| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩写词及其英文对照 | 第7-10页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-22页 |
| 1.1.2 结构变异 | 第11-13页 |
| 1.1.3 检测结构变异的方法 | 第13-18页 |
| 1.1.3.1 微阵列 | 第13-14页 |
| 1.1.3.2 基于二代测序技术的结构变异检测方法 | 第14-18页 |
| 1.1.4 结构变异与植物表型的关联 | 第18-19页 |
| 1.1.5 等位基因变异分析 | 第19-22页 |
| 1.1.5.1 基于测序的等位基因挖掘 | 第20-21页 |
| 1.1.5.2 单倍型分析 | 第21-22页 |
| 1.2 本研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 1.3 研究技术路线 | 第23-24页 |
| 第2章 水稻基因组结构变异分析 | 第24-38页 |
| 2.1 引言 | 第24-25页 |
| 2.2 材料与方法 | 第25-29页 |
| 2.2.1 供试材料 | 第25页 |
| 2.2.2 Linux CentOS操作系统 | 第25-26页 |
| 2.2.3 Perl编程语言 | 第26-27页 |
| 2.2.4 质量控制 | 第27-28页 |
| 2.2.5 比对 | 第28页 |
| 2.2.6 结构变异的检测 | 第28-29页 |
| 2.3 结果 | 第29-35页 |
| 2.3.1 华粳籼74基因组重测序数据过滤 | 第29-30页 |
| 2.3.2 插入长度的检测 | 第30-31页 |
| 2.3.3 华粳籼74全基因组检测到的结构变异 | 第31页 |
| 2.3.4 华粳籼74结构变异在12条染色体上的分布 | 第31-32页 |
| 2.3.5 华粳籼74不同类型的结构变异在12条染色体上的分布 | 第32-34页 |
| 2.3.6 华粳籼74结构变异大小分布 | 第34页 |
| 2.3.7 华粳籼74易位结构变异分析 | 第34-35页 |
| 2.4 小结 | 第35-38页 |
| 第3章 SSSL亲本全基因组基因的单倍型分析 | 第38-51页 |
| 3.1 引言 | 第38-39页 |
| 3.2 材料与方法 | 第39-40页 |
| 3.2.1 比对及覆盖深度计算 | 第39页 |
| 3.2.2 SNP变异检测 | 第39-40页 |
| 3.2.3 InDel变异检测与注释 | 第40页 |
| 3.2.4 单倍型的分析 | 第40页 |
| 3.3 结果 | 第40-49页 |
| 3.3.1 SSSL亲本全基因组的基因单倍型 | 第40-42页 |
| 3.3.2 SSSL亲本中一些基因的单倍型分析 | 第42-49页 |
| 3.3.2.1 DTH2基因的单倍型 | 第42-43页 |
| 3.3.2.2 IPA1基因的单倍型 | 第43-49页 |
| 3.3.2.3 GW2基因的单倍型 | 第49页 |
| 3.4 小结 | 第49-51页 |
| 第4章 讨论与结论 | 第51-56页 |
| 4.1 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1.1 水稻全基因组的结构变异 | 第51-52页 |
| 4.1.2 影响结构变异的检测的因素 | 第52-54页 |
| 4.1.3 基因组中基因的单倍型分析 | 第54-55页 |
| 4.2 结论 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-66页 |
| 附录A 结构变异检测的详细过程 | 第66-67页 |
| 附录B 结构变异部分结果 | 第67-86页 |
| 附录C 重测序数据SNP和InDel分析流程 | 第86-88页 |
| 附录D 12染色体基因单倍型数目 | 第88-89页 |
