| 摘要 | 第7-9页 |
| abstract | 第9-10页 |
| 英文缩略表 | 第14-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-26页 |
| 1.1 骨骼肌的发育 | 第16-18页 |
| 1.1.1 骨骼肌的结构 | 第16-17页 |
| 1.1.2 骨骼肌的发育调控 | 第17-18页 |
| 1.1.3 猪骨骼肌的发育 | 第18页 |
| 1.2 猪基因组测序完成为猪骨骼肌发育研究奠定了基础 | 第18-19页 |
| 1.3 相关的组学数据库为猪骨骼肌发育研究提供了丰富的信息 | 第19-20页 |
| 1.4 转录组方法有利于猪骨骼肌发育的调控机制研究 | 第20-22页 |
| 1.4.1 猪骨骼肌发育转录组学研究 | 第20页 |
| 1.4.2 猪骨骼肌发育相关miRNA研究 | 第20-21页 |
| 1.4.3 猪骨骼肌发育相关lncRNA研究 | 第21-22页 |
| 1.5 猪骨骼肌的其他组学研究进展 | 第22-24页 |
| 1.5.1 甲基化调控猪骨骼肌的发育 | 第22-23页 |
| 1.5.2 蛋白组学研究有利于从翻译水平研究猪骨骼肌发育 | 第23-24页 |
| 1.6 猪杂种优势分子机制研究进展 | 第24页 |
| 1.7 本研究的内容和技术路线 | 第24-26页 |
| 第二章 材料和方法 | 第26-35页 |
| 2.1 实验动物 | 第26页 |
| 2.2 RNA提取和文库测序 | 第26-27页 |
| 2.3 生物信息学分析 | 第27-35页 |
| 2.3.1 主要分析工具及数据库 | 第27-28页 |
| 2.3.2 数据质控 | 第28页 |
| 2.3.3 转录组数据比对和表达分析 | 第28页 |
| 2.3.4 主成分、多维尺度和层次聚类分析 | 第28-29页 |
| 2.3.5 差异基因鉴定 | 第29页 |
| 2.3.6 功能富集分析 | 第29页 |
| 2.3.7 骨骼肌发育特异性表达和看家基因鉴定 | 第29-30页 |
| 2.3.8 竞争内源性RNA调控网络构建 | 第30-31页 |
| 2.3.9 共表达调控网络分析 | 第31-32页 |
| 2.3.10 不同品种猪发育不同步分析 | 第32-33页 |
| 2.3.11 基因表达转折点分析 | 第33页 |
| 2.3.12 基因表达最大峰值分析 | 第33-34页 |
| 2.3.13 差异表达基因的分类 | 第34-35页 |
| 第三章 结果与分析 | 第35-84页 |
| 3.1 RNA提取和质量检测 | 第35页 |
| 3.2 转录组基础数据分析 | 第35-43页 |
| 3.2.1 数据量统计和比对分析 | 第35-37页 |
| 3.2.2 基因表达数目分析 | 第37-38页 |
| 3.2.3 基因表达水平分类统计分析 | 第38-40页 |
| 3.2.4 多维尺度和主成分分析 | 第40-42页 |
| 3.2.5 层次聚类分析 | 第42-43页 |
| 3.3 猪骨骼肌发育的分子机制研究 | 第43-69页 |
| 3.3.1 骨骼肌高表达基因分析 | 第43-45页 |
| 3.3.2 骨骼肌发育特异性和看家基因鉴定 | 第45-48页 |
| 3.3.3 转录因子家族分析 | 第48-50页 |
| 3.3.4 不同时间点差异表达分析 | 第50-51页 |
| 3.3.5 不同时间段差异表达分析 | 第51-56页 |
| 3.3.6 基因共表达调控网络分析 | 第56-63页 |
| 3.3.7 骨骼肌发育mRNA-miRNA-lncRNA调控网络分析 | 第63-69页 |
| 3.4 中外猪种猪骨骼肌发育差异机制研究 | 第69-79页 |
| 3.4.1 中外猪种出生前后差异表达基因鉴定 | 第69页 |
| 3.4.2 相同时间点品种间差异表达基因鉴定 | 第69-73页 |
| 3.4.3 发育时间点相关基因鉴定 | 第73页 |
| 3.4.4 长白和通城猪生长发育同步性分析 | 第73-75页 |
| 3.4.5 相关基因在长白猪和通城猪中的差异分析 | 第75-76页 |
| 3.4.6 转折点基因的差异分析 | 第76-77页 |
| 3.4.7 基因表达最大峰值分析 | 第77-79页 |
| 3.5 中外猪种杂交后代杂种优势调控机制研究 | 第79-84页 |
| 3.5.1 长通猪和亲本之间出生前后基因差异表达分析 | 第79页 |
| 3.5.2 相同时间点差异表达基因鉴定 | 第79-81页 |
| 3.5.3 杂种优势相关基因鉴定 | 第81-82页 |
| 3.5.4 杂种优势基因功能分析 | 第82-84页 |
| 第四章 讨论 | 第84-92页 |
| 4.1 转录组学结合比较发育遗传学策略研究猪骨骼肌发育 | 第84页 |
| 4.2 关于猪骨骼肌发育内参基因的评估 | 第84-85页 |
| 4.3 关于猪骨骼肌发育转录组基本特征和模式 | 第85页 |
| 4.4 关于转录因子在骨骼肌发育中的调节作用 | 第85-86页 |
| 4.5 关于猪骨骼肌发育过程涉及的分子事件 | 第86-88页 |
| 4.6 关于lncRNA作为ceRNA调控猪骨骼肌的发育 | 第88-89页 |
| 4.7 关于中外猪种骨骼肌发育的差异机制 | 第89-90页 |
| 4.8 关于长通猪骨骼肌的杂种优势形成 | 第90-92页 |
| 第五章 全文结论 | 第92-94页 |
| 5.1 结论 | 第92页 |
| 5.2 本文的创新和特色 | 第92-93页 |
| 5.3 本研究的不足之处 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 作者简历 | 第107-108页 |
