| 致谢 | 第5-10页 |
| 术语和缩略语表 | 第10-12页 |
| 氨基酸中英文名称、简写符号 | 第12-13页 |
| 摘要 | 第13-15页 |
| Abstract | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-39页 |
| 1.1 新农药创制的研究现状 | 第17-18页 |
| 1.2 生物合理设计的基本策略 | 第18-20页 |
| 1.2.1 基于受体结构的生物合理设计 | 第18-19页 |
| 1.2.2 基于配体结构的生物合理设计 | 第19-20页 |
| 1.3 生物合理设计中常用的计算机辅助药物设计方法 | 第20-34页 |
| 1.3.1 分子对接 | 第20-23页 |
| 1.3.2 同源模建 | 第23-26页 |
| 1.3.3 分子动力学模拟 | 第26-30页 |
| 1.3.4 药效团模型 | 第30-32页 |
| 1.3.5 定量构效关系 | 第32-34页 |
| 1.4 计算机辅助农药分子生物合理设计的研究进展 | 第34-36页 |
| 1.4.1 先导化合物的发现 | 第34-35页 |
| 1.4.2 先导化合物的优化 | 第35-36页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第36-39页 |
| 第二章 基于JAK激酶结构的新型选择性杀菌先导化合物的虚拟筛选研究 | 第39-54页 |
| 2.1 引言 | 第39-41页 |
| 2.2 研究体系与计算方法 | 第41-45页 |
| 2.2.1 同源模建 | 第41-43页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第43页 |
| 2.2.3 分子对接 | 第43-44页 |
| 2.2.4 杀菌活性测定 | 第44页 |
| 2.2.5 JAK激酶抑制活性测定 | 第44-45页 |
| 2.2.6 细胞毒性测定 | 第45页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第45-53页 |
| 2.3.1 Rs_JAK同源模建 | 第45-47页 |
| 2.3.2 打分函数识别能力评估 | 第47-49页 |
| 2.3.3 虚拟筛选流程 | 第49页 |
| 2.3.4 生物活性测定 | 第49-51页 |
| 2.3.5 结合模式研究 | 第51-53页 |
| 2.4 小结 | 第53-54页 |
| 第三章 基于配体药效团模型的新型SDHI类抑制剂先导化合物的虚拟筛选研究 | 第54-82页 |
| 3.1 前言 | 第54-57页 |
| 3.2 计算与实验方法 | 第57-72页 |
| 3.2.1 药效团模型的构建与验证 | 第57-58页 |
| 3.2.2 虚拟酰胺库构建与数据库搜索 | 第58-59页 |
| 3.2.3 目标化合物的合成 | 第59-69页 |
| 3.2.4 生物活性测定 | 第69-70页 |
| 3.2.5 真菌SDH同源模建和分子模拟 | 第70-72页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第72-80页 |
| 3.3.1 药效团模型的构建 | 第72-73页 |
| 3.3.2 药效团模型的验证 | 第73-74页 |
| 3.3.3 虚拟库构建和药效团模型搜索 | 第74-75页 |
| 3.3.4 目标化合物的合成与生物测定 | 第75-77页 |
| 3.3.5 Hit-to-lead优化 | 第77-79页 |
| 3.3.6 结合模式分析 | 第79-80页 |
| 3.4 小结 | 第80-82页 |
| 第四章 基于琥珀酸脱氢酶结构的新型SDHI类抑制剂的合理设计研究 | 第82-110页 |
| 4.1 引言 | 第82-84页 |
| 4.2 计算与实验方法 | 第84-103页 |
| 4.2.1 分子模拟研究 | 第84页 |
| 4.2.2 设计化合物的合成 | 第84-103页 |
| 4.2.3 杀菌活性测定 | 第103页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第103-108页 |
| 4.3.1 新型SDHI类抑制剂的合理设计 | 第103-104页 |
| 4.3.2 中间体与目标化合物的合成 | 第104-105页 |
| 4.3.3 生物活性测定 | 第105-107页 |
| 4.3.4 结合模式分析 | 第107-108页 |
| 4.4 小结 | 第108-110页 |
| 第五章 基于定量构效关系的新型螺环季酮酸类ACCase酶抑制剂的合理设计研究 | 第110-121页 |
| 5.1 引言 | 第110-112页 |
| 5.2 计算方法 | 第112-115页 |
| 5.2.1 数据集 | 第112-113页 |
| 5.2.2 分子描述符计算与选择 | 第113-114页 |
| 5.2.3 模型建立与验证 | 第114页 |
| 5.2.4 虚拟组合化学库构建 | 第114-115页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第115-120页 |
| 5.3.1 支持向量机分类识别模型的建立 | 第115-118页 |
| 5.3.2 基于SVM模型的螺环季酮酸骨架的合理改造 | 第118-120页 |
| 5.4 小结 | 第120-121页 |
| 第六章 全文总结 | 第121-125页 |
| 6.1 全文总结 | 第121-123页 |
| 6.2 全文创新点 | 第123页 |
| 6.3 不足与展望 | 第123-125页 |
| 参考文献 | 第125-148页 |
| 作者简历 | 第148-149页 |
