| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-24页 |
| 1.1 研究目的及意义 | 第13-15页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第15-21页 |
| 1.2.1 miRNA研究简介 | 第15-16页 |
| 1.2.2 植物xenomiR的提出及其影响 | 第16页 |
| 1.2.3 植物xenomiR验证研究 | 第16-18页 |
| 1.2.4 已知的植物xenomiR种类 | 第18-19页 |
| 1.2.5 miRNA靶基因预测方法和RNA二级结构预测方法 | 第19-21页 |
| 1.3 本文研究内容 | 第21-24页 |
| 第2章 小RNA测序数据的收集和植物miRNA的鉴定 | 第24-39页 |
| 2.1 引言 | 第24-25页 |
| 2.2 数据收集 | 第25-31页 |
| 2.2.1 人体体液、组织小RNA测序数据 | 第25-26页 |
| 2.2.2 微生物小RNA测序数据 | 第26页 |
| 2.2.3 植物miRNA表达谱数据 | 第26-27页 |
| 2.2.4 其他数据收集 | 第27-31页 |
| 2.2.5 讨论 | 第31页 |
| 2.3 人体内植物miRNA的鉴定流程 | 第31-37页 |
| 2.3.1 硬件 | 第31-32页 |
| 2.3.2 软件 | 第32页 |
| 2.3.3 人体内植物miRNA分析流程 | 第32-34页 |
| 2.3.4 结果 | 第34-36页 |
| 2.3.5 讨论 | 第36-37页 |
| 2.4 本章小结 | 第37-39页 |
| 第3章 人体中植物miRNA表达谱数据分布特征 | 第39-61页 |
| 3.1 人体与微生物中植物miRNA比较 | 第39-47页 |
| 3.1.1 人体与微生物中植物miRNA种类比较 | 第39-42页 |
| 3.1.2 人体和微生物中植物miRNA丰度比较 | 第42-46页 |
| 3.1.3 讨论 | 第46-47页 |
| 3.2 人体与植物中的植物miRNA比较 | 第47-51页 |
| 3.2.1 miRNA表达谱的聚类分析 | 第48-49页 |
| 3.2.2 miRNA表达谱的主成分分析 | 第49页 |
| 3.2.3 miRNA表达谱的假设检验 | 第49-50页 |
| 3.2.4 讨论 | 第50-51页 |
| 3.3 人体不同组织、体液中植物miRNA比较 | 第51-57页 |
| 3.3.1 人体不同组织、体液中植物miRNA平均丰度对比 | 第51-52页 |
| 3.3.2 人体不同组织、体液中植物miRNA种类对比 | 第52-53页 |
| 3.3.3 人体不同组织、体液中植物miRNA谱向量的模长和夹角对比 | 第53-55页 |
| 3.3.4 基于人体不同组织、体液中植物miRNA的层次聚类 | 第55-57页 |
| 3.3.5 讨论 | 第57页 |
| 3.4 本章小结 | 第57-61页 |
| 3.4.1 测序数据中植物miRNA与相关生物实验结果相同 | 第58页 |
| 3.4.2 样品污染和仪器误差不能完全解释人体内的植物miRNA | 第58-59页 |
| 3.4.3 人体内植物miRNA具有组织特异性 | 第59页 |
| 3.4.4 xenomiR相关研究的阴性结果的可能解释 | 第59-60页 |
| 3.4.5 局限性 | 第60-61页 |
| 第4章 人体内可能存在的植物miRNA预测 | 第61-76页 |
| 4.1 引言 | 第61-62页 |
| 4.2 随机森林理论背景 | 第62-64页 |
| 4.2.1 决策树 | 第62-63页 |
| 4.2.2 随机森林 | 第63-64页 |
| 4.3 样本集与特征集的选择 | 第64-67页 |
| 4.3.1 正样本集 | 第64页 |
| 4.3.2 负样本集 | 第64-66页 |
| 4.3.3 特征集 | 第66-67页 |
| 4.3.4 讨论 | 第67页 |
| 4.4 随机森林模型的训练与预测 | 第67-74页 |
| 4.4.1 随机森林模型参数介绍 | 第67-68页 |
| 4.4.2 随机森林的训练与验证 | 第68-71页 |
| 4.4.3 特征筛选 | 第71-72页 |
| 4.4.4 新的xenomiR的预测 | 第72-74页 |
| 4.4.5 讨论 | 第74页 |
| 4.5 本章小结 | 第74-76页 |
| 第5章 结合候选靶点二级结构的植物xenomiR功能预测 | 第76-100页 |
| 5.1 引言 | 第76-79页 |
| 5.2 结合RNA动态形成过程的RNA二级结构预测 | 第79-92页 |
| 5.2.1 相关定义 | 第79-80页 |
| 5.2.2 fledFold方法思想 | 第80-81页 |
| 5.2.3 fledFold结构预测 | 第81-86页 |
| 5.2.4 fledFold性能评价 | 第86-88页 |
| 5.2.5 fledFold软件包的使用方法和技术细节 | 第88-90页 |
| 5.2.6 讨论 | 第90-92页 |
| 5.3 结合候选靶点二级结构的植物xenomi R靶基因筛选 | 第92-94页 |
| 5.3.1 数据收集 | 第93页 |
| 5.3.2 候选靶点集的选择 | 第93-94页 |
| 5.3.3 结合结构的候选靶点的筛选流程 | 第94页 |
| 5.4 植物xenomiR通路与生物功能预测 | 第94-99页 |
| 5.4.1 生物过程和通路富集分析 | 第95-98页 |
| 5.4.2 讨论 | 第98-99页 |
| 5.5 本章小结 | 第99-100页 |
| 第6章 结论与展望 | 第100-105页 |
| 6.1 结论 | 第100-102页 |
| 6.2 创新 | 第102-103页 |
| 6.3 后续工作展望 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-113页 |
| 攻读博士学位期间取得的学术成果 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114页 |
