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牛丘疹性口炎病毒的分离、全基因组测序及其生物信息学分析

摘要第3-6页
Abstract第6-8页
常用英文缩略词汇第9-14页
第一章 文献综述第14-30页
    1. 牛丘疹性口炎病毒的研究进展第14-21页
        1.1 牛丘疹性口炎病毒流行病学特征第14页
        1.2 临床症状第14-16页
        1.3 病毒基因组结构第16-17页
        1.4 主要的毒力基因第17-21页
            1.4.1 BPSV-ORF006基因第17-18页
            1.4.2 BPSV-ORF080基因第18页
            1.4.3 BPSV-ORF102和BPSV-ORF103基因第18页
            1.4.4 BPSV-ORF109和BPSV-ORF110基因第18-19页
            1.4.5 BPSV-ORF112基因第19-20页
            1.4.6 BPSV-ORF117基因第20页
            1.4.7 BPSV-ORF127基因第20-21页
        1.5 免疫治疗和重组疫苗第21页
    2. 痘病毒的免疫防御分子第21-30页
        2.1 细胞外防御蛋白第22-24页
            2.1.1 补体调节蛋白第22页
            2.1.2 干扰素结合蛋白第22-23页
            2.1.3 IL-18结合蛋白(IL-18 BPs)第23页
            2.1.4 可溶性肿瘤坏死因子结合蛋白第23页
            2.1.5 可溶性IL-1β同源受体第23页
            2.1.6 趋化因子抑制剂第23-24页
            2.1.7 其他的细胞因子结合蛋白和其同源物第24页
            2.1.8 分泌的自然杀伤细胞抑制剂第24页
        2.2 细胞内防御蛋白第24-30页
            2.2.1 细胞模式识别受体的信号通路的抑制剂第24页
            2.2.2 NF-κB信号转导通路抑制剂第24-25页
            2.2.3 肿瘤坏死因子信号通路(IFN)的抑制剂第25页
            2.2.4 抑制细胞凋亡的分子第25-26页
            2.2.5 抑制抗原递呈的分子第26-30页
第二章 牛丘疹性口炎病毒的分离第30-42页
    1. 材料第30-31页
        1.1 主要试剂第30-31页
        1.2 主要仪器第31页
    2. 方法第31-35页
        2.1 流行情况及临床症状第31-32页
        2.2 样品的采集第32页
        2.3 病理组织学切片的制作第32-33页
            2.3.1 固定第32页
            2.3.2 脱水第32页
            2.3.3 透明第32页
            2.3.4 浸蜡第32页
            2.3.5 包埋第32-33页
            2.3.6 切片第33页
            2.3.7 脱蜡第33页
            2.3.8 HE染色第33页
        2.4 病毒的初步分离培养第33-34页
        2.5 病毒的电镜观察第34页
        2.6 PCR检测目的基因第34-35页
    3. 试验结果与分析第35-41页
        3.1 流行情况及临床症状第35-36页
        3.2 组织切片鉴定第36-38页
        3.3 病毒的初步分离培养结果第38页
        3.4 病毒粒子电镜图第38-39页
        3.5 PCR扩增产物和测序结果第39-41页
    4 讨论第41页
    5 小结第41-42页
第三章 牛丘疹性口炎病毒全基因组测序与C5、C15和C1病毒的分离纯化第42-58页
    1. 材料第43页
        1.1 细胞和病毒第43页
        1.2 主要试剂第43页
        1.3 主要试剂盒第43页
        1.4 主要仪器第43页
    2. 方法第43-52页
        2.1 病毒TX09全基因测序第43-44页
            2.1.1 病毒TX09基因的抽提第44页
            2.1.2 病毒DNA测序第44页
        2.2 C5、C15病毒的纯化第44-49页
            2.2.1 引物的设计和酶切位点的选择第44-46页
            2.2.2 蚀斑筛选第46页
            2.2.3 病毒的增殖第46页
            2.2.4 病毒DNA检测第46-49页
            2.2.5 阳性克隆的筛选第49页
        2.3 C1病毒的纯化第49-52页
            2.3.1 引物的设计第49页
            2.3.2 蚀斑筛选第49-50页
