| 第一部分 基于第二代测序技术的生后小鼠大脑发育的转录组变化 | 第1-77页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 引言 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-38页 |
| ·哺乳动物大脑发育的研究背景 | 第14-20页 |
| ·大脑的结构及功能 | 第14-16页 |
| ·大脑的发育过程 | 第16-17页 |
| ·大脑发育的分子调控 | 第17-20页 |
| ·激素对大脑发育的调控 | 第17页 |
| ·肿瘤发生相关基因对大脑发育的调控 | 第17-18页 |
| ·大脑发育过程中的神经营养因子假说 | 第18-19页 |
| ·神经元诱向因子对大脑发育的调控 | 第19页 |
| ·大脑发育调控中的重要信号通路 | 第19-20页 |
| ·转录组学的研究方法 | 第20-38页 |
| ·EST表达序列标签 | 第21-24页 |
| ·EST技术的形成和发展 | 第21-22页 |
| ·EST技术流程及分析思路 | 第22页 |
| ·EST技术的应用 | 第22-23页 |
| ·EST技术的不足 | 第23-24页 |
| ·DNA微阵列(基因芯片) | 第24-26页 |
| ·基因芯片的工作原理 | 第24页 |
| ·基因芯片的技术流程 | 第24-26页 |
| ·基因芯片技术的应用 | 第26页 |
| ·基因芯片的缺点 | 第26页 |
| ·SAGE基因表达系列分析 | 第26-29页 |
| ·SAGE的理论基础 | 第26-27页 |
| ·SAGE的技术流程 | 第27-28页 |
| ·SAGE的优点和应用 | 第28-29页 |
| ·大规模平行信号测序系统(MPSS) | 第29-30页 |
| ·上述各技术间的优缺点比较 | 第30页 |
| ·RNA-seq技术及其应用 | 第30-38页 |
| ·新一代测序技术发展概况 | 第31页 |
| ·SOLiD技术原理及技术流程 | 第31-37页 |
| ·SOLiD测序技术的应用 | 第37-38页 |
| 第二章 材料与方法 | 第38-49页 |
| ·实验材料 | 第38页 |
| ·主要化学试剂 | 第38页 |
| ·常用溶液和培养基 | 第38-39页 |
| ·试剂盒 | 第39页 |
| ·实验方法 | 第39-45页 |
| ·小鼠的处理和取样 | 第39页 |
| ·转录组文库的构建 | 第39-43页 |
| ·总RNA提取 | 第39-40页 |
| ·核糖体RNA的去除(rmRNA-Seq) | 第40-41页 |
| ·用SOLiD Whole Transcriptome Analysis Kit构建文库 | 第41-43页 |
| ·文库检验 | 第43页 |
| ·SOLiD油包水PCR及上机测序 | 第43页 |
| ·RT-PCR | 第43-45页 |
| ·数据分析方法 | 第45-49页 |
| ·SOLiD序列在基因组上的注释 | 第45-46页 |
| ·可变剪切分析 | 第46-47页 |
| ·基因表达谱分析 | 第47页 |
| ·差异表达基因的判断和功能分类 | 第47页 |
| ·内含子的表达分析 | 第47页 |
| ·基因间区的表达分析 | 第47页 |
| ·转录因子在三文库中表达情况的分析 | 第47-49页 |
| 第三章 结果 | 第49-75页 |
| ·转录组文库的构建 | 第49-50页 |
| ·RNA-seq数据的性质 | 第50-52页 |
| ·测序数据的筛选 | 第50-51页 |
| ·测序数据的注释 | 第51-52页 |
| ·基因表达谱的分析 | 第52-60页 |
| ·三个文库中表达基因数量及种类的变化 | 第52-54页 |
| ·三个文库的基因表达谱分析 | 第54-56页 |
| ·表达基因的功能分类 | 第56-60页 |
| ·基因内含子区域的表达分析 | 第60-62页 |
| ·基因间区的表达分析 | 第62页 |
| ·基因可变剪切的分析 | 第62-63页 |
| ·差异表达基因的分析 | 第63-70页 |
| ·差异表达基因的数量及种类 | 第63-64页 |
| ·差异表达基因的功能分类 | 第64-65页 |
| ·差异表达基因的通路分析 | 第65-70页 |
| ·差异表达基因在MAPK信号通路上的定位 | 第66-67页 |
| ·差异表达基因在细胞骨架肌动蛋白的调节通路上的定位 | 第67-68页 |
| ·差异表达基因在轴突导向通路上的定位 | 第68-70页 |
| ·转录因子的表达分析 | 第70-75页 |
| ·三个文库中转录因子的判断和丰度分布 | 第70-71页 |
| ·低表达转录因子的分析 | 第71页 |
| ·高表达转录因子的分析 | 第71-75页 |
| ·高表达转录因子的判断和分布 | 第71-72页 |
| ·高表达转录因子的功能分类 | 第72页 |
| ·差异性高表达转录因子的分析 | 第72-75页 |
| 第四章 讨论及后续工作计划 | 第75-77页 |
| ·小鼠大脑转录组的特点 | 第75页 |
| ·小鼠大脑生后发育的特点 | 第75页 |
| ·本文创新点 | 第75-76页 |
| ·后续工作计划 | 第76-77页 |
| 第二部分 藓羽藻的叶绿体基因组测序分析及其进化研究 | 第77-99页 |
| 摘要 | 第77-78页 |
| Abstract | 第78-80页 |
| 引言 | 第80-81页 |
| 第一章 文献综述 | 第81-86页 |
| ·绿藻门概述 | 第81-82页 |
| ·藻类叶绿体基因组概况 | 第82-86页 |
| ·叶绿体基因组的结构特征 | 第82-83页 |
| ·叶绿体基因组的起源 | 第83-84页 |
| ·叶绿体基因组的基因组成 | 第84页 |
| ·叶绿体基因组在藻类系统发育研究中的应用 | 第84-86页 |
| 第二章 材料与方法 | 第86-90页 |
| ·实验材料 | 第86页 |
| ·叶绿体DNA的提取和纯化 | 第86-87页 |
| ·叶绿体的分离纯化 | 第86页 |
| ·叶绿体DNA的提取(高盐低PH法) | 第86-87页 |
| ·叶绿体DNA的纯化(CsCl密度梯度离心法) | 第87页 |
| ·叶绿体基因组文库的构建 | 第87-88页 |
| ·叶绿体基因组的测序及组装 | 第88页 |
| ·序列分析 | 第88页 |
| ·系统发育树的构建 | 第88-90页 |
| 第三章 结果 | 第90-98页 |
| ·叶绿体及其DNA的提取 | 第90页 |
| ·叶绿体基因组文库的构建及测序拼接 | 第90页 |
| ·藓羽藻cpDNA的基因组特征 | 第90-95页 |
| ·系统发育关系 | 第95-98页 |
| 第四章 结论 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-108页 |
| 发表文章目录 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109页 |
