| 缩略词表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-17页 |
| 1.1 论文研究背景 | 第12-15页 |
| 1.1.1 作为生物医学基本对象的生物网络 | 第12-13页 |
| 1.1.2 生物网络空间的理论框架 | 第13页 |
| 1.1.3 基于知识的生物网络表征方法 | 第13-14页 |
| 1.1.4 基于网络融合的多组学数据整合分析与精准医学 | 第14-15页 |
| 1.2 论文的组织结构 | 第15-16页 |
| 1.3 论文的主要创新点 | 第16-17页 |
| 第二章 多生物网络分析的理论框架 | 第17-28页 |
| 2.1 研究背景 | 第17-18页 |
| 2.2 基于数值泛函思想的多生物网络分析理论框架 | 第18-21页 |
| 2.2.1 数值泛函及其应用 | 第18-19页 |
| 2.2.2 作为函数的生物网络 | 第19-21页 |
| 2.3 多生物网络分析的理论框架——生物网络空间 | 第21-27页 |
| 2.3.1 生物网络空间 | 第21-24页 |
| 2.3.2 生物网络的数值化表征与相似性度量 | 第24-27页 |
| 2.4 讨论 | 第27-28页 |
| 第三章 基于知识的生物网络表征与比较 | 第28-57页 |
| 3.1 生物网络的研究背景 | 第28-30页 |
| 3.2 生物网络比对的经典模型及算法 | 第30-33页 |
| 3.3 基于知识的生物网络表征——网络指纹的构建方法 | 第33-42页 |
| 3.3.1 网络合并 | 第38页 |
| 3.3.2 功能聚类 | 第38-39页 |
| 3.3.3 网络相似性计算 | 第39-40页 |
| 3.3.4 网络指纹标准化 | 第40-42页 |
| 3.4 基于网络指纹的多疾病网络比对 | 第42-51页 |
| 3.4.1 基于网络指纹表征的两型糖尿病网络比对研究 | 第45-48页 |
| 3.4.2 基于网络指纹表征的疾病分类研究 | 第48-51页 |
| 3.5 基于网络指纹的疾病与生物信号通路的全局关系研究 | 第51-56页 |
| 3.6 讨论 | 第56-57页 |
| 第四章 生物网络比对分析的Web计算实现 | 第57-73页 |
| 4.1 生物网络比对的应用需求 | 第57-58页 |
| 4.2 基于网络指纹的多网络比对Web计算的设计 | 第58-66页 |
| 4.2.1 基于网页的前端展示平台设计与实现 | 第59-63页 |
| 4.2.2 基于R包的后端分析平台设计与实现 | 第63-64页 |
| 4.2.3 基于网络指纹的多网络比对Web计算的实现 | 第64-66页 |
| 4.3 多生物网络比对分析在Web端的扩展 | 第66-72页 |
| 4.3.1 网络比对算法的扩展 | 第66-68页 |
| 4.3.2 基础参考网络数据的扩展 | 第68-71页 |
| 4.3.3 网络指纹可视化 | 第71-72页 |
| 4.4 讨论 | 第72-73页 |
| 第五章 基于网络融合的多组学数据整合分析 | 第73-81页 |
| 5.1 生物医学大数据的背景 | 第73-75页 |
| 5.2 生物网络融合的模型算法与多组学整合分析 | 第75-78页 |
| 5.3 生物网络融合与精准医学 | 第78-80页 |
| 5.4 讨论 | 第80-81页 |
| 第六章 多组学数据整合分析的Web计算实现 | 第81-94页 |
| 6.1 多组学数据整合分析的应用需求 | 第81-82页 |
| 6.2 基于网络融合的多组学数据整合的Web计算设计 | 第82-91页 |
| 6.2.1 基于网页的前端展示平台设计与实现 | 第83页 |
| 6.2.2 基于R包的后端分析平台设计与实现 | 第83-85页 |
| 6.2.3 基于网络融合的多组学数据整合的Web计算实现 | 第85-91页 |
| 6.3 多组学数据整合分析下的疾病亚型分类 | 第91-92页 |
| 6.4 讨论 | 第92-94页 |
| 第七章 结束语 | 第94-97页 |
| 7.1 总结 | 第94-95页 |
| 7.2 研究课题的展望 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-106页 |
| 代表性论著 | 第106-107页 |
| 个人简历 | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108页 |
