| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-30页 |
| ·哺乳动物基因组测序进展 | 第12-15页 |
| ·测序技术和分析手段 | 第12-13页 |
| ·相关数据库 | 第13-15页 |
| ·哺乳动物基因组的主要特征 | 第15页 |
| ·分子进化的数学模型和选择压力评估 | 第15-22页 |
| ·基本进化理论 | 第15-17页 |
| ·主要研究对象 | 第17-20页 |
| ·方法和工具 | 第20-21页 |
| ·编码基因进化研究进展 | 第21-22页 |
| ·人基因组中多态性研究进展 | 第22-25页 |
| ·基本研究对象和研究手段 | 第22-23页 |
| ·Hapmap和千人基因组计划 | 第23-24页 |
| ·变异在基因组上的分布研究 | 第24-25页 |
| ·内含子的进化动力学研究 | 第25-30页 |
| ·内含子的结构和序列信号 | 第25-27页 |
| ·内含子的演变 | 第27-30页 |
| 第二章 选择压力计算模型及算法 | 第30-56页 |
| ·背景介绍 | 第30-31页 |
| ·基本模型推导 | 第31-36页 |
| ·伽玛分布纵览 | 第31-32页 |
| ·修正的JC69模型 | 第32-33页 |
| ·修正的K80模型 | 第33-34页 |
| ·修正的F84模型和HKY85模型 | 第34-36页 |
| ·方法介绍 | 第36-38页 |
| ·1γ-NG方法 | 第36页 |
| ·2γ-LWL、γ-LPB、γ-MLWL和γ-MLPB方法 | 第36-37页 |
| ·3γ-YN方法 | 第37-38页 |
| ·方法评估 | 第38-51页 |
| ·评估过程 | 第38-39页 |
| ·伽玛分布的引入对各种新方法的影响 | 第39-45页 |
| ·伽玛分布的形状参数(a)的最优值 | 第45-46页 |
| ·密码子频率的影响 | 第46-47页 |
| ·分化时间的影响 | 第47-48页 |
| ·其它参数的评估 | 第48-49页 |
| ·测试真实数据 | 第49-50页 |
| ·讨论 | 第50-51页 |
| ·KaKs_Calculator2.0软件 | 第51-56页 |
| ·新的特性 | 第51-52页 |
| ·编译 | 第52-54页 |
| ·软件评估 | 第54-56页 |
| 第三章 哺乳动物各分支中的快进化基因与慢进化基因的功能与表达 | 第56-78页 |
| ·背景介绍 | 第56-57页 |
| ·数据收集和分析方法 | 第57-58页 |
| ·结果 | 第58-72页 |
| ·数据和质量控制 | 第58-59页 |
| ·标定蛋白编码基因的进化速率 | 第59-63页 |
| ·快进化和慢进化基因的功能分类 | 第63-66页 |
| ·比较哺乳动物中快进化和慢进化基因和它们的功能 | 第66-69页 |
| ·进化速率和表达水平的关系 | 第69-71页 |
| ·哺乳动物中的共享的快进化和慢进化基因 | 第71-72页 |
| ·讨论 | 第72-78页 |
| 第四章 哺乳动物小内含子的进化动力学分析 | 第78-102页 |
| ·背景介绍 | 第78-79页 |
| ·哺乳动物中拥有小内含子的基因的进化特征 | 第79-92页 |
| ·小内含子的分布特征 | 第79-81页 |
| ·小内含子的数目和位置 | 第81-92页 |
| ·小内含子的长度和GC含量在人类群体中受到自然选择的情况 | 第92-102页 |
| ·材料和方法 | 第92-93页 |
| ·关键参数 | 第93-94页 |
| ·尺寸效应 | 第94-96页 |
| ·GC效应 | 第96-98页 |
| ·尺寸效应和GC效应的相互影响 | 第98-99页 |
| ·其它的进化参数 | 第99页 |
| ·讨论 | 第99-102页 |
| 参考文献 | 第102-120页 |
| 发表文章目录 | 第120-121页 |
| 参加学术会议 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
