合 | 第31-35页 |
| 2.3.1. 基因共表达 | 第32页 |
| 2.3.2. 共注释 | 第32-33页 |
| 2.3.3. 蛋白质结构域互作 | 第33-34页 |
| 2.3.4. 亚细胞共定位 | 第34页 |
| 2.3.5. 系统发育谱 | 第34页 |
| 2.3.6. 同源互作 | 第34-35页 |
| 2.4. 评估拟南芥分子功能关联侧面证据的统计学效力 | 第35-38页 |
| 2.5. 本章小结 | 第38-39页 |
| 第三章 基于SVM方法预测拟南芥基因功能关联网络 | 第39-46页 |
| 3.1. 引言 | 第39-40页 |
| 3.2. SVM模型建立的数据集准备 | 第40-41页 |
| 3.2.1. 正负例子集准备 | 第40页 |
| 3.2.2. 训练集与测试集划分 | 第40-41页 |
| 3.3. SVM参数优化与模型建立 | 第41-44页 |
| 3.3.1. 交叉验证优化SVM模型参数 | 第41-42页 |
| 3.3.2. 初步搜索与精细搜索 | 第42-43页 |
| 3.3.3. SVM模型的统计学特性评估 | 第43-44页 |
| 3.4. 估计拟南芥相互作用组大小 | 第44-45页 |
| 3.5. 本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 评估拟南芥基因功能关联网络 | 第46-55页 |
| 4.1. 引言 | 第46-47页 |
| 4.2. 拟南芥在线预测相互作用组资源的搜集与比较 | 第47-49页 |
| 4.3. 利用相互作用组预测基因功能 | 第49页 |
| 4.4. 评估PAIR v5.0作为功能关联网络的质量 | 第49-54页 |
| 4.4.1. 准备目标基因集 | 第50页 |
| 4.4.2. 绘制准确率-召回率曲线 | 第50-52页 |
| 4.4.3. PAIR v5.0网络特性的解释 | 第52-54页 |
| 4.5. 本章小结 | 第54-55页 |
| 第五章 建立基于功能互作网络的组学数据分析系统 | 第55-68页 |
| 5.1. 引言 | 第55-56页 |
| 5.2. 基因集关联分析的两个假设 | 第56-58页 |
| 5.3. 两个假设的验证 | 第58-59页 |
| 5.3.1. 假设一的验证 | 第58-59页 |
| 5.3.2. 假设二的验证 | 第59页 |
| 5.4. PAIRv5.0与GSLA的网络工具平台的建立 | 第59-67页 |
| 5.4.1. PAIRv5.0在线数据库 | 第60-65页 |
| 5.4.2. 基于GSLA的在线组学数据分析平台 | 第65-67页 |
| 5.5. 本章小结 | 第67-68页 |
| 第六章 利用GSLA分析在拟南芥种子萌发过程中观测到的组学数据变化 | 第68-89页 |
| 6.1. 引言 | 第68-70页 |
| 6.2. 通过分析组学数据比较GSLA与传统分析方法的差异 | 第70-72页 |
| 6.3. 利用GSLA预测拟南芥种子萌发中潜在的对ABA激素过敏感表型 | 第72-79页 |
| 6.3.1. 拟南芥中ABA,PCD,以及种子萌发过程调控通路的研究背景 | 第72-74页 |
| 6.3.2. 利用GSLA揭示对照组差异表迖基因相关联的PCD信号通路 | 第74-78页 |
| 6.3.3. 利用PAIR v5.0功能联网络抓取造成ABA过敏感表型的关键基因 | 第78-79页 |
| 6.4. 利用GSLA区分flu与fc突变型相似表型背后的差异化响应机制 | 第79-88页 |
| 6.4.1. 拟南芥flu与fc突变种的种子萌过程中光发育调控通路的研究背景 | 第79-82页 |
| 6.4.2. 利用GSLA分析flu与fc突变型种子萌发中过程中的差异表达基因 | 第82-85页 |
| 6.4.3. 利用GSLA分析fc突变型发育受阻表型的调控逻辑 | 第85-88页 |
| 6.5. 本章小结 | 第88-89页 |
| 第七章 讨论及展望 | 第89-97页 |
| 7.1. 工作总结 | 第89-90页 |
| 7.2. GSLA/PAIR分析系统独特的分析特性 | 第90-94页 |
| 7.3. 进一步探索并完善基于GSLA/PAIR的组学数据分析方法 | 第94-97页 |
| 参考文献 | 第97-108页 |
| 附录Ⅰ | 第108-113页 |
| 作者简介 | 第113页 |