            2.3.3 病毒的增殖第50页
            2.3.4 样品DNA的抽提第50-51页
            2.3.5 PCR检测目的条带第51-52页
            2.3.6 阳性克隆的筛选第52页
    3. 实验结果和分析第52-55页
        3.1 C5、C15病毒的纯化第52-54页
        3.2 C1病毒的纯化第54-55页
    4. 讨论第55-57页
    5. 小结第57-58页
第四章 牛丘疹性口炎病毒C15、C5和C1开放阅读框的标注第58-71页
    1. 材料和方法第58页
        1.1 实验病毒基因序列第58页
        1.2 实验软件及数据库第58页
    2 实验方法第58-59页
    3 结果与分析第59-69页
        3.1 C15,C5,C1病毒同源性比对第59页
        3.2 C15,C5,C1病毒开放阅读框的确定第59-66页
        3.3 密码子偏爱性分析第66-69页
    4. 讨论第69-70页
    5. 小结第70-71页
第五章 牛丘疹性口炎病毒C15、C5和C1差异开放阅读框的比对第71-83页
    1. 材料第71页
        1.1 病毒第71页
        1.2 主要使用的软件第71页
    2 方法第71页
    3. 结果与分析第71-81页
    4. 讨论第81-82页
    5. 小结第82-83页
第六章 C5、C15和C1病毒动物接种试验第83-90页
    1. 材料第83-84页
        1.1 细胞、病毒和实验动物第83页
        1.2 主要试剂第83-84页
        1.3 主要试剂盒第84页
        1.4 主要仪器第84页
    2. 方法第84-86页
        2.1 病毒的增殖第84页
        2.2 病毒C5、C15、C1细胞培养物TCID_(50)的测定第84-85页
        2.3 生长曲线的绘制第85页
            2.3.1 多步增长特性(MOI=0.1)第85页
            2.3.2 一步增长特性(病毒MOI=10)第85页
        2.4 动物接种试验第85-86页
    3. 结果与分析第86-89页
        3.1 病毒C5、C15、C1细胞培养物TCID_(50)的测定第86页
        3.2 生长曲线的测定第86-88页
        3.3 动物接种试验第88-89页
    4 讨论第89页
    5 小结第89-90页
第七章 酵母双杂交初步筛选与C1-ORF118相互作用的蛋白第90-106页
    1. 材料第90-92页
        1.1 载体及菌株第90页
        1.2 主要试剂的配制第90-92页
        1.3 主要试剂盒第92页
        1.4 主要仪器第92页
    2. 方法第92-100页
        2.1 重组质粒的构第92-96页
            2.1.1 ORFV 118基因的扩增第92-94页
            2.1.2 双酶切酵母载体pGBK7-BD第94页
            2.1.3 PCR产物和双酶切酵母载体pGBK7-BD的纯化第94-95页
            2.1.4 ORFV118的连接和转化第95页
            2.1.5 提取质粒DNA第95-96页
            2.1.6 ORFV118重组质粒的鉴定第96页
            2.1.7 ORFV118重组质粒的测序第96页
        2.2 酵母双杂交试验第96-100页
            2.2.1 Y2HGold和Y187酵母感受态的制备第96-97页
            2.2.2 酵母细胞转化试验第97页
            2.2.3 pGBK7-118菌株与酵母双杂交cDNA文库中筛选相互作用蛋白第97-98页
            2.2.4 阳性克隆的鉴定第98-99页
            2.2.5 酵母细胞质粒的大肠杆菌转化试验第99-100页
            2.2.6 提取质粒DNA第100页
    3. 阳性质粒基因测序第100页
    4. 试验结果与分析第100-104页
        4.1. 病毒ORFV118基因的扩增第100-101页
        4.2 酵母载体酶切第101页
        4.3 重组质粒的鉴定第101-102页
        4.4 重组诱饵质粒pGBKT7-118的毒性及自激活检测第102-103页
        4.5. 诱饵质粒pGBKT7-118和文库酵母双杂交筛选第103-104页
    5. 讨论第104-105页
    6. 小结第105-106页
全文总结第106-107页
本论文的创新点第107-108页
参考文献第108-125页
致谢第125-126页
攻读学位期间发表的学术论文第126页

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